Обзор

Сервис AWS HealthOmics ускоряет научные достижения с помощью полностью управляемой архитектуры для биоинформации и разработки лекарственных препаратов. Такая архитектура предназначена для обработки рабочих процессов и хранения данных в больших масштабах. Используя AWS HealthOmics, вы платите исключительно по факту использования. Затраты на лицензирование AWS HealthOmics отсутствуют.

Сервис AWS HealthOmics предусматривает два типа рабочих процессов. Частные рабочие процессы — это настраиваемые пользователем рабочие процессы, которые позволяют использовать собственные биоинформатические сценарии, написанные на наиболее часто используемых языках рабочих процессов. Цены на частные рабочие процессы зависят от вычислительных ресурсов и ресурсов файловой системы, запрашиваемых для каждого запуска. Рабочие процессы Ready2Run — это готовые биоинформатические конвейеры на базе стандартных отраслевых средств анализа. Вы платите фиксированную стоимость за каждый запуск.

Сервис AWS HealthOmics предусматривает два типа хранения данных. Хранилища референсных данных и последовательностей — это хранилища данных для объектов с многоуровневым распределением, сжатием и каталогизацией метаданных, обеспечивающие экономичное хранение и организацию биоинформатических данных. Цены зависят от размера хранимого объекта и уровня данных. Хранилище вариантов и аннотаций — это хранилища, использующие подход Zero-ETL (без процессов извлечения, преобразования и загрузки данных), которые извлекают ключевые данные из биоинформатических данных для создания озера данных, оптимизированного для поиска и создания когорт. Цены зависят от размера хранилища извлеченной информации.

При необходимости рабочие процессы и хранилища данных можно использовать вместе или отдельно. Если вы готовы взять на себя обязательство использовать его в течение трех или пяти лет, свяжитесь с нами для получения льготных цен.

Изучите цены по типам

С AWS HealthOmics вы платите только за то, что используете. Ознакомьтесь с ценами по типам ниже.

Уровень бесплатного пользования

В рамках уровня бесплатного пользования AWS можно начать работу с сервисом AWS HealthOmics бесплатно. После регистрации новые клиенты AWS получают до 275 часов работы инстансов omics.m.xlarge (или эквивалент) и 49 000 гигабайт в час хранилища для выполнения частных рабочих процессов, а также 1500 гигабаз в месяц активного и архивного хранилища в хранилище последовательностей и 200 гигабайт в месяц хранения в хранилище вариантов. Использование Уровня бесплатного пользования рассчитывается каждый месяц во всех регионах, за исключением регионов AWS GovCloud (США), и автоматически применяется к счету. Неиспользованные в рамках месячного доступа ресурсы не переходят на последующие месяцы. Применяются ограничения; более подробная информация приводится в условиях предложения.

 

Ежемесячное использование уровня бесплатного пользования в течение первых 2 месяцев
Рабочие процессы HealthOmics

Частные рабочие процессы: 275 часов работы инстанса omics.m.xlarge или эквивалентных вычислительных инстансов и 49 000 ГБ-часов использования хранилища для выполнения рабочих процессов
Хранилища данных HealthOmics Хранилище последовательностей: 1500 гигабаз в месяц в классе активного хранения и 1500 гигабаз в месяц в классе архивного хранения

Хранилище вариантов: 200 гигабайт в месяц

Клиенты AWS имеют возможность каждый месяц бесплатно передавать в Интернет 100 ГБ исходящих данных совокупно для всех сервисов и регионов AWS (за исключением Китая и GovCloud).

Цены на частные рабочие процессы

Частные рабочие процессы — это настраиваемые рабочие процессы, которые вы определяете в зависимости от выбранного языка рабочих процессов для выполнения конвейеров биоинформатической обработки данных или разработки лекарственных препаратов. Стоимость складывается из двух составляющих: инстансов для выполнения задач рабочего процесса и хранилища для выполнения рабочего процесса.

