คำถามที่พบบ่อยของ Amazon Omics

ถาม: Amazon Omics คืออะไร

Amazon Omics เป็นบริการที่สร้างขึ้นตามวัตถุประสงค์ที่จะช่วยให้องค์กรและพาร์ทเนอร์ของพวกเขาด้านการดูแลสุขภาพและวิทยาศาสตร์ชีวภาพจัดเก็บ สืบค้น และวิเคราะห์ข้อมูลจีโนม การถอดเสียง และข้อมูลโอมิกส์อื่นๆ แล้วสร้างข้อมูลเชิงลึกจากข้อมูลนั้นเพื่อปรับปรุงสุขภาพ สนับสนุนการวิเคราะห์ขนาดใหญ่และการวิจัยร่วมกัน

ถาม: Amazon Omics ช่วยเรื่องประสิทธิภาพได้อย่างไร

Amazon Omics ให้เวิร์กโฟลว์ที่ปรับขนาดได้และเครื่องมือแบบผสานรวมสำหรับการจัดเตรียมและวิเคราะห์ข้อมูลโอมิกส์ รวมถึงจัดเตรียมและปรับขนาดโครงสร้างพื้นฐานที่สำคัญโดยอัตโนมัติ เพื่อให้คุณมีเวลามากขึ้นในการค้นคว้าและสร้างสรรค์นวัตกรรม Amazon Omics สนับสนุนการวิเคราะห์ขนาดใหญ่และการวิจัยร่วมกัน

ถาม: บริการนี้ทำงานกับบริการอื่นๆ ของ AWS อย่างไร

Amazon Omics สามารถประมวลผลข้อมูลได้โดยตรงจาก Amazon Simple Storage Service (S3) หรือพื้นที่จัดเก็บของ Amazon Omics โดยใช้ Amazon Omics ส่วนตัวและเวิร์กโฟลว์ Ready2Run คุณสามารถนำเข้าข้อมูล เช่น ไฟล์เรียงลำดับจีโนมิกส์ดิบ ไฟล์รูปแบบการเรียกใช้ตัวแปร และชุดข้อมูลคำอธิบายประกอบจาก Amazon S3 ไปยังพื้นที่จัดเก็บ Amazon Omics และการวิเคราะห์ที่เข้ากันได้กับชีวสารสนเทศ คุณสามารถควบคุมการเข้าถึงตัวแปร Amazon Omics และที่เก็บคำอธิบายประกอบได้โดยใช้ AWS Lake Formation และใช้ Amazon Athena เพื่อทำให้ข้อมูลง่ายต่อการสืบค้นและรวมกับข้อมูลรูปแบบอื่นๆ เช่น บันทึกทางการแพทย์จาก Amazon HealthLake คุณยังสามารถใช้ Amazon Athena เพื่อทำให้การค้นหาข้อมูลง่ายขึ้นและรวมเข้ากับข้อมูลรูปแบบอื่นๆ เช่น บันทึกสุขภาพทางการแพทย์จาก Amazon HealthLake นอกจากนี้ คุณสามารถใช้ข้อมูลที่แปลงค่าแล้วใน Amazon QuickSight สำหรับการวิเคราะห์ขั้นสูง คุณยังสามารถใช้ Amazon SageMaker เพื่อสร้าง ฝึกฝน และปรับใช้อัลกอริทึมของแมชชีนเลิร์นนิงแบบใหม่บนข้อมูลมัลติโอมิกและมัลติโมดัลของคุณ สุดท้ายคุณยังสามารถใช้ Amazon EventBridge ในการเผยแพร่เหตุการณ์เป็นส่วนหนึ่งของสถาปัตยกรรมที่ขับเคลื่อนด้วยเหตุการณ์ของคุณได้

ถาม: Amazon Omics รองรับรูปแบบข้อมูลใดบ้าง

เรามีพื้นที่จัดเก็บข้อมูลสองประเภท ประเภทหนึ่งสำหรับข้อมูลดิบ ข้อมูลทางชีวภาพ และอีกประเภทหนึ่งสำหรับข้อมูลตัวแปรและข้อมูลคำอธิบายประกอบ Amazon Omics Storage สามารถนำเข้าจีโนมอ้างอิงที่จัดรูปแบบ FASTA และไฟล์เรียงลำดับแบบดิบที่จัดรูปแบบ FASTQ, BAM และ CRAM แบบ gzipped พื้นที่จัดเก็บการวิเคราะห์ของ Amazon Omics สามารถนำเข้าไฟล์ที่จัดรูปแบบ (g)VCF สำหรับข้อมูลตัวแปรและไฟล์ VCF, GFF และ TSV/CSV สำหรับคำอธิบายประกอบจีโนมิกส์ เวิร์กโฟลว์ของ Amazon Omics สามารถอ่านข้อมูลใดๆ ที่ได้รับการรองรับโดยข้อกำหนดเวิร์กโฟลว์ที่คุณกำหนดและเครื่องมือจากพื้นที่จัดเก็บของ Amazon Omics หรือ Amazon S3

