AWS-Fallbeispiel: MiraiBio

Eine Dienstleistung von MiraiBio ist DNASIS SmartNote, ein Online-Tool zur DNS-, RNS- und Proteinsequenzanalyse. Das Web-basierte Tool vereint mehrere beliebte Bioinformatik-Tools in sich und gestattet es Forschern aus dem Bereich der Biomedizin, Sequenzen einfach zu analysieren und die Ergebnisse an Kollegen weiterzugeben.

Zur weiteren Verbesserung von DNASIS SmartNote plante das Team von MiraiBio die Einbindung neuer wissenschaftlicher Artikel, die für die jeweiligen Sequenzen der Forscher relevant waren. Normalerweise wäre für diese neue, rechenintensive Funktion ein zusätzlicher, dedizierte Server nötig gewesen, was weitere Kosten und einen erhöhten Zeitaufwand bedeutet hätte. Stattdessen beschloss das Team, die Funktion unter Amazon EC2 bereitzustellen und so bei der Implementierung zu sparen, die Markteinführungszeit zu verkürzen und bessere Skalierungsvoraussetzungen zu schaffen.

"Unser erstes Ziel war die Entwicklung eines gut funktionierenden Prototypen. Mit EC2 hat die komplette Entwicklung (inklusive Programmierung) gerade einmal rund zwei Wochen gedauert. Die Einrichtung eines neuen Servers unter EC2 ging leicht von der Hand und ließ eine schnelle Software-Entwicklung zu", erklärt Daniel Reda, ein Spezialist für Bioinformatik, der an dem Projekt beteiligt war. "Hätten wir den Server selbst einrichten müssen, hätten wir allein dafür mindestens zwei Wochen gebraucht. Ich schätze, dass uns Amazon EC2 rund 200 Arbeitsstunden und Tausende Dollar Hardware-Kosten gespart hat.”

Und so funktioniert es: Wenn ein Biologe eine neue DNS-Sequenz in das DNASIS SmartNote-Tool einfügt, wird diese über die neue Funktion an den EC2-Server gesendet, der die Sequenz über den sogenannten BLAST-Algorithmus (Basic Local Alignment Search Tool) mit jeder anderen bekannten DNS-Sequenz vergleicht. Nach der Identifizierung der Sequenz führt der EC2-Server noch einige proprietäre Algorithmen durch, um möglichst relevante Artikel zu finden, die in der letzten Zeit zu dieser Sequenz veröffentlicht wurden. Der Biologe kann dann schnell auf diese Artikel zugreifen und seine eigenen Forschungsarbeiten fortsetzen.

"Der EC2-Server ist eine wirklich leistungsfähige und skalierbare Lösung. Mit Hilfe von EC2 können wir diesen Suchlauf für Hunderte oder sogar Tausende Sequenzen ausführen, ohne dass die Hauptanwendung bei unseren Kunden unterbrochen wird." "Dank der geringen Kosten und der schnellen Einrichtung von EC2 waren unsere anfänglichen Zweifel, ob diese neue Idee in der Praxis funktionieren würde, schnell ausgeräumt. Wir konnten die Idee so schnell und kostengünstig testen, dass die Genehmigung zur vollen Entwicklung nur noch eine Formsache war", sagt Reda.

Weitere Informationen über DNASIS SmartNote von MiraiBio finden Sie unter smartnote.miraibio.com. MiraiBio ist ein Biowissenschafts-Unternehmen der US-Tochter von Hitachi Software (Hitachi Software Engineering America, Ltd.)