リファレンスデプロイ

AWS での Illumina DRAGEN

DRAGEN と F1 インスタンスを使用した次世代シーケンシング NGS の超高速分析

この新しいクイックスタートでは、Illumina のデータ分析プラットフォームである、GENomics Complete Suite (DRAGEN CS) 用の Dynamic Read Analysis を AWS クラウドにおよそ 15 分でデプロイします。

DRAGEN CS は、次世代シークエンシング (NGS) データの超高速分析を可能にし、ゲノムデータの分析に必要な時間を大幅に短縮し、正確性を向上します。これには、マッピング、配列、並び替え、マーキングの複製、およびハプロタイプのバリアントの呼び出し用に高度に最適化されたアルゴリズムを提供するバイオインフォマティクスパイプラインが含まれます。これらのパイプラインには DRAGEN Germline V2、DRAGEN Somatic V2 (Tumor および Tumor/Normal)、DRAGEN Virtual Long Read Detection (VLRD)、DRAGEN RNA Gene Fusion, DRAGEN Joint Genotyping、GATK Best Practices が含まれます。

このクイックスタートは、高可用性のための 2 つのアベイラビリティーゾーンをつなげる AWS 環境を構築し、スポットインスタンスとオンデマンドインスタンスのための 2 つの AWS Batch コンピューティング環境を提供します。これらの環境には、ハードウェアアクセラレーションのため、フィールドプログラマブルゲートアレイ (FPGAs) に接続されている DRAGEN F1 インスタンスが含まれます。

Illumina のロゴ

このクイックスタートは Illumina と AWS が共同開発しました。Illumina は
APN パートナーです。

  •  構築するもの
  •  デプロイ方法
  •  コストとライセンス
  •  構築するもの
  • このクイックスタートを使用して、以下の設定可能な環境を AWS 上にセットアップします。

    • 2 つのアベイラビリティーゾーンにまたがる可用性の高いアーキテクチャ。*
    • AWS のベストプラクティスに沿ってパブリックサブネットとプライベートサブネットが設定された Virtual Private Cloud (VPC)。これが、デプロイにおけるネットワークインフラストラクチャとなります。*
    • インターネットへのアクセスを提供するインターネットゲートウェイ。*
    • パブリックサブネット内のマネージド NAT ゲートウェイ。プライベートサブネット内のリソースへのアウトバウンドのインターネットアクセスを提供します。*
    • Docker イメージを構築し、それを Amazon Elastic Container Registry (Amazon ECR) リポジトリにアップロードする AWS CodePipeline パイプライン。
    • 2 つの AWS Batch コンピューティング環境: Amazon Elastic Compute Cloud (Amazon EC2) スポットインスタンス用に 1 つとオンデマンドインスタンス用に 1 つ。
    • スポットインスタンスのコンピューティング環境への送信に優先順位を付け、コストに関して最適化する AWS Batch ジョブキュー。
    • DRAGEN を実行する AWS Batch ジョブ定義。
    • AWS Batch ジョブを実行するための AWS Identity and Access Management (IAM) のロールとポリシー。

    * クイックスタートを既存の VPC にデプロイするテンプレートは、アステリスクが付けられたタスクをスキップし、既存の VPC 設定に誘導します。

  •  デプロイ方法
  • AWS に Illumina DRAGEN をデプロイするには、デプロイガイドの指示に従ってください。デプロイプロセスには、以下の手順が含まれます。

    1. AWS アカウントをお持ちでない場合は、https://aws.amazon.com でサインアップしてください。
    2. AWS Marketplace で DRAGEN Complete Suite をサブスクライブします。
    3. クイックスタートを起動します。それぞれのデプロイにはおよそ 15 分かかります。次の 2 つのオプションから選択できます。
    4. DRAGEN ジョブを実行し、デプロイをテストします。

    ネットワークアーキテクチャを構成し、AWS Batch 環境に任意の数の仮想 CPU を設定し、スポットインスタンスの入札率を指定し、AWS Batch ジョブ再試行の回数を設定することでデプロイをカスタマイズできます。

  •  コストとライセンス
  • このクイックスタートリファレンスデプロイの実行中に使用した AWS のサービスのコストは、お客様が負担します。クイックスタートを使用しても追加コストは発生しません。

    このクイックスタートの AWS CloudFormation テンプレートには、カスタマイズ可能な設定パラメータが含まれています。インスタンスの種類などの設定の一部は、デプロイにかかるコストに影響を与えます。コストの見積もりについては、使用する AWS の各サービスの料金表ページをご覧ください。料金は変更される場合があります。

    このクイックスタートには、DRAGEN Complete Suite 用の Amazon Machine Image (AMI) のサブスクリプションが必要です。これは AWS Marketplace から時間あたり価格で入手できます。