Плата взимается за инстанс omics, используемый для каждой задачи рабочего процесса. Каждая задача рабочего процесса сопоставляется с наименьшим доступным инстансом omics, удовлетворяющим запрошенным для этой задачи vCPUs, памяти и (или) графическим процессорам. Например, задача, для выполнения которой требуется 8 ЦПУ и 60 ГиБ оперативной памяти, будет связана с типом инстанса omics.r.2xlarge. Сервис HealthOmics всегда выделяет именно те ресурсы, которые требуются. В этом примере для выполнения задачи будет доступно 8 ЦПУ и 60 ГиБ оперативной памяти. Плата за выполнение задач выставляется с шагом в 1 секунду; однако минимальный порог оплаты составляет 60 секунд для каждой задачи. Если для задачи не указаны параметры vCPUs или памяти, сервис HealthOmics автоматически предоставит для этих задач наименьший доступный тип инстанса omics.c.large. Кроме того, не взимается плата за вычислительные ресурсы, связанные с промежуточным хранением данных (например импортом и экспортом), а также плата за использование ресурсов в разных зонах доступности.

Плата за ресурсы взимается только во время нахождения запуска в состоянии выполнения. За запуски в состоянии ожидания, начала или остановки плата не взимается. За отмененные или неудачные запуски выставляется счет за все ресурсы, которые были израсходованы до момента отмены или сбоя.

Вы можете просмотреть общую стоимость за запуск в консоли управления выставлением счетов и затратами. HealthOmics также предоставляет инструмент с открытым исходным кодом — анализатор запусков, — который помогает оптимизировать ресурсы, затраты и производительность. Если вы планируете масштабно запускать производственные рабочие процессы и готовы взять на себя обязательства по использованию в течение трех или пяти лет, свяжитесь с нами для получения льготных цен.

 

Хранилище для выполнения рабочего процесса

HealthOmics предоставляет для каждого запуска временную общую файловую систему, в которой хранятся входные и выходные данные рабочего процесса, рабочие каталоги и промежуточные файлы, доступные всем задачам в рамках данного запуска. По умолчанию HealthOmics предоставляет динамическую файловую систему, которая автоматически масштабируется. Хранилище с динамическим запуском масштабируется в зависимости от использования и не имеет минимальных требований к выделению ресурсов хранения. Можно также выбрать предварительно подготовленную (статическую) файловую систему с большей пропускной способностью для больших рабочих нагрузок с резкими скачками интенсивности и высокой степенью параллельного выполнения задач. Статическое хранилище может быть выделено в размерах 1200 ГиБ, 2400 ГиБ и дополнительными шагами по 2400 ГиБ при минимальном размере 1200 ГиБ.

Краткосрочное хранение

HealthOmics предоставляет каждой задаче рабочего процесса краткосрочное хранилище для обработки промежуточных данных на локальных томах, а не в общем хранилище выполнения. Цены на краткосрочное хранение зависят от объема краткосрочного хранилища, выделенного для задач рабочего процесса, и от продолжительности выполнения этих задач, которое измеряется в секундах. Для всех задач HealthOmics доступно 16 ГиБ краткосрочного хранилища без дополнительной оплаты. Для задач рабочего процесса можно выделить дополнительное краткосрочное хранилище объемом до 3072 ГиБ. Плата взимается только за дополнительный объем краткосрочного хранилища.

Цены на рабочие процессы Ready2Run

Рабочие процессы Ready2Run – это предварительно настроенные рабочие процессы, разработанные ведущими сторонними компаниями-разработчиками программного обеспечения, такими как NVIDIA, Sentieon, Element Biosciences и Ultima, а также стандартные конвейеры с открытым исходным кодом, например рабочий процесс GATK от Института Броуда и AlphaFold для прогнозирования структуры белков. Вы можете просто использовать рабочие процессы Ready2Run для обработки данных без необходимости управлять программными инструментами или сценариями рабочего процесса. Рабочие процессы Ready2Run оплачиваются за каждый запуск. Одинаковая фиксированная плата взимается за успешное выполнение запусков независимо от времени выполнения. Если запуск отменен или завершен с ошибкой в течение первого часа, плата за запуск пропорциональна первому часу использования. Счета за запуски, длящиеся более 1 часа, оплачиваются в размере полной стоимости запуска. Для рабочих процессов Sentieon Ready2Run требуется отдельная подписка, приобретаемая у Sentieon. Sentieon автоматически предоставляет бесплатную пробную подписку на две недели без дополнительной оплаты для новых пользователей Sentieon Ready2Run. Для просмотра подробной информации о доступных рабочих процессах Ready2Run, включая входные параметры, диаграммы рабочих процессов и предполагаемое время выполнения, перейдите на консоль HealthOmics.

