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有关如何在 AWS 上使用 DevOps 开发生物信息学工作流的指引

重要:本指南要求使用 AWS CodeCommit,新客户不再可用。AWS CodeCommit 的现有客户可以继续照常使用和部署本指南。

概览

本指引将展示如何设置持续集成和持续交付(CI/CD)管道,以便将 AWS HealthOmics 上的生物信息学工作流的生命周期自动化。通过将现有的工作流与 Git 等源代码控制系统集成,可以使用 CI/CD 管道高效地开发、测试和部署工作流更新以及对其进行版本管理。每当提交代码更改时,管道都会自动构建、测试和部署新的工作流版本。这种方法简化了工作流程、减少了手动工作,同时在所有受版本控制的工作流中保留了数据来源并保持了一致、可重复的结果。

工作原理

这些技术细节包含一张架构图,用于说明如何有效使用本解决方案。该架构图展示了关键组件及其相互作用,并逐步概述了架构的结构和功能。

Well-Architected 支柱

上面的架构图是按照 Well-Architected 最佳实践创建的解决方案示例。要做到完全的良好架构,您应该遵循尽可能多的 Well-Architected 最佳实践。

为了实现高效和有效的运营,本指南可帮助您使用 CodeBuild 和 CodePipeline 自动执行构建、测试和部署流程。CodeCommit 是另一项支持您操作的服务;它将代码存储在私有 Git 存储库中以进行版本控制。您可以跟踪更改、测试新版本,并在必要时进行回滚。您还可以使用 Ste p Function s 编排自动测试,以验证部署的质量和可靠性。 最后,您可以在 HealthOmic s 中集中管理工作流程,以提高可见性和监控;HealthOmics 是一项专为医疗保健和生命科学组织构建、存储、查询和分析组学数据的托管服务。

阅读卓越运营白皮书

CodeCommit 、HealthOmics Amazon ECR 协同工作,保护您的系统、应用程序和数据免受潜在威胁。具体而言,CodeCommit 通过访问控制、变更跟踪和加密为您的工作流程代码提供安全的存储和版本控制。HealthOmics 为您的生物信息学工作流程提供隔离、安全和可扩展的处理。Amazon ECR 有助于确保容器映像的安全存储和访问控制。此外,通过将 CI/CD 与生产环境隔离、实施最低权限访问和安全地管理构件,您可以为生物信息学工作流实现更高级别的隔离和安全性。

阅读安全白皮书

构建能够承受故障的弹性和高可用性系统需要诸如 CodePipeline Step Functions 和 Health Om ics 之类的服务。CodePipeline 提供了一种自动化的方式来构建、测试和部署工作流程的新版本。St ep Functions 协调您的 CI/CD 管道中的各种步骤,为协调和自动重试失败步骤的弹性和容错性设置框架。HealthOmics 管理底层基础设施和资源管理,支持工作流程处理的可靠性和可用性。

阅读可靠性白皮书

您可以通过 CodeB uild、Code P ipeline、Ste p Function s 和 HealthOmics 来优化计算资源的使用,同时最大限度地提高效率。CodeBuild 是一项具有支持完全托管的构建和测试工作流程的服务,具有缓存和自动发现等功能。由 CodePipeline Step Function s 提供支持的高效部署流程将性能回归的风险降至最低。 最后,HealthOmics 提供托管服务,用于运行您的生物信息学工作流程,处理底层计算资源和存储系统的配置和扩展,以实现最佳工作流程性能。

阅读性能效率白皮书

通过支持跨账户部署,本指引可以帮助您维护安全、隔离的开发、测试和生产环境,并降低无意间使用资源的风险和成本。它利用 CodeBuild、Cod ePipeline Lambda 亚马逊 ECR 和 HealthOmics 来做到这一点。例如,CodeBuild 和 CodeP ipeline 的自动构建和部署过程仅允许配置必要的资源。通过使用 Lambda 执行轻量级任务,您可以减少对不间断计算资源的需求。此外,将您构建的容器映像存储在 Amazon ECR 中允许在多个工作流程部署中重复使用,从而节省时间和计算成本。此外,HealthOmics 作为一项托管服务,您无需管理底层基础设施和配置的复杂性,并降低了运营成本。

阅读成本优化白皮书

利用 CodeBuild Lambda 亚马逊 ECR 和 HealthOmics 最大限度地减少碳足迹并支持负责任的资源利用。CodeBuild 仅提供必要的计算资源来执行构建和部署任务,根据需要向上和向下扩展,减少能耗和相关的环境影响。Lambda 无需预置和管理专用服务器基础设施,仅在需要时运行,空闲时关闭。Amazon ECR 为您的容器映像提供集中、可扩展和持久的存储,无需额外的容器注册表或存储解决方案,减少了总体硬件和能源消耗。通过利用 HealthOmics,您可以使用该服务的可扩展无服务器架构来运行生物信息学工作流程,并帮助降低总体能耗。

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