Publicado en: Mar 7, 2022
Hoy, anunciamos que la CLI de Amazon Genomics ha agregado Snakemake a su catálogo de herramientas de administración de flujos de trabajo para análisis genómico, que también incluye Cromwell, Nextflow y miniWDL.
Inspirado en GNU Make, Snakemake especifica flujos de trabajo como reglas que desglosan el flujo de trabajo en pasos más pequeños de dependencias. Snakemake determina automáticamente dependencias entre reglas y también proporciona controles adicionales a través de estructuras sintácticas de definición de reglas basadas en Python. Los beneficios de la transparencia y la capacidad de reproducción que proporcionan las herramientas de administración de flujos de trabajo, como Snakemake, se llevan a cabo a escala a través de la CLI de Amazon Genomics. La CLI de Amazon Genomics simplifica y automatiza la implementación de recursos en la nube como motores de flujo de trabajo y clústeres de computación, lo que brinda a los clientes de genómica y ciencias biológicas una línea de comandos fácil de usar para configurar y ejecutar rápidamente flujos de trabajo de genómica en Amazon Web Services (AWS). Al eliminar el trabajo pesado de configurar y ejecutar flujos de trabajo de genómica en la nube, los desarrolladores de software y los investigadores pueden aprovisionar, configurar y escalar automáticamente los recursos en la nube para permitir, entre otros, estudios genéticos a nivel de población y ciclos de descubrimiento de fármacos más rápidos y más rentables.
La CLI de Amazon Genomics está disponible en la mayoría de las regiones comerciales en el momento del lanzamiento, con excepción de las regiones AWS China, AWS GovCloud (EE. UU.) y las regiones aisladas.
Para obtener más información sobre la CLI de Amazon Genomics y las herramientas de flujos de trabajo compatibles y comenzar a utilizarlas, consulte:
- Página de detalles del producto
- Repositorio de GitHub