发布于: May 27, 2022
今天，我们很高兴地宣布，Amazon Genomics CLI v1.5.0 增加了对通过使用 Toil 工作流引擎的通用工作流语言 (CWL) 编写的工作流的支持。除 CWL 之外，Amazon Genomics CLI 支持以工作流定义语言 (WDL) 编写的工作流、Nextflow 和 Snakemake，从而赋能客户运行各种基因组数据分析，例如联合调用基因组变异和单细胞 RNA 测序。
Amazon Genomics CLI 简化并自动执行工作流引擎和计算集群等云资源的部署，为基因组学和生命科学客户提供了易于使用的命令行，以在 Amazon Web Services (AWS) 上快速设置和运行基因组学工作流。
通用工作流语言是一个开放标准，用于描述如何运行命令行工具并连接这些工具以创建工作流。使用 CWL 描述的工具和工作流可以跨各种平台移植，便于将复杂数据分析和机器学习工作流从单个笔记本扩展到云计算环境。Toil 是一个可扩展、高效和跨平台的管道管理系统，由加州大学圣克鲁兹分校基因组学研究所 (UCSC-GI) 开发，提供对 CWL v1.2 的全面支持。由于 UCSC-GI 的 Toil 团队所做的开源贡献，您现在可以快速将 Toil 部署到 AWS 账户，以作为 Amazon Genomics CLI 环境来运行 CWL 工作流。与 Amazon Genomics CLI 使用的其他环境类似，Toil 将使用 AWS Batch 来计算、利用最佳的任务置放以及使用 Amazon EC2 按需型实例或竞价型实例。
此版本还可以配置特定 VPC 子网以在账户激活期间提供您自己的 VPC 时使用，以及指定自定义 AMI 以在环境中使用。这些增强功能将有助于客户在需要使用强化 AMI 和具有独特网络拓扑的 AWS 环境中使用 Amazon Genomics CLI。
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