Panoramica

AWS HealthOmics consente ai clienti di accelerare le scoperte scientifiche con un’infrastruttura di bioinformatica e scoperta di farmaci completamente gestita e progettata per gestire flussi di lavoro e archiviazione su vasta scala. Con HealthOmics, i prezzi sono calcolati in base all’uso effettivo e non ci sono costi di licenza HealthOmics.

HealthOmics offre due tipi di flussi di lavoro. I flussi di lavoro privati sono personalizzati e definiti dall’utente; consentono di portare i propri script bioinformatici scritti nei linguaggi di flusso di lavoro utilizzati più di frequente. I prezzi dei flussi di lavoro privati si basano sulle risorse di calcolo e di file system richieste per ogni esecuzione. I flussi di lavoro Ready2Run sono pipeline bioinformatiche predefinite basate su analisi di settore comuni e prevedono il pagamento di un costo fisso per esecuzione.

HealthOmics offre due tipi di archiviazione. Gli archivi di riferimento e delle sequenze sono archivi di dati per oggetti che utilizzano tiering, compressione e catalogazione dei metadati per consentire l’archiviazione e l’organizzazione dei dati bioinformatici a costi contenuti. I prezzi si basano sulla dimensione dell’oggetto archiviato e sul livello dati. Gli archivi di varianti e annotazioni sono archivi zero-ETL che estraggono dati chiave dai dati bioinformatici per creare un data lake ottimizzato per la ricerca e la creazione di coorti. I prezzi si basano sulle dimensioni di archiviazione delle informazioni estratte.

È possibile utilizzare i flussi di lavoro e gli archivi dati insieme o separatamente, a seconda della necessità. Se hai la possibilità di impegnarti nell’utilizzo per tre o cinque anni, ti invitiamo a contattarci per conoscere i prezzi scontati.

Esplora i prezzi per tipo

Con AWS HealthOmics, i prezzi sono calcolati solo in base all’uso effettivo. Esplora i prezzi per tipo di seguito.

Piano gratuito

Grazie al Piano gratuito AWS, è possibile iniziare a utilizzare AWS HealthOmics gratuitamente. Al momento dell’iscrizione, i nuovi clienti AWS ricevono fino a 275 ore di istanza omics.m.xlarge (o equivalenti) e 49.000 gigabyte all’ora di archiviazione per l’esecuzione di flussi di lavoro privati, 1.500 gigabase al mese di archiviazione attiva e di archiviazione nell’archivio delle sequenze, e 200 gigabyte al mese di archiviazione nell’archivio di varianti. L’utilizzo del piano gratuito viene calcolato ogni mese in tutte le Regioni, ad eccezione delle regioni AWS GovCloud (Stati Uniti), e viene applicato automaticamente in fattura; l’utilizzo mensile non utilizzato non verrà trasferito per un utilizzo futuro. Si applicano restrizioni; consulta i termini per ulteriori dettagli.

 

Uso del piano gratuito mensile per i primi 2 mesi
Flussi di lavoro di HealthOmics

Flussi di lavoro privati: 275 ore di istanza omics.m.xlarge, o istanze di calcolo equivalenti, e 49.000 GB all’ora di archiviazione di esecuzione
Datastore di HealthOmics Archivio delle sequenze: 1.500 gigabase al mese nella classe di archiviazione attiva e 1.500 gigabase al mese nella classe di archiviazione per archivio

Archivio di varianti: 200 gigabyte al mese

I clienti AWS ricevono 100 GB gratuiti di trasferimento dei dati in uscita su Internet ogni mese, aggregati in tutti i servizi e le regioni AWS (eccetto Cina e GovCloud).

Prezzi dei flussi di lavoro privati

I flussi di lavoro privati sono flussi di lavoro personalizzati che vengono definiti in base al linguaggio di flusso di lavoro prescelto per eseguire pipeline di bioinformatica o scoperta di nuovi farmaci. Il costo è suddiviso in due componenti: le istanze delle attività del flusso di lavoro e l’archiviazione di esecuzione.

Viene addebitata l’istanza omica utilizzata per ogni attività del tuo flusso di lavoro. Ogni attività del flusso di lavoro è mappata sulla più piccola istanza omica disponibile che soddisfi le vCPUs, la memoria e/o le GPU richieste per l’attività. Ad esempio, un’attività definita per utilizzare 8 CPU e 60 GiB di RAM verrà mappata al tipo di istanza omics.r.2xlarge per l’esecuzione. HealthOmics fornisce sempre esattamente le risorse richieste. In questo esempio, per l’operazione saranno disponibili 8 CPU e 60 GiB di RAM. Le attività vengono fatturate con incrementi di 1 secondo; tuttavia, esiste una soglia di fatturazione minima di 60 secondi per attività. Nel caso in cui non si specifichino vCPUs o memoria per un’attività, HealthOmics fornirà automaticamente il tipo di istanza più piccolo disponibile, omics.c.large, per queste attività. Inoltre, non vengono addebitati i costi di calcolo associati al data staging, ovvero alla gestione temporanea dei dati (ad esempio, importazioni ed esportazioni), e non sono previsti costi tra diverse zone di disponibilità (AZ).

