Amazon Comprehend Medicalで、極秘ヘルスケアデータを識別し、それを扱い作業する

from botocore.vendored import requests
import json
import boto3
import logging
import threading
comprehend = boto3.client(service_name='comprehendmedical')

def timeout(event, context):
    raise Exception('Execution is about to time out, exiting...')

def extract_entities_from_message(message):
    return client.detect_phi(Text=message)

def handler(event, context):
    #必要に応じて、Lambdaの本文中に加えて終了します
    timer = threading.Timer((context.get_remaining_time_in_millis() / 1000.00) - 1, timeout, args=[event, context])
    timer.start()
    print ('受信したメッセージペイロード.PIIを抽出します')
    try:
        #イベントからメッセージを抽出する
        message = event['body']['message']
        #メッセージからすべてのエンティティを抽出する
        entities_response = extract_entities_from_message(message)
        entity_list = entities_response['Entities']
        print ('PIIエンティティの抽出が完了しました')
        return entity_list
    except Exception as e:
        logging.error('Exception: %s.Unable to extract PII entities from message' % e)
        raise e

from botocore.vendored import requests
import json
import boto3
import logging
import threading
import sys

def timeout(event, context):
  raise Exception('Execution is about to time out, exiting...')

def mask_entities_in_message(message, entity_list):
  for entity in entity_list:
      message = message.replace(entity['Text'], '#' * len(entity['Text']))
  return message

def handler(event, context):
  #必要に応じて、Lambdaの本文中に加えて終了します
  timer = threading.Timer((context.get_remaining_time_in_millis() / 1000.00) - 1, timeout, args=[event, context])
  timer.start()
  print ('受信したメッセージペイロード')
  try:
      #イベントからエンティティおよびメッセージを抽出する
      message = event['body']['message']
      entity_list = event['body']['entities']
      #エンティティをマスクする
      masked_message = mask_entities_in_message(message, entity_list)
      print (masked_message)
      return masked_message
  except Exception as e:
      logging.error('Exception: %s.メッセージからPIIエンティティを抽出できません' % e)
      raise e

from botocore.vendored import requests
import json
import boto3
import hashlib
import base64
import logging
import threading
import uuid
import os

ddb = boto3.client('dynamodb')

def timeout(event, context):
    raise Exception('Execution is about to time out, exiting...')
    
def store_deidentified_message(message, entity_map, ddb_table):
    hashed_message = hashlib.sha3_256(message.encode()).hexdigest()
    for entity_hash in entity_map:
        ddb.put_item(
            TableName=ddb_table,
            Item={
                'MessageHash': {
                    'S': hashed_message
                },
                'EntityHash': {
                    'S': entity_hash
                },
                'Entity': {
                    'S': entity_map[entity_hash]
                }
            }
        )
    return hashed_message
    
def deidentify_entities_in_message(message, entity_list):
    entity_map = dict()
    for entity in entity_list:
      salted_entity = entity['Text'] + str(uuid.uuid4())
      hashkey = hashlib.sha3_256(salted_entity.encode()).hexdigest()
      entity_map[hashkey] = entity['Text']
      message = message.replace(entity['Text'], hashkey)
    return message, entity_map
    
def handler(event, context):
    #必要に応じて、Lambdaの本文中に加えて終了します
    timer = threading.Timer((context.get_remaining_time_in_millis() / 1000.00) - 1, timeout, args=[event, context])
    timer.start()
    print ('受信したメッセージペイロード')
    try:
        #イベントからエンティティおよびメッセージを抽出する
        message = event['body']['message']
        entity_list = event['body']['entities']
        #エンティティをマスクする
        deidentified_message, entity_map = deidentify_entities_in_message(message, entity_list)
        hashed_message = store_deidentified_message(deidentified_message, entity_map, os.environ['EntityMap'])
        return {
            "deid_message": deidentified_message,
            "hashed_message": hashed_message
        }
    except Exception as e:
      logging.error('Exception: %s.メッセージからPIIエンティティを抽出できません' % e)
      raise e

pip install boto3 --target python/.
 
#ボットコアをインストールします
pip install botocore --target python/.
 
