AWS for Genomics を使ってオンデマンドでスケーリングできるクラス最高のツールを利用して、ゲノムデータの分析を合理化および加速します。
AWS HealthOmics Ready2Run ワークフロー
ゲノムおよび生物学的データをインサイトに変換する
二次解析の自動化と高速化
ゲノミクス研究組織がワークフローを最適化し、分析時間を短縮できるように、AWS for Genomics は、さまざまな AWS および AWS パートナーのワークフローオートメーションおよび二次解析ソリューションを提供しています。 AWS HealthOmics などのマネージドサービスでは、フルマネージド型のバイオインフォマティクスコンピューティングを提供します。
ゲノミクス二次解析ソリューションのユースケース
ワークフローオートメーション
ゲノミクスワークフローを実行するには、手動でプロビジョニングと設定を行う必要があります。AWS、AWS パートナー、およびオープンソースコミュニティのワークフローオートメーションおよびオーケストレーションツールは、研究を加速し、コンピューティング能力をスケールするのに役立ちます。 AWS HealthOmics などのマネージドサービスは、バイオインフォマティクス計算を完全に管理します。データ、ツール、ワークフローの定義を持ち込めば、あとは数回クリックするだけでゲノミクス分析を実行することができます。ソリューションライブラリに移動します。
AWS ソリューション
ソリューション: Amazon Genomics CLI を使用した AWS 上でのゲノミクスワークフローの自動化
Amazon Genomics CLI は、AWS 上でゲノミクスワークフローを迅速に設定および実行するための使いやすいコマンドラインインターフェイスを提供するオープンソースツールです。これにより、集団レベルの遺伝学研究や創薬サイクルなどをより迅速かつコスト効率よく行うことができます。
ソリューション: AWS Step Functions と AWS Batch を使用したゲノミクス二次解析
AWS Step Functions と AWS Batch ソリューションを使用したゲノミクス二次解析は、ゲノミクス二次解析のパイプラインを開発、構築、デプロイ、および実行するスケーラブルな環境を AWS 上に作成します。
主なパートナーのソリューション
「診断薬やバイオ製薬のトップ企業は、データ集約型の反復作業を自動化し、スピードと正確性を高めるために AWS 上の DNAnexus を活用しています。その結果、これらの企業は、研究開発を劇的に削減し、パイプラインの開発を数週間から数時間に短縮することができました」
「Seqera Labs と AWS は、AWS がライフサイエンスのワークロードに最適な環境であるようにするために協力してきました。Nextflow と Nextflow Tower は、エラスティックコンピューティングのための AWS Batch、シームレスなデプロイのための EKS、コスト効率とパフォーマンスに優れたデータストレージのための AWS ファイルとオブジェクトストレージサービスにシームレスに統合されています」
「Seven Bridges プラットフォームと GRAF™ や ARIA™ などの Seven Bridges 分析ツールは、AWS の柔軟性と拡張性を利用しており、研究者がゲノムや表現型の膨大なデータのリポジトリを活用することを可能にしています。これにより、疾患の根底にあるもの、新しい治療法、試験管内疾患モデルに関する革新的なインサイトを見出せる可能性があります」
主なコンサルティングパートナー
Illumina の DRAGEN Bio-IT プラットフォームは、全ゲノム、エクソーム、遺伝子/パネルなどの大規模データセットの次世代シーケンス (NGS) データの超高速分析を可能にします。分析内容には、マッピング、整列、並べ替え、重複マーキング、小さなバリアントの呼び出しなどが含まれます。
二次解析
ゲノミクスの採用が加速し続ける中、二次解析が制約としてよく挙げられます。分析を迅速に行い、高まる需要に対応するために、ゲノミクス研究組織は AWS のスケーラビリティとコスト効率を活用しています。
AWS ソリューション
サービス: AWS HealthOmics フルマネージド型バイオインフォマティクスコンピュート
AWS HealthOmics では、専用のデータストアにより、集団全体にわたる大規模な解析と共同研究をサポートし、生のゲノムおよび生物学的データを患者レベルおよび集団の健康に関するインサイトに変換しています。
ソリューション: AWS 上の DRAGEN
Illumina の AWS 上の Dynamic Read Analysis for Genomics (DRAGEN) は、次世代シーケンシングデータの超高速分析を可能にします。
ソリューション: AWS Step Functions と AWS Batch を使用したゲノミクス二次解析
AWS Step Functions と AWS Batch ソリューションを使用したゲノミクス二次解析は、ゲノミクス二次解析のパイプラインを開発、構築、デプロイ、および実行するスケーラブルな環境を AWS 上に作成します。
主なお客様
Illumina の DRAGEN Bio-IT プラットフォームは、正確で超高速な二次解析結果を提供します。お客様は、Amazon EC2 F1 インスタンス上で実行される DRAGEN を使用して、分析を強化し、劇的に加速することができます。
AWS を使用して、Munich Leukemia Lab は患者のゲノムデータを処理するための所要時間を 20 時間から 3 時間に短縮し、白血病の研究を加速し、その診断を改善しました。
Ancestry は、Amazon EFS を利用して、複数の科学者がゲノミクス研究を実行し、コンピューティングとストレージをスケールアップまたはスケールダウンし、科学者をより迅速にオンボーディングできるようにします。
主なパートナーのソリューション
「ヒトゲノムの力を引き出すためには、正確さと速さが不可欠です。Illumina の DRAGEN Bio-IT プラットフォームは、正確で超高速な二次解析結果を提供します。お客様は、AWS 上で実行される DRAGEN を使用して、分析を強化し、劇的に加速することができます」
「NVIDIA Clara Parabricks Pipelines は、GPU で加速したコンピューティングフレームワークで、DNA から RNA までのゲノムアプリケーションをサポートします。Parabricks の高速性と AWS のスケーラビリティを組み合わせることで、ゲノミクス業界はプロジェクトをより速く、よりコスト効率よく実行できるようになり、研究者はデータの中からより多くの遺伝的変異を特定できるようになります」
「Seven Bridges プラットフォームと GRAF™ や ARIA™ などの Seven Bridges 分析ツールは、AWS の柔軟性と拡張性を利用しており、研究者がゲノムや表現型の膨大なデータのリポジトリを活用することを可能にしています。これにより、疾患の根底にあるもの、新しい治療法、試験管内疾患モデルに関する革新的なインサイトを見出せる可能性があります」
主なコンサルティングパートナー
主なリソース
二次解析のコンピューティングコストを最適化
Amazon Elastic Compute Cloud (EC2)、スポットインスタンス、AWS Batch を使用して二次解析のコンピューティングコストを最適化する方法を説明します。