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AWS vous permet de simplifier et de faire évoluer de façon sécurisée l'analyse génomique. AWS vous fournit une évolutivité inhérente et un écosystème de partenaires pour des outils et des ensembles de données préparés pour vos données et charges applicatives sensibles. Les clients AWS peuvent obtenir plus rapidement des informations sur le génome et créer une liaison entre leur infrastructure sur site existante et le cloud.

Avec AWS, vous pouvez stocker et traiter vos données, collaborer avec des collègues et intégrer vos conclusions à la pratique clinique, de façon efficace et dynamique. Vous pouvez également traiter les problèmes de sécurité et de conformité de différentes façons, comme en chiffrant vos données au repos et en déplacement ou rendre confidentielles les informations relatives aux patients.

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Regardez les leaders mondiaux de la génomique parler des avantages du cloud
Réduire le délai d'obtention des informations et accélérer la vitesse des découvertes scientifiques

Les organisations génomiques gèrent des ensembles de données parmi les plus complexes et importants au monde, afin de fournir une médecine personnalisée. AWS apporte un avantage en permettant aux clients du secteur du génome d'obtenir des informations qui leur permettent d'agir d'après leurs données. AWS vous donne un accès rapide à des ressources IT flexibles et à faible coût. Avec AWS, il n'est pas nécessaire de réaliser d'importants investissements initiaux de temps et d'argent pour créer et maintenir une infrastructure. Vous avez accès quasi instantanément à toutes les ressources dont vous avez besoin et vous payez uniquement en fonction de ce que vous utilisez.

 

Garantir l'évolutivité et fournir une attribution dynamique des ressources

De nombreux projets dans le domaine de la génomique sont très épineux, en particulier à leurs débuts. Il faut créer un pipeline, réaliser une expérience, puis le conserver pour une utilisation ultérieure. Exécuter ce pipeline sur AWS vous permet d'assurer une évolution efficace afin de répondre à la demande, puis de revenir à une taille inférieure lorsque la demande diminue. AWS fournit également des méthodes de tarification et de calcul alternatives pour mener à bien les tests génomiques.


Utilisez un vaste écosystème de partenaires

De la création de votre pipeline génomique à l'intégration des découvertes en matière de génomique à vos modèles de traitement, AWS fournit un vaste écosystème de partenaires avec qui collaborer. L'écosystème vous fournit diverses options flexibles et vous permet d'ajouter des éléments optionnels à vos solutions. Les partenaires AWS qui font partie du programme de compétences en sciences de la vie AWS ont démontré une expertise technique et une réussite client éprouvée dans le secteur des sciences de la vie et de la génomique.  

DNANexus

« Avec AWS, DNAnexus permet aux entreprises du monde entier de réaliser des analyses de génomique et des études cliniques dans un environnement sûr et conforme, à une échelle autrefois impossible. »

Richard Daly, D.G, DNANexus

Berkeley

« Le maintien d'une plate-forme de données engendrerait en réalité des coûts excessifs. [AWS nous permet de] mettre à l'échelle nos expérimentations et de tester notre nouveau logiciel par rapport à des configurations réalistes sur des centaines, voire des milliers d'ordinateurs.

Michael Franklin, professeur au service du département des sciences et directeur, AMP Lab, UC Berkeley

Université de Chicago

« L'écosystème d'outils mis au point autour des API d'AWS, à l'instar des livres de recettes que nous utilisons pour lancer l'infrastructure....nous a été d'un grand secours. »

Ravi Madduri, chercheur associé et responsable de projet à l'université de Chicago

Livre blanc AWS Genomics Guide : Stratégies courantes et bonnes pratiques (lien)
   
Billet de blog Comment DNAnexus et Edico Genome optimisent la médecine de précision sur AWS (lien)
   
Billet de blog Créer un flux de travail de paquets génomiques à haut volume sur AWS : Introduction (lien)    
Billet de blog Créer un flux de travail de paquets génomiques à haut volume sur AWS : Couche de tâche (lien)    
Billet de blog Créer un flux de travail de paquets génomiques à haut volume sur AWS : Couche de paquet (lien)    
Billet de blog
Créer un flux de travail de paquets génomiques à haut volume sur AWS : Couche de flux de travail (lien)    