Цены на хранилища данных

Хранилища данных HealthOmics – это управляемые для поиска, доступные, совместимые и повторно используемые хранилища (FAIR) для крупномасштабных выборочных данных с автоматическим сжатием данных и оптимизированной функцией запроса вариантов и аннотаций.

Хранилище последовательностей позволяет сократить расходы за счет многоуровневого распределения и сжатия с учетом использования. Хранимые объекты сгруппированы по наборам для чтения, что позволяет упорядочить поиск. При хранении данных в хранилище последовательностей вы платите за гигабазу данных в месяц. 1 гигабаза — это 1 млрд оснований из импортированных вами файлов последовательностей (например, FASTQ, BAM или CRAM). Вы платите за гигабазу, поэтому вам не нужно беспокоиться об оптимальных форматах файлов или методах сжатия. Сервис AWS HealthOmics оптимизирует этот процесс. Доступ к данным в хранилище последовательностей можно получить двумя способами: 1. Посредством чтения, записи и обновления API-интерфейсов HealthOmics и чтения с помощью API S3. В случае доступа через API HealthOmics плата взимается за GET-запросы к объектам наборов для чтения. Другие типы запросов HealthOmics к наборам для чтения являются бесплатными. 2. Через LIST и GET API S3. В случае доступа через API S3 плата за запросы COPY и LIST взимается отдельно от других типов запросов. О сравнении стоимости хранения данных в HealthOmics Sequence Store со стоимостью альтернативных вариантов хранения читайте в нашем блоге: https://aws.amazon.com/blogs/industries/store-omics-data-cost-effectively-at-any-scale-with-aws-healthomics/

Хранилища вариантов и аннотаций используют подход Zero-ETL (без процессов извлечения, преобразования и загрузки данных) для подготовки данных о вариантах и аннотациях к выполнению запросов, формированию когорт и анализу с помощью таких сервисов AWS, как Amazon Athena и Amazon SageMaker. Загруженные файлы обрабатываются HealthOmics и преобразуются в форматы, оптимизированные для запросов. Вы можете хранить любое количество данных о вариантах и аннотациях, оплачивая только сохраненные данные. Размер оплачиваемых данных определяется как размер данных после их загрузки и преобразования. Доступ к данным в хранилище вариантов и аннотаций обычно осуществляется через другие сервисы AWS. При запросах к другим службам и проведении анализа данных в них вы платите за использование этих служб.

Минимальный оплачиваемый срок хранения данных в хранилищах данных AWS HealthOmics составляет 30 дней. За данные, удаленные до истечения 30-дневного срока, взимается плата, пропорциональная стоимости хранения за оставшиеся дни. 

Примеры расчета стоимости

  • Ученая-биоинформатик хочет запустить рабочий процесс Nextflow в рабочих процессах AWS HealthOmics на Востоке США (Северная Вирджиния). Ее рабочий процесс состоит из трех задач. Под первую резервируется 16 vCPUs, 30 ГБ памяти, а ее выполнение занимает 3 часа. Под вторую требуется 32 vCPUs, 160 ГБ памяти и 2 часа работы. Под третью резервируется 4 виртуальных ЦП и 10 ГБ памяти, а ее выполнение занимает 10 минут. Клиент регистрирует рабочий поток и вызывает API StartRun с файловой системой по умолчанию (1200 ГБ). Общие затраты составляют:
    Задание 1 (omics.c.4xlarge): 0,9180 USD в ч * 3 ч = 2,754 USD
    Задание 2 (omics.r.8xlarge): 2,7216 USD в ч * 2 ч = 5,4432 USD
    Задание 3 (omics.m.xlarge): 0,2592 USD в ч * 1/6 ч = 0,0432 USD
    Статическое хранилище для выполнения: 0,0001918 USD за ГБ-ч * (1200 ГБ * (3 ч + 2 ч + 1/6 ч)) = 1,18916 USD
    Итого: 9,42956 USD