#4つのレイヤーにジップします
zip boto3layer.zip -r python/

aws lambda publish-layer-version --layer-name boto3-layer --zip-file fileb://boto3layer.zip

{
  "Comment": "PHIを匿名化するまたは非識別する状態マシン",
  "StartAt": "Identify PHI",
  "States": {
    "Identify PHI": {
      "Type": "Task",
      "Resource": "arn:aws:lambda:us-east-1:123456789012:function:IdentifyPHILambda",
      "InputPath": "$",
      "ResultPath": "$.body.entities",
      "Next": "匿名化するまたは非識別する"
    },
    "Anonymize Or De-identify": {
      "Type": "Choice",
      "Choices": [
        {
          "Variable": "$.body.anonymizeOrDeidentify",
          "StringEquals": "匿名化する",
          "Next": "匿名化する"
        },
        {
          "Variable": "$.body.anonymizeOrDeidentify",
          "StringEquals": "非識別する",
          "Next": "非識別する"
        }
      ],
      "Default": "匿名化する"
    },
    "Anonymize": {
      "Type": "Task",
      "Resource": "arn:aws:lambda:us-east-1:123456789012:function:MaskEntitiesLambda",
      "InputPath": "$",
      "ResultPath": "$.maskedMessage",
      "OutputPath": "$.maskedMessage",
      "End": true
    },
    "De-identify": {
      "Type": "Task",
      "Resource": "arn:aws:lambda:us-east-1:123456789012:function:DeidentifyLambda",
      "InputPath": "$",
      "ResultPath": "$.maskedMessage",
      "OutputPath": "$.maskedMessage",
      "End": true
    }
  }
} 

{
	"body": {
		"message": " Stay Free Medical Center \n救急救命室 \n臨床サマリ \n12341 W. Bohannon Rd, Grantville, GA\n電話: (770) 922-9800 \n\n\n個人情報\n氏名:  SALAZAR, CARLOS\nMRN:  RQ36114734 \n救急救命室到着時刻:  2011年11月12日 18:15\n \n性別:  男 \n生年月日:  1961年2月11日\n 年齢:   50 歳 \n来診理由:  フィブリノゲン、呼吸促迫　新規発病\n 治療程度: 2件の応急処置: 在宅/自己療養 \n住所:  186 VALETINE, NE 69201\n電話:  402 213-2221 \n \n起点:\nCarlosは救急車で息子のJorgeに付き添われ救急救命室に来ました。彼は急な動悸を発症した当時Food Corpに勤務していた50歳の男性です。Carlosは faterはDiegoであり、障害を通して動悸を起こしていることを明言しました。\n \n職員の連絡時刻：2011年11月12日　19:00\n 入室の決定: 入室せず\n 救急救命室出発時刻：2011年11月23日　00:07\n \n診断：甲状腺機能亢進症 \n 出席職員： \nSaanvi Sarkar, 医師\n \n 主任看護師: \nJackson; Mateo\n \n\n 完全新規処方箋:\nネパフェナク (ネパフェナク 1 mg / 1mL 眼科懸濁液) 左目14 日間12時間毎1 滴\nゾフラン (オンダンセトロン 4 mg 錠剤) 4 mg 必要に応じて服用\nアトロピン硫酸塩 0.05 mcg / 硫酸ヒオスシアミン 3.1 mcg / フェノバルビタール 48.6 MG / スコポラミン臭化水素酸塩 0.0195 mg ( Donnata ER 内服用錠剤) 1 錠 必要に応じて内服\nアセトアミノフェン – ヒドロコドン ( バイコジン 5 mg – 500 mg 服用錠剤 ) 痛み止めのため、6時間毎2 錠服用\nドクサートナトリウム100服用カプセル　便秘時1日2回、100 mg服用\n\n \nアレルギー：\n ペニシリン\n イブプロフェン\n ビーポーレン\n \n患者教育および追跡情報\n 説明：\n   救急救命室、吐き気（習慣的） \n 追跡調査：\n  \n \n住所：\n時刻：\n\n救急救命室へ戻る\n\n\n\nコメント：\n\n吐き気　嘔吐\n\n抗吐き気薬物治療による制御なしでは吐き気が継続する　噴出嘔吐が制御不可、途切れのない吐き気および嘔吐　血液または「挽きコーヒー」のように見える原料が嘔吐物にある　嘔吐により薬が下に収まらない　吐き気および嘔吐とともにだるさやめまいが起こる　嘔吐の間の激しい胃痛\n\n痛み \n激しい胸/腕の痛み　胸の激しい締め付けまたは圧迫　激しい突然の頭痛\n新規または制御できない痛み　新規の頭痛　胸の不快感　激しい動悸　心臓が急変する感覚　の中央線部位または「トンネル」の部位に痛み　胸または胃の炎症　放尿中の痛みまたは炎症　薬物治療の注入物での痛みまたは中央線への流動体\n\n\n下痢 \n\n絶えない、または制御できない下痢　新規発症の下痢　発熱および腹部痙攣を伴う下痢　便器に薬がそのまま落ちる　毎日5回以上　血の付いた、ワイン色または黒い便器　腹部痙攣\n\n疲労\n起きられない\nめまい、疲労が悪化　ベッドから起きたり浴室まで歩くことができないほど疲れている　一日中ベッドに留まっている\n\n発熱/寒け \n\n体温は正常であっても身体が震える寒気　口内体温が38.3° C または 100.9° F以上　ステロイド24の症状の場合、発熱が通常より1度高い　寒さの症状（鼻水、涙目、くしゃみ、咳） \n\n\n\n\n住所：\n時刻:\n\n主要ケアワーカーとの追跡調査\n\n\n\nコメント:\n\n明日お電話いただき次の1～2日間のアポイントを取ってPCP追跡調査の手配を開始してください\n\n\nStay Free Medical Centerにご来診いただきありがとうございました。\n \n",
		"anonymizeOrDeidentify": "非識別"
	}
}