Afin de distribuer et d'exécuter plus facilement vos pipelines de génomique, vous pouvez exécuter des conteneurs dans le cloud AWS avec Amazon EC2 Container Service (ECS) ou exécuter Docker sur AWS. Vous pouvez résoudre vos problèmes de génomique importants par parties, simplifier l'utilisation de bibliothèques aux configurations complexes, rendre la sortie de données reproductible et faciliter le partage des données,

 

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Human Longevity, Inc. explique sa méthode pour traiter jusqu'à 12 To de données brutes par jour dans Amazon S3 à l'aide d'outils d'analyse personnalisés s'exécutant dans des conteneurs Docker

Consultez le schéma de l'architecture ici.

Solutions de conteneurs AWS pour la génomique

L'exécution des conteneurs dans le cloud AWS vous permet de concevoir des applications et des services robustes et évolutifs en exploitant les avantages du cloud AWS, tels que l'élasticité, la disponibilité, la sécurité et les économies d'échelle. Vous payez également uniquement pour la quantité de ressources que vous utilisez.

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Amazon EC2 Container Service (ECS) est un service de gestion de conteneurs hautement évolutif et à haute performance qui prend en charge les conteneurs Docker et vous permet d'exécuter facilement des applications sur un cluster opéré d'instances Amazon EC2. Avec Amazon ECS, vous n'avez plus besoin d'installer, d'exploiter et de mettre à l'échelle une infrastructure de gestion pour vos clusters en interne. 

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L'exécution de Docker sur AWS offre un moyen extrêmement fiable et peu coûteux de développer, tester et déployer rapidement des applications distribuées, et ce, à n'importe quelle échelle. Par l'intermédiaire de ses services, AWS fournit une assistance pour Docker à code source libre ainsi que pour les solutions commerciales.

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Afin de rendre la gestion de votre pipeline de génomique plus efficace, vous pouvez concevoir des règles de gestion des workflows dans le cloud AWS. Cela vous aidera à composer et exécuter spécifiquement une série d'étapes de calcul ou de manipulation des données.

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Solutions de gestion du flux de travail AWS

Amazon SWF aide les développeurs à concevoir, exécuter et mettre à l'échelle les travaux en arrière-plan qui présentent des étapes parallèles ou séquentielles. Vous pouvez voir Amazon SWF comme un dispositif de suivi et un coordinateur de tâches entièrement opéré dans le cloud.

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AWS Batch met dynamiquement en service une quantité optimale et un type de ressources de calcul en fonction du volume et des besoins en ressources spécifiques des tâches par lots soumises. AWS Batch planifie, programme et exécute vos charges applicatives de calcul par lots sur toute une série de fonctionnalités et de services de calcul AWS, par exemple les instances Amazon EC2 et ponctuelles.

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AWS Step Functions facilite la coordination des composants d'applications distribuées et de micro services utilisant des flux de travail visuels. Le développement d'applications à partir de composants individuels qui réalisent chacun une fonction discrète vous permet de mettre à l'échelle et de modifier les applications rapidement. Step Functions est un moyen fiable de coordonner des composants et suivre les fonctions de votre application.

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Les organisations du secteur de la génomique font face à un tsunami de données généré par leurs pipelines de génomique. Afin de pouvoir agir plus facilement à partir de ces données, vous pouvez déployer des composants AWS qui prennent en charge l'ensemble de votre pipeline analytique, de l'ingestion des données à l'analyse, en passant par la visualisation, le stockage, l'entreposage et l'archivage.

 

Analyses Big Data

Mary Goldman, ingénieur conception et portée à l'UC Santa Cruz Genomics Institute, explique comment l'institut traite les données de séquençage génomique sur AWS. Dans un contexte de besoin de traiter des données mesurées en pétaoctets, il a fallu concevoir une solution économique exploitant une combinaison de conteneurs Docker et d'instances ponctuelles EC2.