Si paga per le risorse solamente quando l’esecuzione si trova nello stato In esecuzione. Non viene addebitato alcun costo per le esecuzioni negli stati di attesa, di avvio o di arresto. Per le esecuzioni annullate o non riuscite, verranno addebitate tutte le risorse utilizzate fino al momento dell’annullamento o dell’esito negativo.

Puoi visualizzare il costo totale per esecuzione nella console di Gestione fatturazione e costi. HealthOmics fornisce anche uno strumento open source run analyzer per aiutarti a ottimizzare le risorse di esecuzione, i costi e le prestazioni. Se prevedi di eseguire flussi di lavoro di produzione su larga scala e hai la possibilità di impegnarti per tre o cinque anni di utilizzo, ti invitiamo a contattarci per conoscere i prezzi scontati.

 

Archiviazione delle esecuzioni

HealthOmics fornisce a ogni esecuzione un file system temporaneo condiviso che memorizza gli input, gli output, le directory di lavoro e i file intermedi del flusso di lavoro accessibili a tutte le attività all’interno di un’esecuzione. Per impostazione predefinita, HealthOmics fornisce un file system dinamico che si ridimensiona automaticamente. L’archiviazione dinamica delle esecuzioni scala in base all’utilizzo e non richiede un requisito minimo di provisioning dell’archiviazione. È inoltre possibile scegliere un file system pre-provisioning (statico) con un throughput maggiore per carichi di lavoro di grandi dimensioni e con picchi di attività con un’elevata simultaneità delle attività. È possibile eseguire il provisioning dell’archiviazione statica delle esecuzioni con dimensioni di 1.200 GiB, 2.400 GiB e incrementi aggiuntivi di 2.400 GiB, con una dimensione minima di 1.200 GiB.

Archiviazione temporanea

HealthOmics fornisce a ciascuna attività del flusso di lavoro uno spazio di archiviazione temporaneo per l’elaborazione dei dati scratch su volumi locali anziché sull’archiviazione di esecuzione condivisa. I costi dello spazio di archiviazione temporaneo dipendono dalla quantità di spazio di archiviazione temporaneo allocato alle attività del flusso di lavoro e dalla durata di esecuzione di tali attività, misurata in secondi. 16 GiB di spazio di archiviazione temporaneo sono disponibili per tutte le attività HealthOmics senza costi aggiuntivi. È possibile allocare ulteriore spazio di archiviazione temporaneo alle attività del flusso di lavoro, fino a 3.072 GiB. Pagherai solo per lo spazio di archiviazione temporaneo aggiuntivo che configuri.

Prezzi dei flussi di lavoro Ready2Run

I flussi di lavoro Ready2Run sono flussi di lavoro preconfigurati progettati da società di software di terze parti leader del settore, come NVIDIA, Sentieon, Element Biosciences e Ultima, insieme a pipeline open source comuni come i flussi di lavoro GATK del Broad Institute e AlphaFold per la previsione della struttura proteica. È possibile utilizzare semplicemente i flussi di lavoro Ready2Run per elaborare i dati senza la necessità di gestire gli strumenti software o gli script del flusso di lavoro. I flussi di lavoro Ready2Run sono basati su costo per esecuzione, e viene addebitata la stessa tariffa fissa quando le esecuzioni vengono completate correttamente, indipendentemente dal tempo di esecuzione. Se l’esecuzione viene annullata o non viene completata correttamente entro la prima ora, il costo per esecuzione viene ripartito proporzionalmente in base alla prima ora di utilizzo. Le esecuzioni che vengono eseguite per più di 1 ora vengono fatturate per l’intero prezzo dell’esecuzione. I flussi di lavoro Sentieon Ready2Run richiedono l’acquisto di un abbonamento separato presso Sentieon. Un abbonamento di valutazione gratuito di due settimane viene fornito automaticamente da Sentieon senza costi aggiuntivi agli utenti che utilizzano Sentieon Ready2Run per la prima volta. Per visualizzare informazioni dettagliate sui flussi di lavoro Ready2Run disponibili, inclusi i parametri di input, i diagrammi dei flussi di lavoro e i tempi di esecuzione stimati, visita la console HealthOmics.

