Геномика в облаке

Ускорение геномных исследований

С помощью AWS клиенты из сферы геномики могут выделять больше времени и ресурсов на науку, ускоряя получение ценных данных и революционных результатов, выводя на рынок продукты для спасения жизней.

AWS позволяет клиентам внедрять инновации, делая геномные данные более доступными и полезными. AWS предоставляет множество сервисов для сокращения времени между секвенированием и интерпретацией результатов, обеспечивая безопасное и эффективное сотрудничество при работе с наборами многомодальных данных. Кроме того, вы можете выбрать подходящий и в то же время экономный инструмент для работы в глобальных масштабах, который ускорит проведение современных геномных исследований.

Accelerate Genomic Discoveries on AWS (1:06)

Преимущества

Сокращение времени открытий

Эффективные вычислительные мощности и возможности машинного обучения обеспечивают быстрое и контролируемое выполнение рабочих нагрузок. AWS предоставляет широчайший набор вычислительных сервисов среди всех поставщиков облачных технологий, и только AWS предлагает вычислительные инстансы с пропускной способностью сети 100 Гбит/с.

Высокая производительность при низких затратах

Гибкие цены и модель выделения вычислительных ресурсов по требованию позволяют исследователям справляться со сложными проектами по геномике без необходимости в оплате простаивающей инфраструктуры или выделении большего числа ядер при пиковых нагрузках. AWS дает возможность оплаты по факту использования и практически неограниченные вычислительные мощности.

Безопасное сотрудничество в глобальных масштабах

Глобальное распределение регионов и охват сети AWS отвечают глобальной сути науки и обеспечивают безопасность и контроль доступа позволяют исследователям управлять совместным использованием данных. AWS – это наиболее безопасная, расширяемая и надежная глобальная облачная инфраструктура. В рамках программы открытых данных AWS доступно более 40 открытых наборов данных в области медико-биологических разработок и геномики, которые позволяют обеспечить эффективное сотрудничество, предоставляя научному и клиническому сообществу единый задокументированный источник достоверной информации.

100 Гбит/с

пропускная способность сети

В 2 раза

больше зон доступности, чем у любого другого поставщика облачных технологий

24

региона для поддержки независимости данных

90 %

потенциальной экономии по сравнению с оплатой по требованию

В 100 раз

более быстрая работа инстансов Amazon EC2 F1 по сравнению с CPU

Более 200

полнофункциональных сервисов от центров обработки данных во всем мире

Партнеры AWS в сфере геномики

AWS предлагает крупнейшую партнерскую сеть, гибкий выбор рабочих процессов, а также варианты полностью управляемых решений, которые ускорят для вас получение результатом геномных исследований.

Узнать больше о партнерах AWS по геномике »

Примеры использования в геномике

  • Контейнеры
  • Управление рабочими процессами
  • Анализ больших данных
  • Наборы данных
  • Совместная работа
  • Контейнеры
  • Контейнеры для геномного конвейера

    Чтобы облегчить распределение и запуск геномного конвейера, можно объединить процессы с использованием контейнеров в AWS Cloud. Настройте собственную архитектуру рабочего процесса plug-n-play и создайте среду, которая будет отвечать потребностям вашего рабочего процесса и исследований. Используя Amazon EC2 Container Service (ECS) или Docker на AWS, можно обрабатывать большие объемы геномных данных по частям, делая исходящие данные воспроизводимыми, а также легко предоставляя к ним доступ.

    Health_Genomics_diagram_Containers

    Видео об архитектуре

    В этом видео вы узнаете о мощных многоразовых конвейерах приложений, созданных на платформе AWS компанией Human Longevity, Inc. Посмотрите, как специалисты компании обрабатывают до 12 ТБ необработанных данных в день в Amazon S3 при помощи специальных аналитических инструментов, работающих в контейнерах Docker.

    Подробнее »

    Схема архитектуры

    Изучите подробную схему архитектуры от Human Longevity, Inc. для геномного анализа с использованием контейнеров Docker на AWS

    Подробнее »

    Пример использования клиентом

    Узнайте, как сотрудники компании Benchling сократили время поиска на 90 % и масштабировали его до сотен геномов с использованием AWS Lambda. 

    Подробнее »

  • Управление рабочими процессами
  • Управление рабочими процессами

    Для того чтобы более эффективно управлять геномным конвейером, можно разработать правила управления рабочим потоком в облаке AWS. Разработайте и выполните серию конкретных вычислительных шагов и шагов по манипуляции данными, а также оптимизируйте распараллеливание заданий, чтобы уменьшить время на их выполнение.