 

Solutions de Big Data AWS

Amazon EMR fournit une infrastructure opérée Hadoop qui permet de traiter de manière simple, rapide et rentable de grandes quantités de données sur des instances Amazon EC2 dynamiquement évolutives. Amazon EMR gère un large éventail de cas d'utilisation de Big Data de façon sûre et fiable, tels que l'analyse des journaux, l'indexation Web, les transformations de données (ETL), l'apprentissage machine, la simulation scientifique et la recherche bio-informatique.

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Amazon Redshift est un service d'entrepôt de données rapide, entièrement géré et doté d'une capacité de plusieurs pétaoctets. Elle permet d'analyser de manière simple et rentable toutes vos données grâce à vos outils d'informatique décisionnelle existants. Vous pouvez commencer par un faible volume à 0,25 USD de l'heure, sans engagement, puis l'augmenter pour atteindre plusieurs pétaoctets à un tarif de 1 000 USD par téraoctet et par an, soit dix fois moins que la majorité des solutions classiques.  

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Amazon Athena est un service de requêtes interactif qui facilite l'analyse des données dans Amazon S3 grâce au SQL standard. Athena fonctionne sans serveur. Il n'existe aucune infrastructure à gérer et vous ne payez que pour les requêtes que vous exécutez.

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Solutions partenaires de Big Data AWS

La suite de solutions logicielles ConvergeHEALTH est conçue d'après le fait suivant : dans le monde moderne, les informations qui permettent réellement d'agir proviennent d'une combinaison d'informations réelles, d'indications et d'expérience, pas seulement des données. Soutenues par l'expérience sans égale de Deloitte du secteur, nos solutions sont spécifiquement conçues pour résoudre les problèmes opérationnels et commerciaux les plus importants rencontrés par le secteur des sciences de la vie et de la santé.

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Deloitte

La suite de solutions logicielles ConvergeHEALTH est conçue d'après le fait suivant : dans le monde moderne, les informations qui permettent réellement d'agir proviennent d'une combinaison d'informations réelles, d'indications et d'expérience, pas seulement des données. Soutenues par l'expérience sans égale de Deloitte du secteur, nos solutions sont spécifiquement conçues pour résoudre les problèmes opérationnels et commerciaux les plus importants rencontrés par le secteur des sciences de la vie et de la santé.

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Deloitte

Edico Genome a créé une solution de plateforme bout-en-bout brevetée pour l'analyse des données de séquençage nouvelle génération, DRAGEN™, capable de faire passer l'analyse de données génomiques de quelques heures à quelques minutes tout en maintenant un certain niveau de précision et des coûts réduits. Les meilleurs cliniciens et chercheurs utilisent cette plateforme pour poser des diagnostics plus rapidement chez les nouveau-nés gravement malades, les patients atteints de cancer et les futurs parents attendant des tests prénataux. La plateforme permet également aux scientifiques et aux fabricants de médicaments d'obtenir des résultats plus rapidement.

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AWS vous permet d'accéder à vos ensembles de données privés ou à des référentiels contrôlés, comme la base de données du NIH Database of Genotypes and Phenotypes (dbGaP). Vous pouvez également utiliser les outils de votre choix (comme GATK ou Galaxy) pour analyser vos données. AWS dispose de tous les outils nécessaires pour répondre aux exigences de conformité et de sécurité relatives au travail avec des ensembles de données sensibles, y compris des fonctionnalités intégrées permettant de chiffrer vos données au repos ou en déplacement.

Utilisation d'ensembles de données publics et privés

AWS a publié un livre blanc qui explique comment exploiter les ensembles de données contrôlés à l'aide d'AWS. Télécharger le livre blanc d'AWS sur la base de données dbGaP »

Solutions pour les ensembles de données AWS

Amazon Simple Storage Service (Amazon S3) est un service de stockage d'objets doté d'une interface de services web simple pour stocker et récupérer toute quantité de données depuis n'importe où sur le web. Ce service est conçu pour être durable à 99,999999999 % et peut traiter plusieurs billions de données dans le monde entier.