aws step-functions start-execution --state-machine-arn YOUR_STATEMACHINE_ARN --input file://example_note.json

8db49f8fdfc0a003402dd68439d2a848635d6c60a2719020c7b922916aafbdf0 
c027ee7d7992ea804c589c2c2777fc646e2f394d5db900177246f9d7bd8d762d 
臨床概要 
5d0276605f49fa2c8e010b9781cb348d9efca84dd7a49e0ce6fb845e156f3331
電話: 988c20b763f3b60b83aa64f48ce3184642dcf15707eeaead9d24c266e8967680 

個人情報
氏名:  ba1a8b9ba885c1b867b0fda332845d2c4435a921cdbf849a86b4e5768b00972395cbf6c9eda8afecd3a8a454a28774512f78cd9d03ae7f2670433bc0217379
MRN:  45dd4310f18cddb1f37c4e11b36b12e77fc64001229a2632333d1e0f379f5847 
2e0fbaa0c9008457c15f9306a9cd588ec09402f8db12194ec705b3f058e3eff6 到着時刻:  712caefd59fd2015172ef9cb560dad2852c652368a618d446b472958db6a288b 18:15
 
性別: 男 
生年月日:  88d76b85ad3e7cc2b1d06ea99a8a13df842fdd7ab0986ae3c747a3993944f91d
 年齢:   b9ba885c1b867b0fda332845d2c4435a921cdbf849a86b4e5768b00972395cbf 歳 
来診理由：フィブリノゲン、呼吸促迫　新規発病
 治療程度: 2件の応急処置: 在宅/自己療養 
住所:  aff3537058e53a9de01a4689cf1c3109584370e98ec31241a3ae4c07eceb0cbb
電話:  35cda8ec6c456bdf120843e0a1302f0aef1bab003a51353a02fe41e56baa92f03a465fe2bac1c23d18cacdb3576a84aa5c0aeee3fb8aafb61bd18a6970610d 
 
起点:
1093369cc39bcae926a41719947e202ba749ff91691777321dcec52d34eb9296 に来ました 2e0fbaa0c9008457c15f9306a9cd588ec09402f8db12194ec705b3f058e3eff6 息子に付き添われて救急車で、 abaefc3557e1c7577a16c658126d74cf8ae36857737c22eb587bc414bd926936.この方は b9ba885c1b867b0fda332845d2c4435a921cdbf849a86b4e5768b00972395cbf 歳 男性　急な動機を発症したときはf64136468ffae173d7eb43e4735e0bb9940d1718723dc0f42e0ffeb9053756cf に勤務していました。1093369cc39bcae926a41719947e202ba749ff91691777321dcec52d34eb9296 彼の父親は23f255a3e4ec38a0fd094f3d96f30cb1a4787f269913aa890fb3a68058bd44fb, であり、また障害に渡り動悸があったと明言しました。
 
