ทรัพยากรของ AWS HealthOmics

เรียนรู้วิธีใช้ AWS HealthOmics ในคู่มือนักพัฒนาแบบทีละขั้นตอนนี้

อ่านคู่มืออ้างอิงนี้สำหรับ AWS HealthOmics API และพารามิเตอร์

เริ่มต้นใช้งานเวิร์กโฟลว์และการจัดเก็บของ HealthOmics

ที่เก็บข้อมูลโอเพ่นซอร์สบน GitHub พร้อมโค้ดตัวอย่างที่แสดงให้เห็นถึงวิธีการจัดเก็บ ประมวลผล และสืบค้นชุดข้อมูลจีโนมและชีวภาพโดยใช้ AWS HealthOmics

ใช้คอลเลกชั่นของเวิร์กโฟลว์ของ AWS HealthOmics นี้เพื่อเร่งการค้นพบยา

สร้างเวิร์กโฟลว์ส่วนตัวตามตัวอย่างเวิร์กโฟลว์โอเพ่นซอร์ส HealthOmics

Run Analyzer เป็นเครื่องมือเพิ่มประสิทธิภาพการทำงานที่ดึงข้อมูลบันทึก Manifest จาก CloudWatch และสร้างสถิติสำหรับการเรียกใช้ รวมถึงการใช้ CPU และหน่วยความจำสำหรับงานเวิร์กโฟลว์แต่ละงาน

ใช้ HealthOmics WDL linter เพื่อตรวจจับข้อผิดพลาดของเวิร์กโฟลว์ทั่วไปก่อนที่จะเรียกใช้เวิร์กโฟลว์

Lint สำหรับข้อผิดพลาด Nextflow ทั่วไปก่อนที่จะเรียกใช้สคริปต์เวิร์กโฟลว์

ย้ายคอนเทนเนอร์ที่มีอยู่ไปยังที่เก็บ ECR ส่วนตัวของคุณโดยใช้เครื่องมือ ECR Helper

Re-run เก็บถาวรข้อมูลบันทึก Manifest CloudWatch

ดาวน์โหลดไฟล์จากชุดอ้างอิงหรืออ่านของ AWS HealthOmics ได้อย่างง่ายดาย

แอป CDK สาธิตสถาปัตยกรรมที่ขับเคลื่อนด้วยเหตุการณ์ที่นำเข้าข้อมูลลงในที่เก็บลำดับ AWS HealthOmics โดยอัตโนมัติเมื่อวัตถุถูกสร้างขึ้นใน Amazon S3

สร้าง Manifest json สำหรับงานนำเข้าการจัดเก็บ AWS HealthOmics ตามลำดับ

ระบุชุดการอ่านที่ซ้ำกันที่เก็บไว้ในการจัดเก็บ AWS HelathOmics ตามลำดับ

คำแนะนำนี้แสดงให้เห็นถึงวิธีการสร้างระบบการจัดการข้อมูลทางวิทยาศาสตร์ที่รวมทั้งข้อมูลเครื่องมือในห้องปฏิบัติการและระบบซอฟต์แวร์ เช่น สมุดบันทึกห้องปฏิบัติการอิเล็กทรอนิกส์ (ELNs) และระบบการจัดการข้อมูลห้องปฏิบัติการ (LIMS) กับ HealthOmics

คำแนะนำนี้ช่วยให้คุณเชื่อมต่อเครื่องมือข้อมูลวิทยาศาสตร์ชีวภาพและไฟล์ระบบห้องปฏิบัติการเข้ากับ AWS Cloud ไม่ว่าจะผ่านทางอินเทอร์เน็ตหรือการเชื่อมต่อโดยตรงด้วยเวลาแฝงต่ำ

คำแนะนำนี้แสดงให้เห็นถึงวิธีการนำเข้าข้อมูลลำดับโอมิกส์จาก Amazon Simple Storage Service (Amazon S3) ไปยังที่เก็บข้อมูล AWS HealthOmics

คำแนะนำนี้จะสาธิตวิธีการตั้งค่าเฟรมเวิร์กแบบครบวงจรเพื่อวิเคราะห์ข้อมูลด้านการดูแลสุขภาพและวิทยาศาสตร์ชีวภาพ (HCLS) หลายรูปแบบ

คำแนะนำนี้แสดงให้เห็นว่าคุณสามารถสร้างและเรียกใช้เวิร์กโฟลว์ชีวสารสนเทศระดับการผลิตได้ตามขนาดที่ต้องการ และใช้บริการ AWS สำหรับระบบอัตโนมัติ การวิเคราะห์เวิร์กโฟลว์ การจัดเก็บ และการสังเกตการดำเนินงานและข้อมูลการสังเกต

คำแนะนำนี้จะสาธิตวิธีการตั้งค่าเฟรมเวิร์กแบบครบวงจรเพื่อวิเคราะห์ข้อมูลด้านการดูแลสุขภาพและวิทยาศาสตร์ชีวภาพ (HCLS) หลายรูปแบบ