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Apache Hadoop est un projet de logiciel open source qui peut être utilisé pour traiter efficacement de grands ensembles de données. Au lieu d'utiliser un vaste système informatique pour traiter ou stocker les données, Hadoop regroupe du matériel universel pour analyser des ensembles de données volumineux en parallèle. Amazon EMR facilite la création et la gestion de clusters élastiques et entièrement configurés d'instances Amazon EC2 exécutant Hadoop et d'autres applications dans l'écosystème Hadoop.

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L'exécution de Docker sur AWS offre un moyen extrêmement fiable et peu coûteux de développer, tester et déployer rapidement des applications distribuées, et ce, à n'importe quelle échelle. Par l'intermédiaire de ses services, AWS fournit une assistance pour Docker à code source libre ainsi que pour les solutions commerciales.

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CfnCluster est un outil utilisé pour créer et gérer des clusters de Calcul Haute Performance (HPC) dans AWS. Une fois votre cluster créé, vous pouvez vous y connecter par le biais du nœud maître, depuis lequel vous pouvez accéder aux outils HPC standard comme les planificateurs, le stockage partagé et un environnement MPI.

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Solutions partenaires pour les ensembles de données AWS

SevenBridges

Seven Bridges Genomics fournit une plateforme de cloud sécurisée et évolutive pour l'analyse de données de NGS. La plateforme s'adresse aux chercheurs, laboratoires, plateformes et laboratoires pharmaceutiques et permet de gérer de grandes quantités de données NGS, de concevoir et d'exécuter des pipelines d'analyse évolutifs et de collaborer efficacement sur des projets.   

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DNANexus

DNAnexus fournit un réseau mondial pour le partage et la gestion des données et des outils de génomique afin d'accélérer la recherche dans ce secteur. La plateforme cloud DNAnexus est optimisée pour traiter les défis en matière de sécurité, d'évolutivité et de collaboration, pour les organisations ayant adopté une approche basée sur la génomique de la santé, pour des applications cliniques ou de recherche.

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Illumina

BaseSpace Sequence Hub offre une vaste gamme d'applications d'analyse des données de séquençage de nouvelle génération (NGS, next-generation sequencing), développées ou optimisées par Illumina ou un écosystème croissant de fournisseurs d'applications tiers. Ensemble, elles couvrent toutes les méthodes d'analyse communes utilisées avec les données de NGS Illumina, y compris le séquençage de l'ARN, l'exome/enrichissement, l'amplicon, le séquençage complet du génome, l'assemblage de novo et l'analyse de données métagénomiques 16S.

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Partagez vos données avec vos collaborateurs, que ceux-ci se trouvent dans la pièce d'à côté ou de l'autre côté de la planète. AWS peut fournir un espace de travail central et partagé qui vous permet, ainsi qu'à vos collègues, d'explorer des ensembles de données ou d'écrire des algorithmes et de créer des outils, sans avoir à déplacer les données physiquement ou vous soucier des violations de la propriété intellectuelle.


Collaboration

Solutions de collaboration AWS

Amazon Simple Storage Service (Amazon S3) est un service de stockage d'objets doté d'une interface de services web simple pour stocker et récupérer toute quantité de données depuis n'importe où sur le web. Ce service est conçu pour être durable à 99,999999999 % et peut traiter plusieurs billions de données dans le monde entier.

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Amazon S3 Transfer Acceleration permet un transfert rapide, facile et sécurisé de fichiers sur des longues distances entre votre client et un bucket (compartiment) S3.

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Amazon Redshift est un service d'entrepôt de données rapide, entièrement géré et doté d'une capacité de plusieurs pétaoctets. Elle permet d'analyser de manière simple et rentable toutes vos données grâce à vos outils d'informatique décisionnelle existants. Vous pouvez commencer par un faible volume à 0,25 USD de l'heure, sans engagement, puis l'augmenter pour atteindre plusieurs pétaoctets à un tarif de 1 000 USD par téraoctet et par an, soit dix fois moins que la majorité des solutions classiques.  