    Health-Genomics_diagrams_Workflow-management

    Пример использования клиентом

    Узнайте, как Медицинский колледж Бейлора работал с компанией DNAnexus, чтобы переместить свои данные геномного анализа в облако AWS. Они совместно вели крупные клинические геномные исследования в среде с высоким уровнем безопасности и соответствия требованиям

    Подробнее »

    Пример использования клиентом

    Узнайте, как компания DNAnexus разработала платформу для геномного анализа на AWS. Посмотрите, как сочетание инфраструктуры AWS и средств контроля платформы DNAnexus, а также наличие нужных сертификатов позволило им соответствовать высоким требованиям HIPAA, CAP/CLIA, GxP и других законов и норм конфиденциальности.

    Подробнее »

  • Анализ больших данных
  • Анализ больших данных для геномики

    Организации, занимающиеся геномикой, рискуют утонуть в потоках данных, генерируемых их геномными конвейерами. Чтобы увеличить практическую ценность этих данных, можно выполнить развертывание на AWS компонентов, которые будут поддерживать весь аналитический конвейер, от сбора и обработки данных до визуализации, хранения и архивирования. Широкий спектр сервисов баз данных обеспечивает гибкий выбор нужных решений для соответствия вашим потребностям и получения лучших результатов.

    Health_Genomics_diagrams_Big-Data-Analytics

    Видео об архитектуре

    В этом видео об архитектуре вы увидите, как специалисты из Калифорнийского университета в Санта-Крусе анализируют петабайты геномных данных, используя недорогое решение с контейнерами Docker и спотовыми инстансами EC2.

    Подробнее »

    Пример использования клиентом

    Посмотрите, как сотрудники лаборатории Гутмана в Калифорнийском технологическом институте используют кластеры для высокопроизводительных вычислений (HPC) на AWS, чтобы сократить время обработки геномных данных от нескольких недель до нескольких дней.

    Подробнее »

    Пример использования клиентом

    Посмотрите, как специалисты компании GENALICE смогли обработать полные геномы 800 пациентов за 60 минут, используя сервисы высокопроизводительных вычислений AWS.

    Подробнее »

  • Наборы данных
  • Работа с публичными и частными пакетами данных

    С помощью AWS вы можете получать доступ к собственным частным пакетам данных или к контролируемым репозиториям, таким как база данных генотипов и фенотипов (dbGaP) Национальных институтов здравоохранения (NIH), Атлас ракового генома (TCGA) и т. д. Для анализа данных можно использовать инструментарий по вашему выбору (например, GATK или Galaxy). AWS обладает всем инструментами, необходимыми для обеспечения безопасности и соответствия требованиям при работе с такими конфиденциальными данными, включая встроенные возможности шифрования данных при хранении и пересылке.

    Health-Genomics_diagrams_Working-Public-Private-Data-Sets

    Пример использования клиентом

    Узнайте, как в школе медицины Икана медицинского центра Маунт-Синай анализируют большие пакеты геномных данных и делятся ими с внешними партнерами, соблюдая при этом строгую конфиденциальность и контролируя безопасность с помощью AWS.

    Подробнее »

    Техническое описание

    Архитектурное проектирование для обеспечения безопасности геномных данных и их соответствия требованиям на платформе AWS

    Узнайте, как работать с пакетами данных с контролируемым доступом из dbGaP, GWAS и других отдельных репозиториев геномных исследований.

    Подробнее »

    Пример использования клиентом

    Этот пример демонстрирует, как компания Illumina активно расширяет свои технологии секвенирования ДНК с помощью AWS. Узнайте, как Illumina развивает решение BaseSpace Sequence Hub и хранит 10 ПБ геномных данных, используя такие продукты, как Amazon RedShift.

    Подробнее »

  • Совместная работа
  • Налаживание сотрудничества

    Делитесь данными с коллегами – и неважно, работают ли они в соседнем кабинете или на другом конце света. AWS может предоставить централизованное, совместно используемое рабочее пространство, где вы вместе с коллегами сможете создавать пакеты данных, писать алгоритмы или создавать инструменты. При этом не нужно будет физически перемещать данные куда-либо или беспокоиться о нарушении прав на интеллектуальную собственность.

