Semplifica e accelera l'analisi dei dati genomici con l'accesso ai migliori strumenti disponibili per la scalabilità on demand con AWS for Genomics.
Flussi di lavoro Ready2Run di AWS HealthOmics
Trasforma i dati genomici e biologici in informazioni dettagliate
Automatizza e accelera l'analisi secondaria
Per aiutare le organizzazioni di genomica a ottimizzare i flussi di lavoro e ridurre i tempi di analisi, AWS per la genomica offre una vasta gamma di soluzioni e servizi di automazione dei flussi di lavoro e analisi secondarie di AWS e dei partner AWS. Servizi gestiti come AWS HealthOmics forniscono calcoli di bioinformatica completamente gestiti.
Casi d’uso dell’analisi genomica secondaria
Automazione dei flussi di lavoro
L'esecuzione di flussi di lavoro di genomica richiede il provisioning e le configurazioni manuali. Gli strumenti di orchestrazione e automazione del flusso di lavoro di AWS, dei partner AWS e della comunità open source possono aiutare ad accelerare la ricerca e a dimensionare le capacità di elaborazione. Servizi gestiti come AWS HealthOmics forniscono calcoli di bioinformatica completamente gestiti: dopo avere raccolto dati, strumenti e definizioni del flusso di lavoro, potai eseguire le analisi genomiche in pochi clic. Visita la Biblioteca di soluzioni.
Soluzioni AWS
Soluzione: Automatizzazione dei flussi di lavoro genomici su AWS con Amazon Genomics CLI
Amazon Genomics CLI è uno strumento open source che fornisce un'interfaccia a riga di comando facile da usare per configurare ed eseguire rapidamente i flussi di lavoro di genomica su AWS, consentendo studi genetici a livello di popolazione, cicli di scoperta di farmaci più rapidi ed economici e altro ancora.
Soluzione: analisi secondarie di genomica tramite AWS Step Functions e Batch AWS
L'analisi secondaria di genomica che utilizza AWS Step Functions e Batch AWS crea un ambiente scalabile in AWS per sviluppare, costruire, implementare ed eseguire pipeline di analisi secondarie di genomica, ad esempio, elaborando sequenze di genomi interi grezzi in chiamate di varianti.
Clienti in evidenza
Grazie ad AWS, la Fred Hutch Microbiome Research Initiative ha ridotto il suo tempo di elaborazione da 7 anni a 7 giorni.
Gritstone Oncology utilizza AWS e una coda di lavoro condivisa basata su Nextflow per inviare processi e gestire il flusso di dati.
Helix utilizza BaseSpace Sequence Hub, una piattaforma di analisi dei dati genomici di Illumina, per migliorare il suo lavoro.
Soluzioni dei partner in evidenza
"Top diagnostics and biopharma companies leverage DNAnexus on AWS to automate recurrent data intensive tasks for speed and accuracy. Di conseguenza, queste aziende ottengono una drastica riduzione della loro ricerca e sviluppo, accelerando lo sviluppo della pipeline da settimane a ore".
"Seqera Labs e AWS hanno collaborato per essere certi che AWS fosse l'ambiente preferito per i carichi di lavoro del settore sanitario. Nextflow e Nextflow Tower sono perfettamente integrati in Batch AWS per un calcolo elastico, EKS per un'implementazione senza interruzioni e servizi di archiviazione di file e oggetti AWS per un'archiviazione dei dati conveniente e performante".
"La piattaforma Seven Bridges e gli strumenti di analisi Seven Bridges come GRAF™ e ARIA™ si basano sulla flessibilità e la scalabilità di AWS per consentire ai ricercatori di trarre vantaggio da archivi di dati genomici e fenotipici di dimensioni enormi che hanno il potenziale per rivelare approfondimenti trasformativi dei fattori scatenanti della malattia, nuovi approcci terapeutici e modelli di malattia in silico".
