AWS HealthOmics が Nextflow ワークフロー向けにリソースフォールバック順序を導入
本日、AWS HealthOmics は Nextflow ワークフローのタスク向けにリソースフォールバックディレクティブを導入しました。これにより、CPU インスタンスへのフォールバックも含めて、優先するアクセラレーターの種類を順序付きリストとして定義できるようになりました。研究者やバイオインフォマティクス技術者は、この指令を利用することで、アクセラレータの制約による実行の診断や再送信にかかる時間を短縮し、制作ワークフローを継続的に稼働させることができます。AWS HealthOmics は、フルマネージドのバイオインフォマティクスワークフローを大規模に使用して、ヘルスケアやライフサイエンスのお客様が科学的ブレークスルーを加速できるよう支援する、HIPAA 適格サービスです。
Nextflow ワークフローのリソースフォールバックを使用すると、タスクで使用したいアクセラレーターを優先的に指定できます。優先したアクセラレーターが利用できない場合、HealthOmics は再送信することなく、フォールバック内で指定された代替案を自動的に順番に試行します。各アクセラレータプロファイルには設定可能なタイムアウトがあり、HealthOmics がそのアクセラレータを検索してから次のアクセラレータに移行するまでの時間を制御できます。タイムアウトを短くするとフォールバック順序を迅速に進めることができ、タイムアウトを長くすると優先アクセラレーターを確保できる確率が高まります。また、最終的なフォールバックとして CPU プロファイルを含めることで、タスクがインスタンスを確保できる可能性を高めることもできます。
Nextflow ワークフローのリソースフォールバックは、AWS HealthOmics がサポートされているすべてのリージョンで利用できるようになりました。対象リージョンは、米国東部 (バージニア北部、オハイオ)、米国西部 (オレゴン)、欧州 (フランクフルト、アイルランド、ロンドン)、イスラエル (テルアビブ)、アジアパシフィック (ソウル、シンガポール、東京) です。詳細については、高度なリソース設定および Nextflow 固有の仕様に関するドキュメントを参照してください。