게시된 날짜: May 27, 2022
오늘 Amazon Genomics CLI v1.5.0에 Toil 워크플로 엔진을 사용하여 일반 워크플로 언어(CWL)로 작성된 워크플로에 대한 지원이 추가되었다는 것을 발표하게 되어 기쁩니다. Amazon Genomics CLI는 CWL 외에도 워크플로 정의 언어(WDL), Nextflow, Snakemake로 작성된 워크플로를 지원하므로 고객은 게놈 변형과 단일 셀 RNAseq의 공동 호출과 같은 다양한 유전체학 데이터 분석을 실행할 수 있습니다.
Amazon Genomics CLI는 워크플로 엔진 및 컴퓨팅 클러스터와 같은 클라우드 리소스의 배포를 간소화 및 자동화하여 유전체학 및 생명과학 고객에게 Amazon Web Services(AWS)에서 유전체학 워크플로를 빠르게 설정하고 실행할 수 있는 간편한 명령줄을 제공합니다.
일반 워크플로 언어는 명령줄 도구를 실행하고 연결하여 워크플로를 생성하는 방법을 설명하기 위한 개방형 표준입니다. CWL을 사용하여 설명된 도구 및 워크플로는 다양한 플랫폼으로 이동할 수 있으므로, 복잡한 데이터 분석 및 기계 학습 워크플로를 하나의 노트북에서 클라우드 컴퓨팅 환경으로 쉽게 확장할 수 있습니다. Toil은 University of California Santa Cruz Genomics Institute(UCSC-GI)가 개발한 확장 가능하고 효율적인 교차 플랫폼 파이프라인 관리 시스템이며, CWL v1.2에 대한 완벽한 지원을 제공합니다. UCSC-GI의 Toil 팀이 제공한 오픈 소스 덕분에 이제 Toil을 Amazon Genomics CLI 컨텍스트로 AWS 계정에 신속하게 배포하여 CWL 워크플로를 실행할 수 있습니다. Amazon Genomics CLI에서 사용하는 다른 컨텍스트와 마찬가지로 Toil은 컴퓨팅에 AWS Batch를 사용하여 Amazon EC2 온디맨드 또는 스팟 인스턴스의 최적 작업 배치 및 사용률을 활용합니다.
이번 릴리스에는 계정 활성화 중에 자체 VPC를 제공할 경우와 컨텍스트에서 사용할 사용자 지정 AMI를 지정할 경우 특정 VPC 서브넷을 구성하여 사용하는 기능도 포함되어 있습니다. 이러한 개선 사항은 강화된 AMI를 사용해야 하고 고유한 네트워킹 토폴로지가 있는 AWS 환경에서 고객이 Amazon Genomics CLI를 사용하는 데 도움이 됩니다.
Amazon Genomics CLI에 대해 자세히 알아보고 시작하려면 다음을 참조하세요.