Simplifique e acelere a análise de dados genômicos com acesso às melhores ferramentas disponíveis para escalar sob demanda com a AWS para genômica.
Fluxos de trabalho Ready2Run do AWS HealthOmics
Transforme dados genômicos e biológicos em insights
Automatize e acelere a análise secundária
Para ajudar as organizações de genômica a otimizar fluxos de trabalho e reduzir o tempo de análise, a AWS para Genômica oferece uma variedade de soluções e serviços de automação de fluxos de trabalho e análise secundária da AWS e de parceiros da AWS. Serviços gerenciados, como o AWS HealthOmics, fornecem computação de bioinformática totalmente gerenciada.
Casos de uso de análise secundária de genômica
Automação do fluxo de trabalho
Para executar fluxos de trabalho de genômica, são necessários provisionamento e configurações manuais. A automação de fluxo de trabalho e as ferramentas de orquestração da AWS, os parceiros da AWS e a comunidade de código aberto podem ajudar a acelerar pesquisas e escalar recursos computacionais. Serviços gerenciados como o AWS HealthOmics fornecem computação de bioinformática totalmente gerenciada. Basta trazer seus dados, ferramentas e definição de fluxo de trabalho e executar suas análises genômicas com poucos cliques. Acesse a Biblioteca de soluções.
Soluções da AWS
Solução: fluxos de trabalho genômicos de automação na AWS com a Amazon Genomics CLI
A Amazon Genomics CLI é uma ferramenta de código aberto que fornece uma interface de linha de comando fácil de usar para configurar e executar fluxos de trabalho genômicos na AWS rapidamente, viabilizando estudos genéticos populacionais mais rápidos e econômicos, ciclos de descoberta de medicamentos e muito mais.
Solução: análises secundárias de genômica utilizando o AWS Step Functions e o AWS Batch
A solução de análises secundárias de genômica utilizando o AWS Step Functions e o AWS Batch estabelece um ambiente escalável na AWS para desenvolver, compilar, implantar e executar pipelines de análise secundária de genômica como, por exemplo, o processamento de sequências genômicas brutas em denominações de variantes.
Clientes em destaque
Com a AWS, a Fred Hutch Microbiome Research Initiative reduz o tempo de computação de sete anos para sete dias.
A Gritstone Oncology usa a AWS e uma fila de trabalhos compartilhada orientada pelo Nextflow para distribuir trabalhos e solucionar o fluxo de dados.
A Helix usa o BaseSpace Sequence Hub, uma plataforma de análise de dados genômicos da Illumina, para capacitar seu trabalho.
Soluções de parceiros em destaque
“As principais empresas de diagnóstico e biofarmacêutica utilizam a DNAnexus na AWS para automatizar tarefas recorrentes com grande volume de dados para obter velocidade e precisão. Consequentemente, essas empresas obtêm uma redução considerável em pesquisa e desenvolvimento, acelerando o desenvolvimento de pipelines de semanas para horas.”
“A Seqera Labs e a AWS colaboraram para garantir que a AWS seja o ambiente escolhido para workloads de ciências biológicas. A Nextflow e o Nextflow Tower se integram de maneira simples ao AWS Batch para obter computação elástica, ao EKS para implantações perfeitas e aos serviços de armazenamento de objetos e arquivos da AWS, obtendo armazenamentos de dados econômicos e de alta performance.”
“A plataforma e as ferramentas de análise da Seven Bridges, como a GRAF™ e a ARIA™, contam com a flexibilidade e a escalabilidade da AWS para permitir que pesquisadores se beneficiem de grandes repositórios de dados genômicos e fenotípicos. Esses repositórios têm um grande potencial para revelar insights transformadores sobre os fundamentos de doenças, novas abordagens de tratamentos e modelos in silico de doenças.”
Parceiros de consultoria em destaque
A plataforma DRAGEN Bio-IT da Illumina permite a análise ultrarrápida de dados de sequenciamento de nova geração (NGS) de grandes conjuntos de dados, como genomas completos, exomas e genes ou painéis. A análise inclui mapeamento, alinhamento, classificação, marcação de duplicatas, denominação de pequenas variantes, entre outros.
Análise secundária
Conforme a adoção da genômica continua acelerando, a análise secundária é bastante mencionada como um obstáculo. Para acelerar a análise e acompanhar o aumento da demanda, as organizações de genômica usufruem da escalabilidade e do custo-benefício da AWS.
Soluções da AWS
Serviço: AWS HealthOmics para computação de bioinformática totalmente gerenciada
O AWS HealthOmics oferece suporte à análise em grande escala e à pesquisa colaborativa em populações inteiras com armazenamentos de dados com propósito específico, transformando dados genômicos e biológicos brutos em insights de nível de paciente e de saúde da população.
Solução: DRAGEN na AWS
A Dynamic Read Analysis for Genomics (DRAGEN) da Illumina na AWS permite a análise ultrarrápida de dados de sequenciamento de nova geração.
Solução: análises secundárias de genômica utilizando o AWS Step Functions e o AWS Batch
A solução de análises secundárias de genômica utilizando o AWS Step Functions e o AWS Batch estabelece um ambiente escalável na AWS para desenvolver, compilar, implantar e executar pipelines de análise secundária de genômica como, por exemplo, o processamento de sequências genômicas brutas em denominações de variantes.
Clientes em destaque
A plataforma DRAGEN Bio-IT da Illumina fornece resultados precisos e ultrarrápidos de análises secundárias. Os clientes podem impulsionar e acelerar substancialmente suas análises com a DRAGEN em execução em instâncias F1 do Amazon EC2.
Com a AWS, o Munich Leukemia Lab reduziu o tempo de resposta para processar dados do genoma dos pacientes de 20 horas para três horas, ajudando a acelerar a pesquisa e melhorar o diagnóstico da leucemia.
A Ancestry conta com o Amazon EFS para permitir que vários cientistas realizem pesquisas genômicas, aumentem ou diminuam a escala de computação e armazenamento e integrem cientistas mais rapidamente.
Soluções de parceiros em destaque
“Precisão e velocidade são fundamentais para revelar o poder do genoma humano. A plataforma DRAGEN Bio-IT da Illumina fornece resultados precisos e ultrarrápidos de análises secundárias. Os clientes podem impulsionar e acelerar consideravelmente suas análises com a DRAGEN em execução na AWS.”
“O NVIDIA Clara Parabricks Pipelines é um framework de computação acelerada por GPU que oferece suporte a aplicações genômicas que prolongam o DNA para RNA. A combinação entre a aceleração do Parabricks e a escalabilidade da AWS está impulsionando o setor de genômica a realizar projetos de forma mais rápida e econômica, além de permitir que pesquisadores identifiquem mais variantes genéticas em seus dados.”
“A plataforma e as ferramentas de análise da Seven Bridges, como a GRAF™ e a ARIA™, contam com a flexibilidade e a escalabilidade da AWS para permitir que pesquisadores se beneficiem de grandes repositórios de dados genômicos e fenotípicos. Esses repositórios têm um grande potencial para revelar insights transformadores sobre os fundamentos de doenças, novas abordagens de tratamentos e modelos in silico de doenças.”
Parceiros de consultoria em destaque
Recurso em destaque
Optimizing Secondary Analysis Compute Costs (Como otimizar custos de computação com análise secundária)
Aprenda a otimizar custos de computação com análise secundária usando o Amazon Elastic Compute Cloud (EC2), instâncias spot e o AWS Batch.
Comece a usar
