Veröffentlicht am: Mar 7, 2022
Heute haben wir bekannt gegeben, dass die Amazon Genomics CLI Snakemake in den Katalog der Workflow-Management-Tools für Genomanalysen aufgenommen hat, zu denen auch Cromwell, Nextflow und miniWDL gehören.
Inspiriert von GNU Make spezifiziert Snakemake Workflows als Regeln, die den Workflow in kleinere Schritte mit Abhängigkeiten aufteilen. Snakemake ermittelt automatisch die Abhängigkeiten zwischen den Regeln und bietet über die auf Python basierenden syntaktischen Strukturen der Regeldefinition zusätzliche Kontrollmöglichkeiten. Die Vorteile der Reproduzierbarkeit und Transparenz, die Workflow-Management-Tools wie Snakemake bieten, werden über die Amazon Genomics CLI in großem Umfang realisiert. Amazon Genomics CLI vereinfacht und automatisiert die Bereitstellung von Cloud-Ressourcen wie Workflow-Engines und Computing-Clustern und bietet Kunden aus dem Bereich der Genomik und der Biowissenschaften eine einfach zu bedienende Befehlszeile für die schnelle Einrichtung und Ausführung von Genomik-Workflows auf Amazon Web Services (AWS). Dank der erleichterten Einrichtung und Ausführung von Genomik-Workflows in der Cloud können Softwareentwickler und Forscher Cloud-Ressourcen automatisch bereitstellen, konfigurieren und skalieren und so schnellere und kosteneffizientere genetische Studien auf Populationsebene, Arzneimittelentwicklungszyklen und vieles mehr ermöglichen.
Amazon Genomics CLI ist zum Start in den meisten kommerziellen Regionen verfügbar, mit Ausnahme der AWS-Regionen China, AWS GovCloud (US) und Air-Gapped-Regionen.
Weitere Informationen zu Amazon Genomics CLI und die unterstützten Workflow-Tools sowie zu den ersten Schritten finden Sie unter:
- Seite zu den Produktdetails
- GitHub-Repository