Implantação de referência

Illumina DRAGEN na AWS

Análise ultrarrápida de dados de Next-Generation Sequencing (NGS – Sequenciamento de próxima geração) com DRAGEN e instâncias F1

Este Quick Start implanta a plataforma de análise de dados da Illumina, o Dynamic Read Analysis for GENomics Complete Suite (DRAGEN CS), na Nuvem AWS em cerca de 15 minutos.

O DRAGEN CS permite análises ultra-rápidas de dados de Next-Generation Sequencing (NGS – Sequenciamento de próxima geração), reduzindo substancialmente o tempo de análise de dados genômicos e aumentando sua precisão. A plataforma inclui pipelines de bioinformática que oferecem algoritmos altamente otimizados para mapeamento, alinhamento, classificação, marcação de duplicidades e chamadas de variantes de haplótipos. Esses pipelines incluem o DRAGEN Germline V2, o DRAGEN Somatic V2 (tumor e tumor/normal), o DRAGEN Virtual Long Read Detection (VLRD), o DRAGEN RNA Gene Fusion, o DRAGEN Joint Genotyping e o GATK Best Practices.

O Quick Start cria um ambiente da AWS que abrange duas zonas de disponibilidade para proporcionar alta disponibilidade e provisiona dois ambientes de computação do AWS Batch para instâncias spot e sob demanda. Esses ambientes incluem instâncias F1 do DRAGEN conectadas a Field-Programmable Gate Arrays (FPGAs – Matrizes de portas programáveis em campo) para aceleração por hardware.

logotipo da Illumina

Este Quick Start foi desenvolvido pela Illumina em colaboração com a AWS. A Illumina é um
parceiro do APN.

  •  O que você criará
  •  Como implantar
  •  Custo e licenças
  •  O que você criará
  • Use este Quick Start para definir o seguinte ambiente configurável na AWS:

    • Uma arquitetura de alta disponibilidade que abrange duas zonas de disponibilidade.*
    • Uma Virtual Private Cloud (VPC) configurada com sub-redes públicas e privadas de acordo com as melhores práticas da AWS. Isso fornece a infraestrutura de rede para sua implantação.*
    • Um Internet Gateway para fornecer acesso à internet.*
    • Nas sub-redes públicas, gateways NAT gerenciados para permitir acesso de saída à Internet para recursos nas sub-redes privadas.*
    • Um pipeline do AWS CodePipeline que cria uma imagem do Docker e faz upload dessa imagem para um repositório do Amazon Elastic Container Registry (Amazon ECR).
    • Dois ambientes de computação do AWS Batch: um para instâncias spot do Amazon Elastic Compute Cloud (Amazon EC2) e outro para instâncias sob demanda.
    • Uma fila de tarefas do AWS Batch que prioriza o envio ao ambiente de computação com instâncias spot para otimizar o custo.
    • Uma definição de tarefa do AWS Batch para executar o DRAGEN.
    • Funções e políticas do AWS Identity and Access Management (IAM) para execução das tarefas do AWS Batch.

    * O modelo que implanta o Quick Start em uma VPC existente ignora as tarefas marcadas com asteriscos e solicita a configuração dessa VPC existente.

  •  Como implantar
  • Para implantar o Illumina DRAGEN na AWS, siga as instruções do guia de implantação. O processo de implantação inclui as seguintes etapas:

    1. Caso ainda não tenha uma conta da AWS, cadastre-se em https://aws.amazon.com.
    2. Assine o DRAGEN Complete Suite no AWS Marketplace.
    3. Inicie o Quick Start. Cada implantação demora cerca de 15 minutos. Você pode escolher entre duas opções:
    4. Teste a implantação executando uma tarefa do DRAGEN.

    Para personalizar a implantação, você pode configurar a arquitetura de rede, definir o número desejado de CPUs virtuais para o ambiente do AWS Batch, especificar uma porcentagem de lance para instâncias spot e definir o número de novas tentativas de tarefas do AWS Batch.

  •  Custo e licenças
  • Você é responsável pelo custo dos serviços da AWS usados durante a implantação de referência do Quick Start. Não há custo adicional pelo uso do Quick Start.

    O modelo do AWS CloudFormation para este Quick Start inclui parâmetros de configuração personalizáveis. Algumas dessas configurações, como o tipo de instância, afetarão o custo de implantação. Para obter estimativas de custo, leia as páginas de definição de preço de cada serviço da AWS que você usará. Os preços estão sujeitos a alterações.

    Este Quick Start requer uma assinatura de uma imagem de máquina da Amazon (AMI) do DRAGEN Complete Suite, que está disponível no AWS Marketplace com definição de preço por hora.