Calcul haute performance (HPC) au service les soins de santé et des sciences de la vie

Accélérer le processus d'obtention de résultats dans le domaine des soins de santé et des sciences du vivant

De meilleurs résultats et une science plus rapide sur AWS

Le calcul haute performance (HPC) sur AWS vous permet d'accélérer le temps de traitement des informations et de dépasser les limites de l'infrastructure sur site. La configuration flexible et la mise à l'échelle quasi illimitée vous permettent de régler et de mettre à l'échelle l'infrastructure en fonction de votre charge de travail, et non l'inverse. AWS prend en charge de nombreux standards de sécurité et de certifications de conformité, notamment PCI-DSS, HIPAA/HITECH, FedRAMP, GDPR, FIPS 140-2 et NIST 800-171, pour vous aider à satisfaire aux exigences fondamentales de sécurité et de conformité. Multiplier les innovations dans le domaine des soins de santé et des sciences de la vie grâce au réseau partenaires AWS et à un vaste portefeuille d'outils et de services HPC sur mesure.

hpc-hcls-discover-the-aws-advantage

Cas d'utilisation

Chimie computationnelle et conception de médicaments fondée sur la structure

AWS HPC offre un accès instantané à des ressources de calcul quasi illimitées pour accélérer la conception de médicaments basés sur la structure. Combinez l'avancée rapide des solutions de structures protéiques et des algorithmes plus rapides pour décrire et représenter des modèles moléculaires 3D flexibles. L'infrastructure AWS permet d'améliorer la vitesse, la précision et la mise à l'échelle horizontale du dépistage virtuel, de la dynamique moléculaire, de la mécanique quantique et de la résolution de structures tridimensionnelles.

Les instances Amazon EC2 comme la C5n ou la C6gn peuvent optimiser les applications à forte intensité de calcul, tandis que la G4 peut aider à accélérer les applications compatibles avec les GPU. AWS ParallelCluster vous permet d'installer et de configurer vos applications et d'utiliser Elastic Fabric Adapter (EFA) pour les applications qui nécessitent une connexion réseau à large bande passante, à faible latence et à faible gigue pour les communications entre les nœuds. Amazon FSx for Lustre fournit le système de fichiers haute performance nécessaire pour que plusieurs instances puissent accéder au même jeu de données. Découvrez comment vous pouvez optimiser les performances en matière de prix pour les simulations de dynamique moléculaire avec GROMACS on AWS ParallelCluster ou accélérer le processus de découverte de médicaments avec OpenEye Scientific, un partenaire AWS.  

hpc-hcls-geonomics

Génomique

Sur AWS, vous pouvez créer et exécuter des applications de données rétrospectives, en temps réel ou prédictives pour accélérer le passage des données génomiques aux informations génomiques. Réduisez le temps de traitement des données de quelques semaines à quelques heures et obtenez des informations précoces sur des maladies telles que le cancer, la fibrose kystique et la maladie d'Alzheimer. Découvrez comment des clients AWS tels qu'AstraZeneca et Fred Hutchinson réduisent le délai d'obtention des résultats et exécutent leurs charges de travail génomiques à grande échelle sur AWS.

Vous pouvez trouver la bonne plateforme de calcul avec Amazon EC2 que vous exécutiez des applications basées sur le calcul intensif, le FPGA ou l'accélération GPU. Si vous exécutez des applications à forte intensité de calcul, lisez ce blog pour apprendre comment vous pouvez réduire considérablement les coûts avec AWS Graviton2. Vous pouvez également utiliser AWS Batch pour orchestrer des charges de travail par lots et travailler avec n'importe quel langage de flux tel que Nextflow, DRAGEN, Cromwell, et NVIDIA Clara Parabricks pour effectuer vos analyses. Le programme de données ouvertes d'AWS héberge des ensembles de données disponibles en libre accès, dont plus de 40 ensembles de données ouvertes sur les sciences de la vie et la génomique, afin de permettre une collaboration fluide et de fournir aux communautés de chercheurs et de cliniciens une source de vérité unique et documentée.

Modélisation et simulation

Accédez à des ressources de calcul et de stockage presque illimitées pour la modélisation et la simulation afin d'éclairer la conception des essais cliniques et de prévoir leurs résultats. Avec AWS, les charges de travail de modélisation et de simulation telles que la dynamique des fluides numérique, la pharmacocinétique, la pharmacodynamique (PK, PD), les essais cliniques et les simulations de biologie des systèmes peuvent satisfaire aux exigences de calcul, de normalisation des données et d'interopérabilité. Relay Therapeutics, un client d'AWS, a pu analyser 5 milliards de composés moléculaires en un jour, alors que cela aurait pris des mois avec son environnement sur site.

