Les flux de travail AWS HealthOmics prennent désormais en charge la mise en cache des appels et l'accès aux fichiers intermédiaires
Nous sommes ravis d'annoncer que les flux de travail AWS HealthOmics permettent désormais de réutiliser les résultats des tâches des exécutions précédentes, ce qui permet de gagner du temps et de réduire les coûts de calcul pour les clients. AWS HealthOmics est un service entièrement géré qui permet aux organisations du secteur de la santé et des sciences de la vie de stocker, d'interroger et d'analyser des données omiques, mais aussi de générer des informations pour améliorer la santé et favoriser les découvertes scientifiques. Avec cette version, les clients peuvent accélérer le développement de nouveaux pipelines en reprenant les exécutions à partir d'un point de défaillance ou de modification de code antérieur.
La mise en cache des appels, ou la possibilité de reprendre les exécutions, permet aux clients de redémarrer les exécutions à partir du moment où de nouvelles modifications de code sont introduites, en ignorant les tâches inchangées qui ont déjà été calculées pour accélérer les cycles de développement itératifs des flux de travail. En outre, les fichiers intermédiaires des tâches sont stockés dans un cache d'exécution, ce qui permet un débogage avancé et la résolution des erreurs de flux de travail pendant le développement. Dans les flux de production, la mise en cache des appels enregistre les résultats partiels des exécutions échouées afin que les clients puissent réexécuter l'échantillon à partir du point de défaillance, au lieu de calculer à nouveau les tâches terminées avec succès, ce qui réduit les temps de retraitement.
La mise en cache des appels est désormais prise en charge pour les langages de flux de travail Nextflow, WDL, et CWL créés dans toutes les régions où AWS HealthOmics est disponible, à savoir USA Est (Virginie du Nord), USA Ouest (Oregon), Europe (Francfort, Irlande, Londres), Asie-Pacifique (Singapour) et Israël (Tel Aviv). Pour commencer à utiliser la mise en cache des appels, consultez la documentation relative à AWS HealthOmics.