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Solutions partenaires AWS pour la collaboration

Thermo Fisher

Thermo Fisher est une entreprise américaine du secteur de la biotechnologie qui crée du matériel de laboratoire et de tests génétiques. L'entreprise a utilisé AWS pour créer le cloud Thermo Fisher, une plateforme qui aide les chercheurs en médecine et les scientifiques à stocker, analyser et partager en toute sécurité des données dans le monde entier. Avec AWS, Thermo Fisher peut fournir à ses clients une plateforme évolutive et sécurisée, qui leur permet de faire avancer la recherche, de collaborer et d'améliorer les traitements médicaux des patients.

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REANCLoud

REAN Cloud, prononcé « rain », est votre partenaire consultant Premier et partenaire de services opérés AWS. Utilisez notre expertise DevOps cloud pour vous aider : nous fournissons des solutions d'entreprise d'IT de bout en bout. REAN Cloud utilise des architectures sécurisées et conformes pour les secteurs les plus réglementés, comme les services financiers, la santé et les sciences de la vie, la formation et le secteur public.

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Lorsque vous êtes prêts à intégrer la génomique à votre pratique clinique, AWS dispose des outils et d'un vaste écosystème de partenaires que vous pouvez utiliser pour générer des applications de génomique conformes à la loi HIPAA.

 

Intégration clinique du séquençage du génome

Intégration clinique des solutions de séquençage du génome AWS

AWS OpsWorks est un service de gestion de configuration utilisant Chef, une plate-forme qui traite les configurations de serveur comme du code. OpsWorks utilise Chef pour automatiser la configuration, le déploiement et la gestion des serveurs sur l'ensemble de vos instances Amazon Elastic Compute Cloud (Amazon EC2) ou environnements de calcul sur site. OpsWorks est disponible en deux versions, AWS Opsworks for Chef Automate et AWS Opsworks Stacks.

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Amazon SWF aide les développeurs à concevoir, exécuter et mettre à l'échelle les travaux en arrière-plan qui présentent des étapes parallèles ou séquentielles. Vous pouvez voir Amazon SWF comme un dispositif de suivi et un coordinateur de tâches entièrement opéré dans le cloud.

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Amazon API Gateway est un service entièrement opéré, qui permet aux développeurs de créer, publier, gérer, surveiller et sécuriser facilement des API à n'importe quelle échelle.  Amazon API Gateway gère toutes les tâches liées à l'acceptation et au traitement de plusieurs centaines de milliers d'appels d'API simultanés, notamment la gestion du trafic, le contrôle des autorisations et des accès, la surveillance et la gestion de la version de l'API. Aucuns frais minimum ou coûts initiaux ne s'appliquent à Amazon API Gateway.  

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Solutions partenaires AWS pour l'intégration clinique du séquençage du génome

Syapse

Syapse permet aux systèmes de santé d'améliorer les résultats cliniques, de rationaliser les opérations et de passer à de nouveaux modèles de paiement. En tant que suite logicielle complète utilisée par les systèmes de santé principaux pour mettre en place un programme d'oncologie de précision, cette plateforme permet l'intégration des données cliniques et génomiques, le soutien aux décisions, la coordination des soins et l'amélioration de la qualité au niveau des établissements de soin.

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AWS Marketplace

AWS Marketplace est une boutique en ligne qui permet aux sociétés du secteur de la génomique de trouver, d'acheter et d'utiliser immédiatement des logiciels métier et des applications d'édition populaires compatibles avec le cloud AWS.

En savoir plus sur AWS Marketplace»

 

Le réseau APN (Amazon Partner Network) inclut des partenaires qui ont déjà obtenu la compétence Sciences de la vie AWS en démontrant une compétence technique AWS avec références client à l'appui. En travaillant avec les partenaires disposant de cette compétence, vous pouvez accéder à des solutions multimédias innovantes basées sur le cloud qui ont fait leurs preuves dans les secteurs des médias et de l'édition.

En savoir plus sur les solutions des partenaires disposant de la compétence Sciences de la vie »

Nous pouvons vous aider à démarrer en vous proposant une consultation avec nos commerciaux et une revue d'architecture. Vous pouvez également commencer votre propre projet pilote dès aujourd'hui.

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