Exécutez des simulations d'essais cliniques à la demande en déployant des instances GPU Amazon EC2 comme le G4 et le P4d pour réduire le temps et les coûts nécessaires à leur réalisation. L'AMI AWS Deep Learning et Amazon Sagemaker Notebooks vous permettent d'identifier des candidats-médicaments potentiels pour un développement et une recherche de nouveaux médicaments plus rapidement et à moindre coût.

hpc-hcls-imaging

Imagerie

AWS apporte l'ensemble le plus varié et le plus complet de types d'instances, de solutions de stockage évolutives et de services avancés de machine learning et d'intégration de données pour répondre aux exigences des charges de travail d'imagerie. Sur AWS, vous pouvez améliorer l'analyse des images et faciliter la conservation des données à long terme. Le HPC sur AWS permet de gérer des charges de travail telles que la recherche basique, le transfert de données, l'intégration d'instruments, l'imagerie médicale diagnostique, le dépistage à contenu élevé, la pathologie numérique, l'IRM, la TEP, la radiographie et le scanner. Découvrez comment AMBRA Health a étendu sa plateforme d'imagerie médicale sur AWS, et comment UC San Diego a tiré parti de l'environnement sécurisé HIPAA d'AWS pour déployer des algorithmes basés sur le machine learning sur des images radiologiques.

Exploitez les instances Amazon EC2 G4 optimisées pour les graphiques et facilitez le rendu des images médicales en temps réel. AWS DataSync vous permet de transférer rapidement des données pour le stockage ou le traitement entre des solutions de stockage sur site ou dans le cloud, ou de diffuser à distance depuis votre poste de travail sur site en utilisant le protocole de streaming à distance de NICE DCV. Vous pouvez améliorer l'identification et la classification des motifs dans les images médicales grâce aux fonctionnalités de machine learning d'AWS SageMaker.

Clients

logo_amgen

« Chez Amgen, AWS Genomics Workflows nous aide à créer et à standardiser nos flux analytiques dans le cloud. Les conseils d'AWS ont permis d'accélérer ce processus et de nous faire avancer dans la bonne direction. »

Jamie Rosner, analyste principal des systèmes métier IS d'Amgen

Partenaires AWS des secteurs de la santé et des sciences de la vie

AWS collabore avec certains des principaux fournisseurs de solutions dans le domaine des soins de santé et des sciences de la vie.

Ressources

AWS collabore avec certains des principaux fournisseurs de solutions dans le domaine des soins de santé et des sciences de la vie.

« Aller vite », à commencer par GROMACS

Infographie : accélérer l'innovation dans les secteurs de la santé et des sciences de la vie avec HPC sur AWS

Amazon Web Services permet aux chercheurs d'accéder à des outils et à des services HPC spécialisés, ainsi qu'à une expertise scientifique et technique pour accélérer le rythme des découvertes.

En savoir plus

Reconnaissance d'images pour le diagnostic de la COVID-19 avec l'Université de Liverpool et Alces Flight

Utilisation de FSx for Lustre pour les charges de travail en génomique 

Apprenez à créer et à exécuter des flux génomiques avec le système de fichiers partagés haute performance conformes à POSIX d'Amazon FSx for Lustre à grande échelle, en utilisant AWS Batch et AWS Step Functions.

En savoir plus

Comment accélérer l'analyse CryoEM avec AWS ParallelCluster et FSx for Lustre

Livre blanc : HPC sur AWS pour les sciences de la vie

Accélérez le temps de traitement des informations et dépassez les limites des solutions sur site en utilisant l'infrastructure HPC sur AWS conçue pour prendre en charge les charges de travail les plus réglementées et les plus exigeantes des secteurs de la santé et des sciences de la vie.

En savoir plus

Exécution de flux en génomique avec Nextflow

GROMACS price-performance optimizations on AWS

Ce blog présente une étude des performances et du prix de l'exécution de GROMACS – une application populaire de dynamique moléculaire à code source ouvert – sur une variété de types d'instances Amazon Elastic Compute Cloud (Amazon EC2).

En savoir plus