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Geral Privacidade e segurança

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P: O que é o Amazon Omics?

O Amazon Omics é um serviço especializado que ajuda as organizações de saúde e ciências biológicas e seus parceiros de software a armazenar, consultar e analisar dados genômicos, transcriptômicos e outros dados ômicos, e depois a gerar insights desses dados para melhorar a assistência médica. Ele auxilia na análise e a pesquisa colaborativa em larga escala.

P: Como o Amazon Omics ajuda na eficiência?

O Amazon Omics fornece fluxos de trabalho escaláveis e ferramentas integradas para preparar e analisar dados ômicos, e provisiona e dimensiona automaticamente a infraestrutura subjacente para que você possa dedicar mais tempo à pesquisa e à inovação. O Amazon Omics auxilia na análise e na pesquisa colaborativa em larga escala.

P: Como esse serviço funciona com outros serviços da AWS?

O Amazon Omics pode processar dados diretamente no armazenamento do Amazon Simple Storage Service (S3) ou do Amazon Omics usando os fluxos de trabalho do Amazon Omics. Você pode importar dados, como arquivos de sequência genômica brutos, arquivos em formato de chamada de variável e conjuntos de dados de anotação do Amazon S3 para os armazenamentos de análise e armazenamento compatíveis com bioinformática do Amazon Omics. Você pode controlar o acesso aos repositórios de variáveis e anotações do Amazon Omics usando o AWS Lake Formation. Você também pode usar o Amazon Athena para facilitar a consulta e a combinação de dados com outros formatos de dados, como prontuários médicos do Amazon HealthLake. Além disso, você pode usar os dados transformados no Amazon QuickSight para análises avançadas. Você também pode usar o Amazon SageMaker para criar, treinar e implantar novos algoritmos de machine learning em dados multiômicos e multimodais.

P: Quais são os formatos de dados compatíveis com o Amazon Omics?

Temos dois tipos de armazenamentos de dados, um tipo para dados brutos e biológicos, e outro para dados de variáveis e anotações. O Amazon Omics Storage pode importar genomas de referência no formato FASTA e arquivos brutos de sequência nos formatos FASTQ, BAM e CRAM compactados como gzip. Os repositórios de análise do Amazon Omics podem importar arquivos no formato (g)VCF para dados de variáveis e arquivos VCF, GFF e TSV/CSV para anotações genômicas. Os fluxos de trabalho do Amazon Omics podem ler todos os dados compatíveis com a definição e as ferramentas de fluxo de trabalho do armazenamento do Amazon Omics ou do Amazon S3.

P: Quais são as diferenças entre executar fluxos de trabalho WDL ou Nextflow com fluxos de trabalho do Amazon Omics em vez de implementações de mecanismo de código aberto?

Os fluxos de trabalho do Amazon Omics são compatíveis com as definições de fluxo de trabalho que atendem à especificação WDL 1.1 ou Nextflow 22.10.0. DSL2. Atualmente, as ferramentas referenciadas por fluxos de trabalho devem ser encapsuladas em contêineres compatíveis com OCI e armazenadas em um registro privado no Amazon Elastic Container Registry (ECR). As definições de fluxo de trabalho devem definir saídas finais específicas, e os resultados intermediários são descartados quando uma execução de fluxo de trabalho é concluída. O armazenamento em cache de execuções ou de tarefas de fluxo de trabalho não é possível no momento.

Privacidade e segurança

P: Que tipo de segurança o Amazon Omics oferece?

O Amazon Omics é qualificado pela HIPAA. Você pode usar controles de acesso baseados em atributos para definir quem tem acesso aos recursos do Amazon Omics. Todo armazenamento persistente é compatível com chaves gerenciadas pelo cliente. Permissões brutas e permissões de colunas também estão disponíveis com os armazenamentos de análise do Amazon Omics. As APIs do Amazon Omics são integradas com os logs do AWS CloudTrail e do Amazon CloudWatch para permitir que você gere uma proveniência de dados detalhada e acesse trilhas de auditoria.

P: Preciso de um Adendo de associado comercial (BAA) para poder usar o Amazon Omics?

O Amazon MSK é um serviço qualificado pela HIPAA. Se você estiver armazenando informações de saúde protegidas (PHI) na AWS, é necessário ter um BAA. Você pode obter rapidamente um BAA online usando o AWS Artifact.