发布于: Mar 7, 2022
今天，我们宣布 Amazon Genomics CLI 已将 Snakemake 添加到其基因组分析工作流管理工具目录中，其中还包括 Cromwell、Nextflow 和 miniWDL。
受 GNU Make 的启发，Snakemake 将工作流指定为规则，这些规则将工作流分解为更小的依赖步骤。Snakemake 自动确定规则之间的依赖关系，并通过基于 python 的规则定义语法结构提供额外的控件。工作流管理工具（如 Snakemake）所提供的可重复性和透明度的好处可以通过 Amazon Genomics CLI 大规模实现。Amazon Genomics CLI 简化并自动执行工作流引擎和计算集群等云资源的部署，为基因组学和生命科学客户提供了易于使用的命令行，以在 Amazon Web Services (AWS) 上快速设置和运行基因组学工作流。通过消除在云中设置和运行基因组学工作流程的繁重工作，软件开发人员和研究人员可以自动预置、配置和扩展云资源，以实现更快、更经济高效的人口遗传学研究、药物发现周期等等。
Amazon Genomics CLI 发布时在大多数商业区域可用，除了亚马逊云科技中国区域、Amazon GovCloud (US) 和物理隔离的区域之外。