Partenaire du 2ème Datathon DATACARE IA Santé de Dijon, AWS a remis le prix Cloud Computing à l’équipe du Défi 1 : Genetic Search engine Covid19

La recherche médicale et les suivis thérapeutiques ont adopté l’intelligence artificielle et le cloud pour améliorer leur efficacité en exploitant des grandes quantités de données.

Pour stimuler l’innovation dans le domaine de la santé, les responsables du DU IA santé de l’Université de Bourgogne à Dijon ont lancé la 2^ième édition du Datathon DATACARE IA Santé avec 5 défis à relever le week-end du 9 au 11 avril 2021. Cinq équipes ont reçu un prix dont celui du Cloud Computing remis par AWS.

L’Intelligence artificielle de plus en plus présente en santé pour accélérer le développement de nouveaux médicaments

La pandémie a prouvé que la combinaison des biotechnologies et des technologies comme le cloud et l’IA pouvaient faire des miracles. Il n’aura fallu que quelques mois pour produire un vaccin alors qu’auparavant cela nécessitait une dizaine d’années. Par exemple, la société Moderna, qui s’est illustrée avec son vaccin ARN messager, a défini une stratégie « Cloud first » pour optimiser la recherche. Elle a conçu un Digital Drug Studio qui utilise des algorithmes de machine learning pour identifier les séquences ARN messager optimales pour produire les effets médicaux espérés.

L’intelligence artificielle a fait son entrée dans les centres hospitaliers français. Début 2019, le service des urgences du CHU de Dijon s’est doté d’un scanner intégrant de l’intelligence artificielle. En début d’année 2020, le Dr Davide Callegarin est devenu officiellement le premier médecin spécialiste en Intelligence artificielle (IA) de France en prenant ses fonctions au CHU Dijon Bourgogne, au sein du laboratoire de Génétique chromosomique et moléculaire (GCM) dirigé par le Professeur Callier. Ce laboratoire est maintenant équipé d’un système d’aide à la classification automatique des chromosomes pour l’analyse du caryotype. Nommé « Ikaros DNN » (Deep Neural Network) et développé par la société MetaSystems, cet outil utilise l’intelligence artificielle pour classer les différents chromosomes. Depuis début Juin 2020, les patients du CHU Dijon Bourgogne bénéficient de cette technologie de pointe qui classe automatiquement les chromosomes des caryotypes prénataux, postnataux et en oncohématologie.

5 défis à relever au cours du 2^ème Datathon DATACARE IA Santé, week-end du 9 au 11 avril 2021

Pour animer l’écosystème IA Santé dijonnais et stimuler l’innovation, le 2^ème Datathon DATACARE IA Santé a proposé cinq défis à relever à des équipes mixtes de développeurs numériques et de professionnels de santé pluridisciplinaires. Les cinq équipes avaient deux jours pour proposer un concept et/ou un prototype innovant et pertinent à base de technologies numériques et d’intelligence artificielle pour :

• Défi 1 – Genetic Search engine Covid19 : Identifier des publications en ligne concernant les prédispositions génétiques du Covid19
• Défi 2 – IRM Cardiovasculaire – IA : Déterminer de manière automatique des plans de coupe en IRM cardiaque
• Défi 3 – Drug Design : Développer une solution numérique de découverte et de conception de médicaments en situation de crise sanitaire
• Défi 4 – Robot Covid19 Guidance : Optimiser le parcours patient en hôpital en respect des gestes barrières
• Défi 5 – REA IA Data : Développer un algorithme prédictif de la survie des patients hospitalisés en réanimation.

Partenaire du 2^ème Datathon DATACARE IA Santé, Amazon Web Services (AWS) a remis le prix Cloud Computing à l’équipe du Défi#1 Genetic Search engine Covid19, lors du webinaire de restitution des résultats qui s’est tenu jeudi 20 mai 2021 (F. Boivin, V. Gatinois, P. Giron, O. Grunewald, A. Ittel, I. Sediki).

Ce défi a consisté à développer un outil de traitement automatique du langage naturel (NLP : natural langage processing) nommé « Sars engine », dans un contexte d’urgence de santé publique mondiale et devant le nombre important d’articles scientifiques à analyser. Cet outil a pour but d’extraire les données scientifiques portant sur les prédispositions génétiques humaines susceptibles de provoquer des formes graves de la COVID 19.

A ce jour, plus de 130 000 articles sont recensés sur le sujet. Cet outil NLP a été développé en langage Python. Les ressources informatiques nécessaires à la réalisation de cet outil, conçu pour travailler en mode multitâche, ont été possibles grâce à la collaboration de développeurs ainsi qu’à la mise à disposition par AWS de ressources de cloud computing lors du datathon/datacare de Dijon en avril 2021.

A ce jour, plus de 130 000 articles sont recensés sur le sujet. Cet outil NLP a été développé en langage Python. Les ressources informatiques nécessaires à la réalisation de cet outil, conçu pour travailler en mode multitâche, ont été possibles grâce à la collaboration de développeurs ainsi qu’à la mise à disposition par AWS de ressources de cloud computing (Amazon S3, AWS Elastic Beanstalk, Amazon Elastic Container Service, AWS Fargate, Amazon Relational Database Service (RDS) lors du datathon/datacare de Dijon en avril 2021.