Referenzbereitstellung

Illumina DRAGEN on AWS

Ultraschnelle Analyse von Next-Generation-Sequencing-Daten (NGS-Daten) mit DRAGEN- und F1-Instances

Dieser Quick Start stellt die Illumina DRAGEN (Dynamic Read Analysis for GENomics, dt. dynamische Leseanalyse für Genomik) Bio-IT-Plattform in der AWS Cloud bereit.

Die DRAGEN Bio-IT-Plattform ermöglicht die ultraschnelle Analyse von Next-Generation-Sequencing-Daten (NGS), reduziert die zur Analyse von Genomdaten erforderliche Zeit beträchtlich und verbessert die Genauigkeit. Es umfasst Bioinformatik-Pipelines, die optimierte Algorithmen zur Kartierung, Ausrichtung, Sortierung, Duplikatmarkierung und Haplotypvariant-Calling bereitstellen. Diese Pipelines umfassen Germline, Somatik (Tumor und Tumor/normal), RNS, Einzellzell-RNS, Methylierung, gemeinsame Genotypisierung und DRAGEN-GATK.

Der Quick Start erstellt eine AWS-Umgebung über zwei Availability Zones für Hochverfügbarkeit und stellt zwei AWS Batch-Rechenumgebungen für Spot Instances und On-Demand-Instances bereit. Diese Umgebungen enthalten DRAGEN F1-Instances, die zur Hardwarebeschleunigung mit feldprogrammierbaren Gate-Arrays (FPGAs) verbunden sind.

Illumina-Logo

Dieser Quick Start wurde von Illumina in Zusammenarbeit mit AWS entwickelt. Illumina ist ein AWS-Partner.

  •  Leistungen
  •  Bereitstellungsanleitung
  •  Kosten und Lizenzen
  •  Leistungen
  • Nutzen Sie diesen Quick Start, um die folgende konfigurierbare Umgebung in AWS einzurichten:

    • Eine hochverfügbare Architektur, die zwei Availability Zones umfasst.*
    • Eine gemäß den bewährten Methoden von AWS mit öffentlichen und privaten Subnetzen konfigurierte Virtual Private Cloud (VPC). Dies stellt die Netzwerkinfrastruktur für Ihre Bereitstellung bereit.*
    • Ein Internet-Gateway für den Zugang zum Internet.*
    • In den öffentlichen Subnetzen ermöglichen verwaltete NAT-Gateways den ausgehenden Internetzugriff auf Ressourcen in den privaten Subnetzen.*
    • Eine AWS CodePipeline, die ein Docker-Image erstellt und dieses dann in ein Amazon Elastic Container Registry (Amazon ECR) Repository hochlädt.
    • Zwei AWS Batch Compute-Umgebungen: Eine für Amazon Elastic Compute Cloud (Amazon EC2) Spot Instances und die andere für On-Demand Instances.
    • Eine AWS Batch-Job-Warteschlange, die Einreichungen für die Rechenumgebung für Spot Instances priorisiert, was die Kosten optimiert.
    • Eine AWS Batch-Job-Definition für das Ausführen von DRAGEN.
    • AWS Identity and Access Management (IAM) Rollen und Richtlinien für die Ausführung des AWS Batch-Jobs.

    * Bei Verwendung der Vorlage für die Bereitstellung des Quick Start in einer bestehenden VPC werden die mit einem Sternchen markierten Schritte übersprungen. Stattdessen erhalten Sie eine Aufforderung zur Angabe Ihrer bestehenden VPC-Konfiguration.

  •  Bereitstellungsanleitung
  • Zur Bereitstellung von Illumina DRAGEN in AWS befolgen Sie bitte die Anweisungen im Bereitstellungsleitfaden. Der Bereitstellungsprozess umfasst folgende Schritte:

    1. Falls Sie noch kein AWS-Konto haben, registrieren Sie sich bitte unter https://aws.amazon.com.
    2. Abonnieren Sie die DRAGEN Bio-IT-Plaftform in AWS Marketplace.
    3. Führen Sie den Quick Start aus. Jede Bereitstellung dauert etwa 15 Minuten. Sie können zwischen zwei Optionen wählen:
    4. Testen Sie die Bereitstellung, indem Sie einen DRAGEN-Job ausführen.

    Um Ihre Bereitstellung zu optimieren, können Sie die Netzwerkarchitektur konfigurieren, die gewünschte Anzahl an virtuellen CPUs für die AWS Batch-Umgebung festlegen, einen Gebotsprozentsatz für Spot Instances bestimmen sowie die Anzahl der AWS Batch-Job-Neuversuche angeben.

    Amazon kann Benutzerbereitstellungsinformationen an den AWS-Partner weitergeben, der beim Schnellstart mit AWS zusammengearbeitet hat.  

  •  Kosten und Lizenzen
  • Die Kosten der zur Ausführung dieser Quick-Start-Referenzinstallation erforderlichen AWS-Dienste sind allein von Ihnen zu tragen. Durch die Verwendung des Quick Start entstehen keine zusätzlichen Kosten.

    Die AWS CloudFormation-Vorlage für diesen Quick Start enthält Konfigurationsparameter, die individuell angepasst werden können. Einige dieser Einstellungen, beispielsweise der Instance-Typ, wirken sich auf die Einrichtungskosten aus. Sie finden ausführliche Informationen zum jeweiligen, von Ihnen genutzten AWS-Service auf den Seiten mit den Preisen für AWS-Services. Preisänderungen sind vorbehalten.

    Dieser Quick Start erfordert ein Abonnement des Amazon Machine Image (AMI) für die DRAGEN Bio-IT-Plattform, das auf dem AWS Marketplace mit einem Preis pro Stunde erhältlich ist.