Partner di consulenza in evidenza
La piattaforma DRAGEN Bio-IT di Illumina consente un'analisi ultrarapida dei dati di Next Generation Sequencing (NGS) per set di dati di grandi dimensioni, come interi genomi, esomi e geni/panel. L'analisi include la mappatura, l'allineamento, l'ordinamento, la marcatura dei duplicati, l'identificazione di piccole varianti e altro ancora.
Analisi secondaria
Poiché l'adozione della genomica continua ad accelerare, l'analisi secondaria viene spesso citata come un vincolo. Per accelerare l'analisi e tenere il passo con l'aumento della domanda, le organizzazioni di genomica sfruttano la scalabilità e l'efficienza dei costi di AWS.
Soluzioni AWS
Servizio: AWS HealthOmics per calcoli di bioinformatica completamente gestiti
AWS HealthOmics supporta le analisi su vasta scala e la ricerca collaborativa su intere popolazioni con datastore realizzati a hoc, trasformando i dati grezzi genomici e biologici in informazioni approfondite sullo stato di salute a livello di paziente e di popolazione.
Soluzione: DRAGEN su AWS
L'analisi dinamica della lettura per la genomica (DRAGEN) di Illumina su AWS consente un'analisi ultrarapida dei dati di sequenziamento di prossima generazione.
Soluzione: analisi secondarie di genomica tramite AWS Step Functions e Batch AWS
L'analisi secondaria di genomica che utilizza AWS Step Functions e Batch AWS crea un ambiente scalabile in AWS per sviluppare, costruire, implementare ed eseguire pipeline di analisi secondarie di genomica, ad esempio, elaborando sequenze di genomi interi grezzi in chiamate di varianti.
Clienti in evidenza
La piattaforma DRAGEN Bio-IT di Illumina fornisce un'analisi secondaria accurata e ultra rapida. I clienti possono potenziare e accelerare notevolmente le loro analisi con DRAGEN in esecuzione sulle istanze F1 di Amazon EC2.
Servendosi di AWS, il Munich Leukemia Lab ha ridotto i tempi di elaborazione dei dati dei genomi dei pazienti da 20 a 3 ore, contribuendo ad accelerare la ricerca e migliorare la diagnosi della leucemia.
Ancestry si affida ad Amazon EFS per consentire a più scienziati di eseguire ricerche genomiche, aumentare o diminuire il calcolo e lo storage e integrare gli scienziati più rapidamente.
Soluzioni dei partner in evidenza
"La precisione e la velocità sono essenziali per mappare il genoma umano. La piattaforma DRAGEN Bio-IT di Illumina fornisce un'analisi secondaria accurata e ultra rapida. I clienti possono potenziare e accelerare notevolmente le loro analisi con DRAGEN in esecuzione su AWS".
"NVIDIA Clara Parabricks Pipelines è un framework di calcolo accelerato da GPU, che supporta applicazioni genomiche che vanno dal DNA all'RNA. L'accelerazione di Parabricks, unita alla scalabilità di AWS, sta spingendo l'industria della genomica a realizzare progetti più velocemente, in modo più conveniente e consentendo ai ricercatori di identificare più varianti genetiche nei loro dati".
"La piattaforma Seven Bridges e gli strumenti di analisi Seven Bridges come GRAF™ e ARIA™ si basano sulla flessibilità e la scalabilità di AWS per consentire ai ricercatori di trarre vantaggio da archivi di dati genomici e fenotipici di dimensioni enormi che hanno il potenziale per rivelare approfondimenti trasformativi dei fattori scatenanti della malattia, nuovi approcci terapeutici e modelli di malattia in silico".
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Ottimizzazione dei costi di elaborazione dell'analisi secondaria
Scopri come ottimizzare i costi di elaborazione dell'analisi secondaria utilizzando Amazon Elastic Compute Cloud (EC2), istanze Spot e Batch AWS.
