投稿日: May 27, 2022
本日、Amazon Genomics CLI v1.5.0 で、Toil ワークフローエンジンを使用して Common Workflow Language (CWL) で記述されたワークフローのサポートが追加されたことをお知らせします。CWL に加えて、Amazon Genomics CLI は、Workflow Definition Language (WDL)、Nextflow、および Snakemake で記述されたワークフローをサポートし、ゲノムバリアントや単一セル RNAseq の共同呼び出しなどのさまざまなゲノミクスデータ分析を実行できるようにします。
Amazon Genomics CLI は、ワークフローエンジンやコンピューティングクラスターなどのクラウドリソースのデプロイを簡素化および自動化し、ゲノミクスおよびライフサイエンス分野のお客様に、アマゾン ウェブ サービス (AWS) でゲノミクスワークフローを迅速に設定して実行するための使いやすいコマンドラインを提供します。
Common Workflow Language は、コマンドラインツールを実行し、それらを接続してワークフローを作成する方法を記述するためのオープンスタンダードです。CWL を使用して記述されたツールとワークフローは、さまざまなプラットフォーム間で移植可能であり、複雑なデータ分析と機械学習ワークフローを単一のノートパソコンからクラウドコンピューティング環境に簡単にスケールできるようにします。Toil は、University of California Santa Cruz Genomics Institute (UCSC-GI) によって開発された、スケーラブルで効率的なクロスプラットフォームパイプライン管理システムであり、CWL v1.2 を完全にサポートしています。UCSC-GI の Toil チームからのオープンソースの貢献のおかげで、Amazon Genomics CLI コンテキストとして Toil を AWS アカウントにすばやくデプロイして CWL ワークフローを実行できるようになりました。Amazon Genomics CLI で使用される他のコンテキストと同様に、Toil は、ジョブ配置と Amazon EC2 オンデマンドまたはスポットインスタンスのいずれかの利用を最適に行って、AWS Batch を使用してコンピューティングを実行します。
このリリースには、アカウントのアクティブ化中に独自の VPC を提供するときに使用する特定の VPC サブネットを設定する機能や、コンテキストで使用するカスタム AMI を指定する機能も含まれています。これらの拡張機能は、強化された AMI の使用を必要とし、独自のネットワークトポロジを持つ AWS 環境で Amazon Genomics CLI を使用するのに役立ちます。
Amazon Genomics CLI の詳細を確認したり、使用を開始したりするには、次にアクセスしてください。