FAQ

Q: AWS Glue 및 Amazon Athena를 사용한 유전체 3차 분석 및 데이터 레이크 솔루션은 어떤 기능을 제공합니까?

A: 이 솔루션은 AWS에 확장 가능한 환경을 생성하여 대규모 분석을 위한 유전체 데이터를 준비하고, 유전체 데이터 레이크를 기준으로 대화형 쿼리를 수행합니다. 이 솔루션은 유전체 데이터 변환에 사용되는 라이브러리를 구축, 패키징 및 배포하고, 유전체 데이터 준비와 카탈로깅을 위한 데이터 수집 파이프라인을 프로비저닝하며, 유전체 데이터 레이크에 대해 대화형 쿼리를 실행하는 방법을 보여줍니다.

Q: 자체 유전체 데이터, 쿼리 및 노트북을 사용하도록 이 솔루션을 수정할 수 있습니까?

A: 예. 데이터를 수집, 준비 및 카탈로깅하기 위해 AWS Glue 작업 및 크롤러를 추가하고 데이터 분석을 수행하기 위해 새 Jupyter 노트북 및 Amazon Athena를 추가하는 등, 특정 요구 사항에 맞추어 솔루션을 수정할 수 있습니다. 각 변경 사항은 CI/CD 파이프라인에서 추적되므로 변경 제어 관리, 롤백 및 감사가 용이합니다.

Q: 데이터를 준비하는 데 어떤 생물 정보학 도구가 사용됩니까?

A: 이 솔루션은 타사 생물 정보학 도구를 사용하여 유전체 데이터 레이크에 수집할 데이터를 준비하는 방법을 보여 줍니다. 제공된 예제는 Broad Institute의 Hail을 사용하여 처리를 위해 VCF(Variant Call File) 형식의 유전체 변이 데이터를 Spark 데이터 프레임으로 읽습니다. 또한 이 솔루션은 AWS CodeBuild를 사용하여 소스에서 Hail와 같은 타사 도구를 구축하여 AWS Glue Job에서 사용하기 위해 Amazon S3 버킷에 배포하는 방법도 보여 줍니다.

Q: 이 솔루션에서는 어떤 생물 정보학 데이터 세트를 사용합니까?

A: 이 솔루션은 ClinVar 데이터 세트, 1000 유전체 데이터 세트의 일부, 개별 1000 Genomes VCF를 솔루션 데이터 레이크 버킷에 배포합니다. 이러한 데이터 세트는 AWS Glue 및 Amazon Athena를 사용하여 유전체 데이터를 수집, 준비, 분석하는 방법을 보여 주는 데 사용됩니다. 마지막으로, Jupyter 노트북 내에서 약물 반응 보고서를 생성하는 방법을 보여 주는 Jupyter 노트북이 제공됩니다.

Q: 이 솔루션을 모든 AWS 리전에 배포할 수 있습니까?

A: 아니요, 이 솔루션은 현재 특정 AWS 리전에만 제공되는 AWS CodePipeline 서비스를 사용합니다. 따라서 이 솔루션은 이 서비스가 제공되는 AWS 리전에 출시해야 합니다. 가장 최근 리전별 가용성 정보는 리전별 AWS 서비스 제품군을 참조하십시오.

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