職員連絡時間:  712caefd59fd2015172ef9cb560dad2852c652368a618d446b472958db6a288b 19:00
 入室の決定: 入室せず
 2e0fbaa0c9008457c15f9306a9cd588ec09402f8db12194ec705b3f058e3eff6 出発時刻:  c078acc1b42e5eda560ec66cbabcddc16fde9ba0758ef73f095a11b87cda87b5 00:07
 
診断：甲状腺機能亢進症 
 出席職員： 
9437ca325df16c59a18c57c52194cc344ea3a3e4155a9b8decb7caf453b93c10, 医師
 
 主任看護師: 
30ed768bd50007158ddd6ca6e71bc3e5d8bf411cb7597692c7aa729b53a13527

 完全新規処方箋
ネパフェナク (ネパフェナク 1 mg / 1mL 眼科懸濁液) 左目14 日間12時間毎に1 滴
ゾフラン (オンダンセトロン 4 mg 錠剤) 4 mg 必要に応じて服用
アトロピン硫酸塩 0.05 mcg / 硫酸ヒオスシアミン 3.1 mcg / フェノバルビタール 48.6 MG / スコポラミン臭化水素酸塩 0.0195 mg ( Donnata ER 内服用錠剤) 1 錠 必要に応じて内服
アセトアミノフェン - ヒドロコドン ( バイコジン 5 mg - b9ba885c1b867b0fda332845d2c4435a921cdbf849a86b4e5768b00972395cbf0 mg oral tablet )  痛み緩和の必要時6時間毎2 錠服用
ドクサートナトリウム100服用カプセル　便秘時1日2回、100 mg服用

アレルギー：
 ペニシリン
 イブプロフェン
 ビーポーレン
 
患者教育および追跡情報
 説明：
   2e0fbaa0c9008457c15f9306a9cd588ec09402f8db12194ec705b3f058e3eff6, 吐き気 (習慣的) 
 追跡調査：
  
 項目　:
住所：
時刻：

返還先 c027ee7d7992ea804c589c2c2777fc646e2f394d5db900177246f9d7bd8d762d

コメント：

吐き気　嘔吐

抗吐き気薬物治療による制御なしでは吐き気が継続する　噴出嘔吐が制御不可、途切れのない吐き気および嘔吐　血液または「挽きコーヒー」のように見える原料が嘔吐物にある　嘔吐により薬が下に収まらない　吐き気および嘔吐とともにだるさやめまいが起こる　嘔吐の間の激しい胃痛

痛み 
激しい胸/腕の痛み　胸の激しい締め付けまたは圧迫　激しい突然の頭痛
新規または制御できない痛み　新規の頭痛　胸の不快感　激しい動悸　心臓が急変する感覚　中央線部位または「トンネル」の部位に痛み　胸または胃の炎症　放尿中の痛みまたは炎症　薬物治療の注入物での痛みまたは中央線への流動体

下痢 

絶え間のない、または制御できない下痢　新規発症の下痢　発熱および腹部痙攣を伴う下痢　便器に薬がそのまま落ちる　毎日5回以上　血の付いた、ワイン色または黒い便器　腹部痙攣

疲労
起きられない
めまい、疲労が悪化　ベッドから起きたり浴室まで歩くことができないほど疲れている　一日中ベッドに留まっている

発熱/寒け 

体温は正常であっても身体が震える寒気　口内体温が38.3° C または 100.9° F以上　ステロイド24の症状の場合、発熱が通常より1度高い　寒さの症状（鼻水、涙目、くしゃみ、咳） 

項目　:
住所：
時刻：

主要ケアワーカーとの追跡調査

コメント：

明日お電話いただき次の1～2日間のアポイントを取ってPCP追跡調査の手配を開始してください

8db49f8fdfc0a003402dd68439d2a848635d6c60a2719020c7b922916aafbdf0にご来診いただきありがとうございました。