Publié le: May 27, 2022
Aujourd'hui, nous sommes heureux d'annoncer qu'Amazon Genomics CLI v1.5.0 a ajouté la prise en charge des flux écrits dans le Common Workflow Language (CWL) à l'aide du moteur de flux Toil. Outre le CWL, Amazon Genomics CLI prend en charge les flux écrits avec Workflow Definition Language (WDL), Nextflow et Snakemake, permettant ainsi aux clients d'exécuter une grande variété d'analyses de données génomiques, telles que l'appel conjoint de variantes du génome et le RNAseq unicellulaire.
Amazon Genomics CLI simplifie et automatise le déploiement de ressources cloud telles que les moteurs de flux et les clusters de calcul. Elle offre aux clients de la génomique et des sciences de la vie une ligne de commande simple à utiliser pour configurer et exécuter rapidement des flux génomiques sur Amazon Web Services (AWS).
Common Workflow Language est une norme ouverte permettant de décrire la manière d'exécuter des outils en ligne de commande et de les connecter pour créer des flux. Les outils et les flux décrits à l'aide du CWL sont portables sur diverses plateformes, ce qui facilite la mise à l'échelle de flux complexes d'analyse de données et de machine learning, d'un simple ordinateur portable à des environnements de cloud computing. Toil est un système de gestion de pipeline évolutif, efficace et multiplateforme, développé par l'Institut de génomique de l'Université de Californie à Santa Cruz (UCSC-GI), qui prend entièrement en charge CWL v1.2. Grâce à une contribution open source de l'équipe Toil de l'UCSC-GI, vous pouvez maintenant déployer rapidement Toil dans votre compte AWS en tant que contexte Amazon Genomics CLI pour exécuter les flux CWL. Comme d'autres contextes utilisés par l'Amazon Genomics CLI, Toil utilisera AWS Batch pour le calcul, en tirant parti du placement et de l'utilisation optimaux des tâches des instances Amazon EC2 à la demande ou Spot.
Cette version inclut également la possibilité de configurer des sous-réseaux VPC spécifiques à utiliser lorsque vous fournissez votre propre VPC pendant l'activation du compte, ainsi que de spécifier une AMI personnalisée à utiliser dans les contextes. Ces améliorations aideront les clients à utiliser Amazon Genomics CLI dans les environnements AWS qui requièrent l'utilisation des AMI renforcées et présentent des topologies réseau uniques.
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