Publicado: May 27, 2022
Hoje, temos o prazer de anunciar que a Amazon Genomics CLI v1.5.0 adicionou suporte para fluxos de trabalho escritos na Common Workflow Language (CWL) usando o mecanismo de fluxo de trabalho Toil. Além da CWL, a Amazon Genomics CLI oferece suporte a fluxos de trabalho escritos com Workflow Definition Language (WDL), Nextflow e Snakemake, permitindo que os clientes executem uma ampla variedade de análises de dados genômicos, como chamada conjunta de variantes de genoma e RNAseq de célula única.
A Amazon Genomics CLI simplifica e automatiza a implantação de recursos na nuvem, como mecanismos de fluxo de trabalho e clusters de computação, fornecendo aos clientes de genômica e ciências biológicas uma linha de comando fácil de usar para configurar e executar rapidamente fluxos de trabalho de genômica na Amazon Web Services (AWS).
A Common Workflow Language é um padrão aberto para descrever como executar ferramentas de linha de comando e conectá-las para criar fluxos de trabalho. As ferramentas e os fluxos de trabalho descritos usando a CWL são portáteis entre várias plataformas, facilitando o dimensionamento de fluxos de trabalho complexos de análise de dados e machine learning de um único laptop para ambientes de computação em nuvem. O Toil é um sistema de gerenciamento de pipeline escalável, eficiente e multiplataforma desenvolvido pelo University of California Santa Cruz Genomics Institute (UCSC-GI) e fornece suporte completo para a CWL v1.2. Graças a uma contribuição de código aberto da equipe do Toil no UCSC-GI, agora você pode implantar rapidamente o Toil na sua conta da AWS como um contexto da Amazon Genomics CLI para executar fluxos de trabalho CWL. Assim como outros contextos usados pela Amazon Genomics CLI, o Toil usará o AWS Batch para computação, aproveitando a colocação de trabalho ideal e a utilização de instâncias Sob demanda ou Spot do Amazon EC2.
Esta versão também inclui a capacidade de configurar sub-redes de VPC específicas para usar ao fornecer sua própria VPC durante a ativação da conta, bem como especificar uma AMI personalizada para usar em contextos. Esses aprimoramentos ajudarão os clientes a usar a Amazon Genomics CLI em ambientes da AWS que exigem o uso de AMIs reforçadas e têm topologias de rede exclusivas.
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