    Health-Genomics_diagrams_Collaboration

    Пример использования клиентом

    Узнайте, как компания ThermoFisher предоставляет своим клиентам масштабируемую и безопасную платформу для проведения исследований, совместной работы и улучшения лечения пациентов с использованием облака AWS во всем мире.

    Подробнее »

    Пример использования клиентом

    Посмотрите, как компания Celgene обеспечила безопасное сотрудничество между своими исследователями и научно-исследовательскими лабораториями, используя решения AWS. Это позволило сформировать команды для работы, предоставляя изолированный доступ для исследователей из разных организаций.

    Подробнее »

    Пример использования клиентом

    Посмотрите, как ученые из Института геномики Калифорнийского университета в Санта-Крус использовали решения AWS, чтобы обрабатывать образцы быстрее и безопасно отправлять результаты партнерам.

    Подробнее »

Обеспечение соответствия в сфере геномики

Благодаря AWS исследователи получают доступ к высокопроизводительным вычислениям в крупных масштабах, воспроизводимым процессам обработки данных, возможностям интеграции данных для использования многомодальных наборов данных, а также общедоступным данным для клинических аннотаций, и все это – в среде, в которой предусмотрено соблюдение нормативных требований.

Узнать больше об обеспечении соответствия в области геномики с помощью AWS »

Выберите примеры использования и ресурсы

Просмотреть все примеры использования и сопутствующие ресурсы от клиентов, занимающихся геномикой

 

customer-ref_illumina

Пример использования: Illumina

Illumina разрабатывает, производит и продает интегрированные системы для геномного анализа. Эта компания перешла к использованию спотовых инстансах Amazon EC2 и Amazon S3, что позволило ей сократить ежемесячные затраты на вычисления приблизительно на 300 000 USD, а на хранилище – примерно на 90 000 USD.

Полный пример использования »

fred-hutch_40px

Пример внедрения в рамках программы Фреда Хатча по исследованию микробиома

Программа Фреда Хатча посвящена повышению эффективности лекарств для лечения от рака, и в ходе ее реализации гигабайты геномных данных преобразуются в аналитические данные. С помощью Nextflow исследователи управляют процессами AWS Batch и исследуют их с помощью спотовых инстансов Amazon EC2, что позволяет экономить средства и уделять больше времени анализу.

Полный пример использования »

dnanexus_40

Пример использования: DNAnexus

Компания DNANexus разработала платформу для облачной геномной информатики и управления данными на AWS. Благодаря AWS компания DNAnexus обеспечила соответствие нормативным требованиям и безопасность, а также точную регулировку данных для прозрачности, воспроизводимости и предоставления.

Полный пример использования »

60x40-fabric-genomics_logo

Пример использования: Fabric Genomics

Fabric Genomics предоставляет решения для сквозного анализа геномных данных, их аннотирования, курирования, классификации и создания отчетности для клинического использования. Компания Fabric Genomics выбрала AWS для размещения своего ПО, благодаря быстроте вычислений и безопасности.

Полный пример использования »

Seven Bridges Genomics Logo

Пример использования: Seven Bridges Genomics

Компания Seven Bridges Genomics создала свою платформу геномного анализа на AWS, сделав анализ более доступным и финансово выгодным для исследователей. 

Полный пример использования »

customer-ref_baylor

Пример использования: Медицинский колледж Бэйлора

Медицинский колледж Бейлора работает над идентификацией генов, которые отвечают за старение и сердечные болезни. Колледж Baylor совместно с компанией DNAnexus создали решение, построенное исключительно на основе AWS, платформу DNAnexus как услугу, использующую Amazon S3 и Amazon Glacier для хранения более 1 петабайта геномных данных колледжа.

Полный пример использования »

customer-ref_bayer-crop-science

Пример использования Bayer CropScience

Компания Bayer CropScience помогает клиентам определять, где и когда садить растения, для чего требуется циклически использовать рабочие нагрузки. Компания Bayer обратилась к AWS, чтобы получить более гибкое и экономное решение для своей платформы.

Полный пример использования »

case-studies_icahn-school

Пример использования: школа медицины Икана медицинского центра Маунт‑Синай

Школа медицины Икана при медицинском центре Маунт-Синай и компания Station X создали программную платформу геномных данных GenePool. Благодаря тому, что платформа основана на AWS, она может масштабироваться за считанные минуты и хранить данные для преобразования и клинической геномики.


Полный пример использования »


Начать работу

Лидирующие компании в области геномики уже используют решения AWS. Свяжитесь с нашими специалистами и начните работать с облаком AWS уже сегодня.