ถาม: อะไรคือความแตกต่างระหว่างการเรียกใช้เวิร์กโฟลว์ WDL หรือ Nextflow กับเวิร์กโฟลว์ของ Amazon Omics แทนการใช้เครื่องมือจากโอเพนซอร์ส

เวิร์กโฟลว์ของ Amazon Omics รองรับข้อกำหนดเวิร์กโฟลว์ที่สอดคล้องกับข้อกำหนด WDL 1.1 หรือ Nextflow 22.04.0 DSL2 ปัจจุบัน เครื่องมือที่อ้างอิงโดยเวิร์กโฟลว์ต้องได้รับการสอดแทรกอยู่ในคอนเทนเนอร์ที่สอดคล้องกับ OCI และจัดเก็บไว้ในรีจิสทรีส่วนตัวบน Amazon Elastic Container Registry (ECR) ข้อกำหนดเวิร์กโฟลว์ต้องกำหนดเอาต์พุตขั้นสุดท้ายโดยเฉพาะ ผลลัพธ์ตรงกลางจะถูกละทิ้งเมื่อเวิร์กโฟลว์ดำเนินงานเสร็จสมบูรณ์ ไม่รองรับการแคชด้วยการเรียกใช้เวิร์กโฟลว์หรืองานในขณะนี้

ถาม: ความแตกต่างระหว่างเวิร์กโฟลว์ Ready2Run และเวิร์กโฟลว์ส่วนตัวคืออะไร

เวิร์กโฟลว์ส่วนตัวช่วยให้คุณสามารถนำสคริปต์ชีวสารสนเทศของคุณเองที่เขียนในภาษาเวิร์กโฟลว์ที่ใช้กันมากที่สุดอย่าง WDL และ Nextflow คุณสามารถเรียกใช้เวิร์กโฟลว์ส่วนตัวเหล่านี้ด้วยการดำเนินการเพียงครั้งเดียวซึ่งเป็นที่รู้จักกันว่าการรัน สำหรับเวิร์กโฟลว์ส่วนตัว คุณจะจ่ายเฉพาะสิ่งที่คุณร้องขอเท่านั้นและจะมีการเรียกเก็บเงินจากคุณแบบแยกต่างหากสำหรับประเภทอินสแตนซ์โอมิกส์อื่นๆ และพื้นที่จัดเก็บที่เรียกใช้ งานทั้งหมดในเวิร์กโฟลว์ของคุณจะได้รับการแมปกับอินสแตนซ์ที่เหมาะสมที่สุดสำหรับทรัพยากรที่กำหนดไว้

เวิร์กโฟลว์ Ready2Run เป็นเวิร์กโฟลว์ที่สร้างไว้ล่วงหน้าซึ่งได้รับการออกแบบโดยบริษัทซอฟต์แวร์ชั้นนำระดับโลกอย่าง Sentieon, Inc., NVIDIA และ Element Biosciences พร้อมกับไปป์ไลน์โอเพนซอร์สทั่วไป เช่น เวิร์กโฟลว์การปฏิบัติที่ดีที่สุดของ GATK ของ Broad Institute และ AlphaFold สำหรับการคาดการณ์โครงสร้างโปรตีน คุณสามารถใช้เวิร์กโฟลว์ Ready2Run เพื่อประมวลผลข้อมูลของคุณได้ด้วยเวิร์กโฟลว์ที่ใช้กันมากที่สุดเช่น Germline และ GATK-8P ของ Broad Institute เวิร์กโฟลว์ Ready2Run นั้นคิดค่าใช้จ่ายตามการรันโดยมีราคาที่กำหนดไว้ล่วงหน้า ซึ่งหมายความว่าคุณถูกเรียกเก็บเงินในราคาเดียวกันสำหรับทุกเวิร์กโฟลว์

ถาม: Amazon Omics มีการรักษาความปลอดภัยประเภทใด

Amazon Omics มีคุณสมบัติตรงตาม HIPAA คุณสามารถใช้การควบคุมการเข้าถึงตามแอตทริบิวต์เพื่อกำหนดว่าใครมีสิทธิ์เข้าถึงทรัพยากรของ Amazon Omics พื้นที่จัดเก็บข้อมูลถาวรทั้งหมดรองรับคีย์ที่จัดการโดยลูกค้า สิทธิ์ของแถวและคอลัมน์ยังมีอยู่ในพื้นที่จัดเก็บการวิเคราะห์ของ Amazon Omics Amazon Omics APIs ผสานรวมกับ AWS CloudTrail และ Amazon CloudWatch Logs เพื่อให้คุณสามารถสร้างแหล่งที่มาของข้อมูลโดยละเอียดและเข้าถึงเส้นทางการตรวจสอบได้

ถาม: ฉันจำเป็นต้องมี Business Associate Addendum (BAA) ก่อนจึงจะสามารถใช้ Amazon Omics ได้ใช่ไหม

Amazon Omics เป็นบริการที่มีคุณสมบัติตรงตาม HIPAA หากคุณจัดเก็บข้อมูลสุขภาพที่ได้รับการคุ้มครอง (PHI) บน AWS คุณต้องมี BAA คุณสามารถเข้าสู่ BAA ทางออนไลน์ได้อย่างรวดเร็วโดยใช้ AWS Artifact