déploiement de référence

Illumina DRAGEN sur AWS

Analyse ultra rapide des données de séquençage nouvelle génération (NGS) avec DRAGEN et les instances F1

Ce Quick Start déploie Dynamic Read Analysis for GENomics Complete Suite (DRAGEN CS), une plateforme d’analyse de données distribuée par Illumina, sur le cloud AWS en 15 minutes environ.

DRAGEN CS permet de réaliser une analyse ultra rapide de données de séquençage nouvelle génération (NGS), de réduire significativement le temps nécessaire à l’analyse de données génomiques et d’améliorer la précision. La suite comprend des pipelines bio-informatiques fournissant des algorithmes hautement optimisés pour le mappage, l’alignement, le tri, le marquage dupliqué et l’appel de variante haplotype. Ces pipelines incluent DRAGEN Germline V2, DRAGEN Somatic V2 (Tumor et Tumor/Normal), DRAGEN Virtual Long Read Detection (VLRD), DRAGEN RNA Gene Fusion, DRAGEN Joint Genotyping et GATK Best Practices.

Le Quick Start crée un environnement AWS qui s’étend sur deux zones de disponibilité pour une disponibilité élevée et provisionne deux environnements de calcul AWS Batch pour les instances Spot et à la demande. Ces environnements incluent les instances DRAGEN F1 connectées à des réseaux de portes programmables in situ (FPGA ou Field-programmable gate array) pour favoriser l’accélération matérielle.

Logo Illumina

Ce Quick Start a été développé par Illumina en collaboration avec AWS. Illumina est un
Partenaire APN.

  •  Ce que vous avez construit
  •  Comment déployer
  •  Coût et licences
  •  Ce que vous avez construit
  • Utilisez ce Quick Start pour configurer les environnements configurables suivants sur AWS :

    • Une architecture hautement disponible couvrant deux zones de disponibilité.*
    • Un virtual private cloud (VPC) configuré avec des sous-réseaux publics et privés conformément aux bonnes pratiques AWS. Cela fournit l'infrastructure réseau nécessaire pour votre déploiement.*
    • Une passerelle Internet pour permettre l'accès à Internet.*
    • Dans les sous-réseaux publics, des passerelles NAT gérées pour autoriser l'accès Internet sortant pour les ressources des sous-réseaux privés.*
    • Un pipeline AWS CodePipeline qui crée une image Docker et la télécharge dans un référentiel Amazon Elastic Container Registry (Amazon ECR).
    • Deux environnements de calcul AWS Batch : un pour les instances Spot Amazon Elastic Compute Cloud (Amazon EC2) et l'autre pour les instances à la demande.
    • Une file d'attente de tâches AWS Batch qui priorise les soumissions à l'environnement de calcul pour que les instances Spot soient optimisées au moindre coût.
    • Une définition de tâche AWS Batch pour exécuter DRAGEN.
    • Des rôles et politiques AWS Identity and Access Management (IAM) pour que les tâches AWS Batch s’exécutent.

    * Le modèle qui déploie le Quick Start dans un VPC existant ignore les tâches marquées d’un astérisque et vous demande d’indiquer la configuration de votre VPC existant.

  •  Comment déployer
  • Pour déployer DRAGEN sur AWS, suivez les instructions du guide de déploiement. Le processus de déploiement comprend les étapes suivantes :

    1. Si vous n'avez pas encore de compte AWS, inscrivez-vous à l'adresse https://aws.amazon.com.
    2. Abonnez-vous à la suite complète DRAGEN sur AWS Marketplace.
    3. Lancez le Quick Start. Chaque déploiement prend environ 15 minutes. Vous pouvez choisir entre deux options :
    4. Tester le déploiement en exécutant une tâche DRAGEN.

    Pour personnaliser votre déploiement, vous pouvez configurer l'architecture réseau, définir le nombre de processeurs virtuels souhaités pour l'environnement AWS Batch, spécifier un pourcentage d'enchère pour les instances Spot et définir le nombre de tentatives de tâches AWS Batch.

  •  Coût et licences
  • Vous êtes responsable du coût des services AWS utilisés pendant l'exécution du déploiement de référence de ce Quick Start. L'utilisation du Quick Start n'entraîne aucun coût supplémentaire.

    Le modèle AWS CloudFormation pour ce Quick Start inclut des paramètres de configuration que vous pouvez personnaliser. Certains de ces paramètres, tels que le type d'instance, affecteront le coût du déploiement. Pour connaître les estimations des coûts, consultez la page de tarification de chaque service AWS à utiliser. Les prix sont susceptibles d'être modifiés.

    Ce Quick Start nécessite un abonnement à une Amazon Machine Image (AMI) pour la suite complète DRAGEN, disponible avec tarification à l’heure sur AWS Marketplace.