Prezzi dei datastore

I datastore HealthOmics sono archivi gestiti in modo reperibile, accessibile, interoperabile e riutilizzabile (i cosiddetti FAIR) per dati di esempio su larga scala con compressione automatica dei dati e interrogabilità ottimizzata di varianti/annotazioni.

L’archivio delle sequenze offre risparmi sui costi grazie al tiering e alla compressione basati sull’utilizzo. Gli oggetti archiviati sono raggruppati in set di lettura per l’organizzazione e la reperibilità. Quando i dati vengono archiviati nell’archivio delle sequenze, il pagamento avviene per gigabase al mese. Un gigabase è un miliardo di basi dai file di sequenza importati (come FASTQ, BAM e CRAM). Poiché la fatturazione è per gigabase, non è necessario preoccuparsi dei formati dei file o delle tecniche di compressione ottimali. AWS HealthOmics ottimizza il tutto per conto dell’utente. È possibile accedere ai dati nell’archivio delle sequenze in due modi: 1) Tramite le API HealthOmics di lettura, scrittura e aggiornamento, e le API S3 di lettura. Per l’accesso tramite le API HealthOmics, il pagamento avviene in base alle richieste GET inviate agli oggetti read-set. Tutti gli altri tipi di richiesta HealthOmics sui read-set sono gratuiti. 2) Tramite API S3 LIST e GET. Per l’accesso tramite API S3, le richieste COPY e LIST vengono fatturate separatamente da tutti gli altri tipi di richiesta. Per vedere un confronto tra i costi di HealthOmics Sequence Store e quelli di opzioni di archiviazione alternative, consulta il nostro blog: https://aws.amazon.com/blogs/industries/store-omics-data-cost-effectively-at-any-scale-with-aws-healthomics/

Gli archivi di varianti e annotazioni utilizzano zero-ETL per preparare i dati di varianti e annotazioni per l’esecuzione di query, la creazione di coorti e l’analisi con servizi AWS come Amazon Athena e Amazon SageMaker. I file inseriti vengono elaborati da HealthOmics e convertiti in formati ottimizzati per le query. È possibile archiviare qualsiasi quantità di dati di varianti e annotazioni, e il pagamento avviene in base a ciò che viene archiviato. La dimensione dei dati fatturati è definita come la dimensione dei dati dopo l’inserimento e la trasformazione. L’accesso ai dati nell’archivio delle varianti e delle annotazioni avviene in genere tramite altri servizi AWS. Quando vengono eseguite query e analisi di dati in altri servizi, è necessario pagare per l’utilizzo di tali servizi.

I dati archiviati negli archivi AWS HealthOmics vengono addebitati per una durata di archiviazione minima di 30 giorni, mentre i dati eliminati prima di tale scadenza comportano un addebito proporzionale pari al costo di archiviazione per i giorni rimanenti. 

Esempi di prezzi

  • Una scienziata bioinformatica desidera eseguire un flusso di lavoro Nextflow nei flussi di lavoro AWS HealthOmics nella Regione degli Stati Uniti orientali (Virginia settentrionale). Ha tre attività nel flusso di lavoro. La prima riserva 16 vCPUs e 30 GB di memoria e impiega 3 ore per essere eseguita. La seconda richiede 32 vCPUs e 160 GB di memoria e impiega 2 ore per essere eseguita. La terza riserva 4 vCPU e 10 GB di memoria e impiega 10 minuti per essere eseguita. Il cliente registra il flusso di lavoro e chiama l’API StartRun con il file system predefinito da 1.200 GB. I costi complessivi sono:
    Attività 1 (omics.c.4xlarge): 0,9180 USD/ora × 3 ore = 2,754 USD
    Attività 2 (omics.r.8xlarge): 2,7216 USD/ora × 2 ore = 5,4432 USD
    Attività 3 (omics.m.xlarge): 0,2592 USD/ora × 1/6 ore = 0,0432 USD
    Archiviazione statica delle esecuzioni: 0,0001918 USD/GB all’ora × (1.200 GB × (3 ore + 2 ore + 1/6 ore)) = 1,18916 USD
    Totale: 9,42956 USD

  • Una scienziata bioinformatica sta sviluppando un nuovo flusso di lavoro WDL in AWS HealthOmics nella Regione degli Stati Uniti orientali (Virginia settentrionale). Ha due attività nel flusso di lavoro. La prima riserva 16 vCPUs e 30 GB di memoria e impiega 3,5 ore per essere eseguita. La seconda richiede 32 vCPUs e 160 GB di memoria e impiega 2,25 ore per essere eseguita. Il cliente registra il flusso di lavoro e chiama l’API StartRun con il file system dinamico. Nel corso dell’esecuzione del flusso di lavoro di 5,75 ore, il file system cresce linearmente da 0 GB a 1.043 GB, per un totale di 3.000 GB all’ora di spazio di archiviazione dei file. I costi complessivi sono:
    Attività 1 (omics.c.4xlarge): 0,9180 USD/ora × 3,5 ore = 3,213 USD
    Attività 2 (omics.r.8xlarge): 2,7216 USD/ora × 2,25 ore = 6,1236 USD
    Archiviazione dinamica delle esecuzioni: 0,0004110 USD/GB all’ora × 3.000 GB all’ora = 1,233 USD
    Totale: 10,5696 USD

