참조 배포

Illumina DRAGEN on AWS

DRAGEN 및 F1 인스턴스를 사용한 차세대 시퀀싱(NGS) 데이터의 초고속 분석

이 Quick Start는 AWS 클라우드에 Illumina DRAGEN(Dynamic Read Analysis for GENomics) Bio-IT Platform을 배포합니다.

DRAGEN Bio-IT Platform을 사용하면 차세대 염기서열 분석(NGS) 데이터를 매우 빠르게 분석하고, 게놈 데이터를 분석하는 데 걸리는 시간을 단축하며, 정확도를 높일 수 있습니다. 여기에는 매핑, 맞춤, 정렬, 중복 표시 및 하플로타입 이형 호출에 최적화된 알고리즘을 제공하는 생물 정보학 파이프라인이 포함되어 있습니다. 이러한 파이프 라인에는 생식선, 체세포(종양 및 종양/정상), RNA, 단일 세포 RNA, 메틸화, 관절 유전형 분석 및 DRAGEN-GATK가 포함됩니다.

이 Quick Start는 고가용성을 위해 2개의 가용 영역에 걸쳐 AWS 환경을 구축하고 스팟 인스턴스와 온디맨드 인스턴스를 위해 2개의 AWS Batch 컴퓨팅 환경을 프로비저닝합니다. 이러한 환경에는 하드웨어 가속화를 위해 FPGA(Field-Programmable Gate Array)에 연결되는 DRAGEN F1 인스턴스가 포함되어 있습니다.

Illumina 로고

이 Quick Start는 Illumina와 AWS가 공동으로 개발하였습니다. Illumina는 AWS 파트너입니다.


AWS Service Catalog 관리자는 이 아키텍처를 자체 카탈로그에 추가할 수 있습니다.  

  •  구축할 내용
  •  배포 방법
  •  비용 및 라이선스
  •  구축할 내용
  • 이 Quick Start를 사용하면 AWS에 다음과 같은 구성 가능한 환경을 설정할 수 있습니다.

    • 두 가용 영역에 걸쳐 있는 고가용성 아키텍처.*
    • AWS 모범 사례에 따라 퍼블릭 및 프라이빗 서브넷으로 구성된 가상 프라이빗 클라우드(VPC). 이는 배포를 위한 네트워크 인프라를 제공합니다.*
    • 인터넷 액세스를 제공하는 인터넷 게이트웨이.*
    • 퍼블릭 서브넷에서, 프라이빗 서브넷의 리소스에 대한 아웃바운드 인터넷 액세스를 허용하기 위한 관리형 NAT 게이트웨이.*
    • Docker 이미지를 생성하고 Amazon Elastic Container Registry(Amazon ECR) 리포지토리로 업로드하는 AWS CodePipeline 파이프라인.
    • 2개의 AWS Batch 컴퓨팅 환경: Amazon Elastic Compute Cloud(Amazon EC2) 스팟 인스턴스용 1개와 온디맨드 인스턴스용 1개.
    • 스팟 인스턴스용 컴퓨팅 환경에 우선적으로 업로드하여 비용을 최적화하는 AWS Batch 작업 대기열.
    • DRAGEN을 실행하기 위한 AWS Batch 작업 정의.
    • AWS Batch 작업을 실행하기 위한 AWS Identity and Access Management(IAM) 역할 및 정책.

    * 기존 VPC에 Quick Start를 배포하는 템플릿에서는 별표가 표시된 작업을 건너뛰고 기존의 VPC 구성을 묻는 메시지를 표시합니다.

  •  배포 방법
  • Illumina DRAGEN on AWS를 배포하려면, 배포 안내서의 지침을 따르십시오. 배포 프로세스에는 다음 단계가 포함됩니다.

    1. 아직 AWS 계정이 없으면 https://aws.amazon.com에서 가입합니다.
    2. AWS Marketplace에서 DRAGEN Bio-IT Platform를 구독합니다.
    3. Quick Start를 시작하세요. 각 배포에는 약 15분이 걸립니다. 다음 2가지 옵션 중에서 선택할 수 있습니다.
    4. DRAGEN 작업을 실행하여 배포를 테스트합니다.

    배포를 사용자 지정하려면 네트워크 아키텍처를 구성하고, AWS Batch 환경에서 원하는 가상 CPU 수를 설정하고, 스팟 인스턴스 입찰 백분율을 지정하고, AWS Batch 작업 재시도 횟수를 설정할 수 있습니다.

    Amazon은 Quick Start에서 AWS와 협업하는 AWS 파트너와 사용자 배포 정보를 공유할 수 있습니다.  

  •  비용 및 라이선스
  • 이 Quick Start 참조 배포를 실행하는 동안 사용되는 AWS 서비스 비용은 고객이 부담해야 합니다. Quick Start 사용에 따르는 추가 비용은 없습니다.

    이 Quick Start에 대한 AWS CloudFormation 템플릿에는 사용자 지정할 수 있는 구성 파라미터가 포함되어 있습니다. 인스턴스 유형과 같은 일부 설정에 따라 배포 비용이 달라집니다. 예상 비용은 사용하려는 각 AWS 서비스에 대한 요금 페이지를 참조하십시오. 요금은 변경될 수 있습니다.

    이 Quick Start에는 DRAGEN Bio-IT Platform용 Amazon 머신 이미지(AMI) 구독이 필요합니다. 이 AMI는 AWS Marketplace에서 시간 단위 요금으로 구독할 수 있습니다.