de referência de solução de parceiro

Illumina DRAGEN na AWS

Análise de dados de sequenciamento de última geração

Visualize o guia de implantação

Esta solução de parceiro implanta o Illumina DRAGEN (Dynamic Read Analysis for GENomics) Bio-IT Platform na Nuvem Amazon Web Services (AWS).

O DRAGEN Bio-IT Platform permite a análise ultrarrápida de dados de sequenciamento de última geração (NGS), reduz significativamente o tempo necessário para analisar dados genômicos e melhora a precisão. Ela inclui pipelines de bioinformática que oferecem algoritmos otimizados para mapeamento, alinhamento, classificação, marcação de duplicidades e chamadas de variantes de haplótipos. Esses pipelines incluem linha genética, somática (tumor e tumor/normal), RNA, RNA de célula única, metilação, genotipagem conjunta e DRAGEN-GATK.

A solução de parceiro cria um ambiente da AWS que abrange duas zonas de disponibilidade para proporcionar alta disponibilidade e provisiona dois ambientes de computação do AWS Batch para instâncias spot e sob demanda. Esses ambientes incluem instâncias F1 do DRAGEN conectadas a Matrizes de portas programáveis em campo (FPGAs) para aceleração por hardware.

Logotipo da Illumina

Essa solução de parceiro foi desenvolvida pela Illumina em parceria com a AWS. A Illumina é um parceiro da AWS.

Administradores do AWS Service Catalog podem adicionar esta arquitetura a seus próprios catálogos.  

Usar no AWS Service Catalog
  •  O que você criará

  • Use essa solução de parceiro para configurar o seguinte ambiente configurável na AWS:

    • Uma arquitetura de alta disponibilidade que abrange duas zonas de disponibilidade.*
    • Uma Virtual Private Cloud (VPC) configurada com sub-redes públicas e privadas de acordo com as melhores práticas da AWS. Isso fornece a infraestrutura de rede para sua implantação.*
    • Um Internet Gateway para fornecer acesso à internet.*
    • Nas sub-redes públicas, gateways NAT gerenciados para permitir acesso de saída à Internet para recursos nas sub-redes privadas.*
    • Um pipeline do AWS CodePipeline que cria uma imagem do Docker e faz upload dessa imagem para um repositório do Amazon Elastic Container Registry (Amazon ECR).
    • Dois ambientes de computação do AWS Batch: um para instâncias spot do Amazon Elastic Compute Cloud (Amazon EC2) e outro para instâncias sob demanda.
    • Uma fila de tarefas do AWS Batch que prioriza o envio ao ambiente de computação com instâncias spot para otimizar o custo.
    • Uma definição de tarefa do AWS Batch para executar o DRAGEN.
    • Perfis e políticas do AWS Identity and Access Management (IAM) para execução das tarefas do AWS Batch.

    * O modelo que implanta a solução de parceiro em uma VPC existente ignora as tarefas marcadas com asteriscos e solicita a configuração dessa VPC existente.

    Arquitetura do Quick Start para o Illumina DRAGEN na Nuvem AWS
  •  Como implantar

  • Para implantar o Illumina DRAGEN, siga as instruções do guia de implantação. O processo de implantação inclui as seguintes etapas:

    1. Caso ainda não tenha uma conta da AWS, cadastre-se em https://aws.amazon.com.
    2. Assine o DRAGEN Bio-IT Platform no AWS Marketplace.
    3. Execute a solução de parceiro. Cada implantação demora cerca de 15 minutos. Você pode escolher entre duas opções:
    4. Teste a implantação executando uma tarefa do DRAGEN.

    Para personalizar a implantação, você pode configurar a arquitetura de rede, definir o número desejado de CPUs virtuais para o ambiente do AWS Batch, especificar uma porcentagem de lance para instâncias spot e definir o número de novas tentativas de tarefas do AWS Batch.

    A Amazon pode compartilhar informações sobre implantações de usuários com o parceiro da AWS que colaborou com a AWS nesta solução.  

    Consulte o guia de implantação para obter detalhes
  •  Custos e licenças

  • Esta solução de parceiro requer uma assinatura da imagem de máquina da Amazon (AMI) para o DRAGEN Bio-IT Platform, que está disponível com preço por hora no AWS Marketplace.

    Você é responsável pelo custo dos serviços da AWS e de licenças de terceiros usadas durante a execução da solução. Não há custo adicional para usar a solução.

    Esta solução inclui parâmetros de configuração personalizáveis. Algumas dessas configurações, como o tipo de instância, afetam os custos de implantação. Para obter estimativas de custo, consulte as páginas de preço de cada produto da AWS que você utiliza. Os preços estão sujeitos a alterações.

    Dica: após a implantação da solução, crie  Relatórios de custos e uso da AWS para monitorar os custos associados. Esses relatórios fornecem métricas de faturamento para um bucket do Amazon Simple Storage Service (Amazon S3) em sua conta. Fornecem estimativas de custos com base no uso ao longo de cada mês e agregam os dados no fim do mês. Para obter mais informações, consulte  What are AWS Cost and Usage Reports? (O que são os Relatórios de Custos e Uso da AWS?).