Amgen 科学家使用 AWS HealthOmics 来缩短治疗分析的时间并降低成本

Amgen 于 1980 年在加利福尼亚成立，旨在通过发现、开发、制造和提供创新疗法，释放生物学的潜力，帮助患有严重疾病的患者。其研发团队利用对靶标和疾病生物学的深刻理解，寻找新的更好的方法来战胜世界上最棘手的疾病，并将组学分析用于药物研发过程的多个阶段（从靶标发现到蛋白质制造）。

Amgen 意识到云对运行基因组学工作流的好处，于 2019 年在 AWS 上实施了 GWF，并开始将其组学管道从本地实施迁移到 AWS。但是，尽管功能强大，AWS 解决方案并不是完全自助的。IT 支持团队必须为科学家建立管道，而且很难排除故障以及跟踪任务或调试运行。此外，科学家们利用多个计算环境进行分析，这给基础设施团队带来了负担，也很难查看和跟踪技术资源。

2022 年 10 月，AWS 与 Amgen 分享了测试 AWS HealthOmics 的试点机会。Amgen 认识到，这是一个实现组学流程预置扩缩功能标准化和集中化的机会，同时为科学家提供强大且可定制的管道处理选项。“我们非常感谢我们的团队为创建管道并使其在 GWF 上启动并运行所做的工作，”Amgen 数字创新加速研究中心生物信息技术高级科学家 Ittai Eres 表示。“但是我们知道使用 AWS HealthOmics 将是一个更快的过程，可以帮助我们在不同的分析师之间标准化和共享管道。

Amgen 开始为五个不同的管道实施 AWS HealthOmics，从而减轻了 IT 团队耗时的基础设施设置和管理工作。“通过这项工作，我们不必不断调整计算环境、管道和队列以确保一切正常运行，还为我们提供了前所未有的规模和稳定性，”研发信息学组学团队技术产品经理 Jamie Rosner 表示。“相反，我们现在可以把这些时间花在自己开发管道上。”

使用 AWS HealthOmics，Amgen 使用相同的授权模型在一个地方存储和管理工作流，从而提供了先前解决方案所缺乏的可扩展性。Amgen 还通过管道维护其数据保管链，并可以访问完整的审计跟踪记录，从而帮助满足合规要求。“使用 AWS HealthOmics，我们可以加深对生物学、靶点和疾病的理解，最终为研发决策提供依据，”Eres 表示。“对于像 Amgen 这样规模的公司来说，将所有东西放在一个地方对于可重复性、透明度、安全性和权限来说是非常重要的。”

使用 AWS HealthOmics，科学家可以立即了解所有可用的管道。此外，AWS HealthOmics 通过 Nextflow 工作流支持 Amgen 的要求，同时可以根据需要灵活地扩展到其他语言，例如 WDL 或 CWL，而无需从头开始创建解决方案。科学家无需命令行专业知识即可通过简单的图形用户界面访问 AWS HealthOmics。“这是我们以前所缺乏的，”Rosner 表示。“现在，具有不同技术技能水平的科学家具有相同的能力，能够以简单的点击格式分析各种类型的数据。” 科学家们还可以更好地了解不同类型分析的有效性，例如更清楚地了解“在靶下切割并使用核酸酶释放”（CUT&RUN）方法的好处，这是一种相对较新的组学分析，可以分离特定的蛋白质-DNA 复合物，从而分析表观基因组。“现在可以将其快速移植到 AWS HealthOmics 中，看看这是否是我们有兴趣使用的新数据类型，”Eres 表示。“过去，即使评测新组学分析策略的效用也会令人头疼，这可能会导致优先级降低，错过宝贵的生物学洞察。”

通过集中资源，Amgen 减少了与冗余软件或重复许可相关的不必要成本。通过与 AWS 的密切合作，Amgen 提供了宝贵的产品反馈以满足其需求，同时最终推动惠及其他 AWS HealthOmics 客户的增强功能。

AWS HealthOmics 还可以轻松地与其他工作流和系统集成。例如，科学家可以通过 API 调用将通过实验室信息管理系统（LIMS）提供的元数据直接发送到 AWS HealthOmics。