  • Специалист по биоинформатике разрабатывает новый рабочий процесс WDL на основе AWS HealthOmics в регионе Восток США (Северная Вирджиния). Этот рабочий процесс состоит из двух задач. Под первую резервируется 16 vCPUs и 30 ГБ памяти, а ее выполнение занимает 3,5 часа. Для второй нужно 32 vCPUs и 160 ГБ памяти, а ее выполнение занимает 2,25 часа. Клиент регистрирует рабочий поток и вызывает API StartRun с динамической файловой системой. В течение 5,75 часов работы размер файловой системы линейно растет с 0 ГБ до 1043 ГБ, что составляет совокупно 3000 ГБ-ч использования файлового хранилища. Общие затраты составляют:
    Задача 1 (omics.c.4xlarge): 0,9180 USD в ч * 3,5 ч = 3,213 USD
    Задача 2 (omics.r.8xlarge): 2,7216 USD в ч * 2,25 ч = 6,1236 USD
    Динамическое хранилище данных для выполнения: 0,0004110 USD за ГБ-ч * 3000 ГБ-ч = 1,233 USD
    Итого: 10,5696 USD

  • Специалист по вычислениям хочет запустить рабочий процесс GATK-BP Germline fq2vcf для генома с 30-кратным покрытием Ready2Run в регионе Восток США (Северная Вирджиния) для 3 образцов. Клиент вводит свои данные и вызывает API StartRun для каждого образца. Стоимость трех запусков
    Рабочий процесс GATK-BP Germline fq2vcf для генома с 30-кратным покрытием Ready2Run: 10,00 USD/запуск * 3 = 30,00 USD
    Итого: 30,00 USD

  • В рамках инициативы по секвенированию населения начинается секвенирование людей из собранного биобанка. Провести его решено на Западе ЕС (Ирландия). Секвенируются 100 000 человек с получением 130 гигабаз (50 гигабайт) на каждого и хранением необработанных данных секвенирования в хранилище AWS HealthOmics. Через 30 дней после импорта они на пять лет отправляются в класс архивного хранения. К ним обращаются в среднем дважды, и тогда они на 30 дней переходят в класс активного хранения. Для доступа к файлам используются API S3. Все геномы загружаются в 500 частях, генерируя 500 вызовов API GET. Общая стоимость за один геном в течение пяти лет
    Класс активного хранилища: 0,005769 USD за гигабазу в месяц * 130 гигабаз * 90 дней = 2,22 USD
    Класс архивного хранилища: 0,001154 USD за гигабазу в месяц * 130 гигабаз * (1825 – 90) дней = 8,56 USD.
    API S3 GET: 0,0004 USD за 1000 вызовов API * (2 * 500 вызовов API) = 0,0004 USD
    Общая стоимость за 5 лет: 2,22 USD + 8,56 USD + 0,0004 USD = 10,78 USD (или 2,15 USD в год)

  • У специалиста по анализу данных есть 3202 файла в формате VCF (формат вызова вариантов), которые он хочет проанализировать с помощью Amazon Athena в регионе Восток США (Северная Вирджиния). Он создает хранилище вариантов и загружает эти файлы с использованием API AWS HealthOmics. Размер загруженных данных составляет 1,5 ТБ. В течение следующего месяца он обрабатывает в Athena 1000 запросов по расчету частоты аллелей для различных подсовокупностей, каждый из которых в среднем занимает 50 ГБ. Его общие ежемесячные расходы
    Хранилище вариантов: 0,035 USD за ГБ в месяц * (1024 ГБ/ТБ * 1,5 ТБ) = 53,76 USD
    Amazon Athena: 5 USD за ТБ * 1000 * 50 / 1024 = 244,14 USD

Цены на передачу данных

Вы платите за всю исходящую пропускную способность HealthOmics. Плата за передачу данных не распространяется на данные, переданные в какие-либо сервисы AWS в том же регионе AWS, что и хранилище данных. Приведенные ниже цены основаны на передаче данных "в" хранилище AWS HealthOmics и "из" него (через общедоступный Интернет)†††. Подробнее о ценах на AWS Direct Connect. Если объем передачи данных превышает 500 ТБ в месяц, свяжитесь с нами.

Уровни расценок учитывают совокупное использование исходящей передачи данных в Интернет всеми сервисами AWS.

††† Объем передачи исходящих данных может отличаться от объема, полученного вашим приложением, в случае преждевременного прерывания подключения с вашей стороны, например, если вы запросите объект размером 10 ГБ и прервете подключение после получения первых 2 ГБ данных. AWS HealthOmics пытается остановить передачу данных, однако это не происходит незамедлительно. В приведенном примере объем исходящих данных будет равен 3 ГБ (на 1 ГБ больше, чем 2 ГБ, которые вы получили). В таком случае придется оплатить передачу 3 ГБ данных.