  • Uno scienziato computazionale desidera eseguire la linea germinale GATK-BP fq2vcf per un flusso di lavoro Ready2Run del genoma 30x nella Regione degli Stati Uniti orientali (Virginia settentrionale) per 3 campioni. Il cliente inserisce i propri dati e chiama l’API StartRun per ogni campione. Il costo per le 3 esecuzioni è:
    Linea germinale GATK-BP fq2vcf per un flusso di lavoro Ready2Run del genoma 30x: 10,00 USD/esecuzione × 3 = 30,00 USD
    Totale: 30,00 USD

  • Un’iniziativa di sequenziamento della popolazione sta iniziando a sequenziare gli individui da una biobanca raccolta. Si è scelto di farlo nella Regione Europa occidentale (Irlanda). Sequenziano 100.000 individui (ciascuno su 130 gigabase, 50 gigabyte) e archiviano i dati di sequenziamento non elaborati nell’archiviazione di AWS HealthOmics. Nei successivi cinque anni, rimangono nella classe di archiviazione dell’archivio dopo i 30 giorni successivi all’importazione, e vi si accede in media due volte quando passano alla classe di archiviazione attiva per 30 giorni. Usano le API S3 per accedere ai file. Ogni genoma viene scaricato in 500 parti, generando 500 chiamate API GET. Il loro costo totale in cinque anni per un singolo genoma è:
    Classe di archiviazione attiva: 0,005769 USD per gigabase/mese × 130 gigabase × 90 giorni = 2,22 USD
    Classe di archiviazione dell’archivio: 0,001154 USD per gigabase/mese × 130 gigabase × (1.825 - 90) giorni = 8,56 USD.
    API S3 GET: 0,0004 USD/1000 chiamate API × (2 × 500 chiamate API) = 0,0004 USD
    Costo totale per 5 anni: 2,22 USD + 8,56 USD + 0,0004 USD = 10,78 USD (o 2,15 USD/anno)

  • Un data scientist ha 3.202 file VCF che desidera analizzare in Amazon Athena nella Regione degli Stati Uniti orientali (Virginia settentrionale). Crea un archivio di varianti e inserisce questi file con le API di AWS HealthOmics. I dati inseriti hanno la dimensione di 1,5 TB. Nel corso del mese successivo, esegue 1.000 query in Athena, calcolando le frequenze alleliche per diverse sottopopolazioni, ciascuna delle quali consuma in media 50 GB. I suoi costi totali mensili sono:
    Archivio varianti: 0,035 USD/GB al mese × (1.024 GB/TB × 1,5 TB) = 53,76 USD
    Amazon Athena: 5 USD/TB × 1.000 × 50/1.024 = 244,14 USD

Prezzi per trasferimento dei dati

Viene addebitato il prezzo per l’intera larghezza di banda in uscita di HealthOmics. Le tariffe per il trasferimento dei dati non si applicano ai dati trasferiti a qualsiasi servizio AWS all’interno della stessa Regione AWS dell’archivio dati. I prezzi riportati di seguito si basano sui dati trasferiti “in entrata” e “in uscita” da AWS HealthOmics (tramite Internet pubblico)†††. Ulteriori informazioni sui prezzi di AWS Direct Connect. Per trasferimenti di dati superiori a 500 TB/mese, contattaci.

I livelli tariffari tengono conto dell’utilizzo aggregato per i trasferimenti di dati in uscita verso Internet su tutti i servizi AWS.

††† Il trasferimento dei dati in uscita potrebbe essere diverso dai dati ricevuti dall’applicazione nel caso in cui la connessione venga interrotta in modo prematuro dall’utente. Ad esempio, se viene effettuata una richiesta per un oggetto da 10 GB e la connessione viene interrotta dopo aver ricevuto i primi 2 GB di dati. AWS HealthOmics tenta di interrompere lo streaming di dati, ma ciò non avviene istantaneamente. Nell’esempio, il trasferimento dei dati in uscita potrebbe essere 3 GB (1 GB in più rispetto ai 2 GB ricevuti). Di conseguenza, verranno addebitati 3 GB di trasferimento dati in uscita.