Resilience crée un maillage de données mondial pour la connectivité des laboratoires sur AWS

Fondée en 2020, Resilience stimule la bioproduction innovante. Elle propose une gamme de modalités de bioproduction évolutives et prêtes à l’emploi pour les thérapies géniques, la synthèse des acides nucléiques, la purification des protéines, etc., pour les principales entreprises pharmaceutiques et biotechnologiques. En outre, elle supervise un vaste réseau d’instruments, notamment des bioréacteurs, des cytomètres de flux, des microscopes et des séquenceurs génomiques.
 
Pour accélérer la production et réduire le délai entre la réalisation des expériences et la génération d’informations, Resilience devait établir une connectivité entre chacun de ses sites de recherche et de fabrication et le cloud. Avec un tel volume et une telle diversité de données, la création d’un réseau de données connecté n’a toutefois pas été une mince affaire. « Nous avons de nombreux domaines de produits qui nécessitent une gamme tout aussi large d’instruments de laboratoire pour les développer. Cela donne lieu à un haut niveau d’hétérogénéité des données », explique Adam Mendez, associate director for data engineering chez Resilience. « Nous avions besoin d’un système de transfert de données robuste, indépendant du type de données et capable de charger rapidement et en toute sécurité les données de tous les appareils de laboratoire vers le cloud. » L’entreprise a identifié AWS comme la solution la plus indiquée pour le projet en raison de son infrastructure sécurisée et évolutive, ainsi que de ses puissantes fonctionnalités d’Internet des objets (IoT).

En moins de 3 mois, l’organisation Recherche et développement numériques de Resilience, en étroite collaboration avec ses équipes d’ingénierie des données et de réseau, a créé l’infrastructure AWS permettant d’alimenter son système connecté à l’échelle mondiale. La solution utilise AWS DataSync, un service en ligne sécurisé qui automatise et accélère le transfert de données, pour migrer les données de ses systèmes sur site vers le Cloud AWS. Ces données sont transférées en toute sécurité à l’aide d’AWS PrivateLink, qui établit la connectivité entre les clouds privés virtuels et les services AWS sans exposer les données à Internet. Ces données sont ensuite stockées sur Amazon Simple Storage Service (Amazon S3), un service de stockage d’objets conçu pour récupérer n’importe quelle quantité de données depuis n’importe où, et sont accessibles aux utilisateurs scientifiques et professionnels de l’organisation de Resilience. Grâce à un système géré de manière centralisée pour le stockage des données sur AWS, nous pouvons parfaitement intégrer d’autres applications et logiciels d’analytique, qu’il s’agisse de solutions de logiciel en tant que service tierces ou développées en interne » explique M. Mendez.
 
À ce jour, Resilience a chargé plus de 75 To de données de recherche provenant de plus de 100 appareils de laboratoire différents sur Amazon S3. Les utilisateurs scientifiques et professionnels de Resilience peuvent désormais consulter, traiter et analyser les données de leurs instruments sur Amazon S3 afin d’atteindre leurs objectifs de recherche et de développement. L’entreprise s’appuie sur les services d’Internet des objets AWS tels qu’AWS IoT Greengrass, un environnement d’exécution en périphérie open source et un service cloud, pour invoquer automatiquement les tâches de migration à la demande, permettant ainsi aux scientifiques d’accéder à leurs données sur le cloud en moins de cinq minutes. Grâce à l’AWS Cloud Development Kit (AWS CDK), qui accélère le développement du cloud à l’aide de langages de programmation courants, Resilience peut intégrer de nouveaux appareils et mettre des sites entiers en ligne en quelques jours afin de modéliser ses applications. Grâce à son approche basée sur l’infrastructure en tant que code, Resilience aide des dizaines d’équipes de recherche à accélérer leurs travaux. « En facilitant le téléchargement de données quasiment en temps réel depuis chacun de nos sites, nous pouvons proposer une sauvegarde fiable des données tout en aidant les équipes à utiliser les informations de manière interfonctionnelle et intersite », explique Jonathan Rivernider, lab systems engineer chez Resilience. « Cela met les données entre les mains des scientifiques plus rapidement afin d’accélérer les cycles d’apprentissage. »
 
Sur le cloud, les données de laboratoire de Resilience devaient être organisées de manière à s’aligner sur la manière dont les scientifiques utilisent leurs données. Pour ce faire, l’équipe a conçu un lac de données Amazon S3 en utilisant les recommandations AWS pour les architectures de lacs de données et a engagé Quilt Data, un partenaire AWS, pour attribuer des contrôles de gouvernance. Ces commandes transforment les jeux de données d’instruments en paquets de données, un enregistrement immuable des données de laboratoire brutes, des données analysées et des fichiers de laboratoire associés, y compris des graphiques et des présentations PowerPoint. Désormais, à mesure que les données franchissent les étapes d’analyse par les scientifiques, les packages de données sont gérés sur Amazon S3 avec des informations sur la gestion des versions, les métadonnées et le lignage. Ces données sont consultables sur un portail utilisateur pour les utilisateurs autorisés des laboratoires et des entreprises et s’intègrent à leurs blocs-notes de bibliothèques électroniques.
 
Grâce à Amazon CloudWatch, un service de surveillance qui fournit des informations opérationnelles pour diverses ressources AWS, les équipes ont également pu créer un système de journalisation robuste pour toutes les tâches de transfert de données. Resilience peut désormais vérifier que les alertes appropriées sont en place pour vérifier l’état de fonctionnement du système et de chaque instrument de laboratoire. « Compte tenu de la nature sensible des données de recherche, la sécurité de ce système est primordiale », déclare Jiro Koga, senior systems engineer chez Resilience. « En intégrant des règles strictes de pare-feu réseau, des certificats client et des points de terminaison sécurisés à l’aide d’AWS PrivateLink, toutes les données sont transférées en toute sécurité grâce à un chiffrement en transit et au repos. »