Genomica nel cloud

Accelera le scoperte genomiche

Con AWS, i clienti che lavorano nell'ambito della genomica possono dedicare più tempo e risorse nel settore scientifico, velocizzando il tempo di raccolta di informazioni, raggiungendo più velocemente gli obiettivi di ricerca e immettendo sul mercato prodotti salvavita.

AWS consente ai clienti di innovare rendendo i dati genomici più accessibili e utili. AWS offre la gamma e l'efficacia dei servizi necessarie a ridurre il tempo tra sequenziamento e interpretazione, con capacità di collaborazione sicure e senza interruzioni tra set di dati multimodali. Inoltre, è possibile scegliere lo strumento corretto per il processo per ottenere il miglior rapporto prestazioni-costi su vasta scala e accelerare gli studi moderni sulla genomica.

Accelerate Genomic Discoveries on AWS (1:06)

Vantaggi

Accelera la scoperta

Opzioni di machine learning e calcolo potenti assicurano agli scienziati di poter eseguire i carichi di lavoro in modo veloce e controllato. AWS offre la più vasta selezione di servizi di calcolo, più di ogni altro provider di servizi cloud, oltre a istanze di calcolo che distribuiscono throughput di rete di 100 Gbps.

Prestazioni elevate a basso costo

I prezzi flessibili e la natura on demand del cloud computing permette ai ricercatori di affrontare progetti genomici complessi, senza dover pagare per l'infrastruttura inattiva o affrettare le operazioni per aumentare i core durante i carichi di lavoro complicati. AWS fornisce prezzi in base al consumo e capacità di calcolo praticamente illimitata.

Collaborazione sicura su vasta scala

L'impronta globale di regioni e rete AWS si applica perfettamente alla natura globale della scienza, con controlli di accesso e sicurezza che permettono ai ricercatori di genomica di gestire la condivisione dei dati. AWS è l'infrastruttura cloud globale più sicura, estesa e affidabile. Il programma AWS Open Data ospita più di 40 set di dati open source dei settori scientifico e genomico per consentire una collaborazione senza interruzioni, fornendo alle comunità di ricerca e cliniche un'unica fonte documentata di attendibilità.

100 Gb/s

di throughput di rete

Il doppio

delle zone di disponibilità rispetto a qualsiasi altro fornitore di servizi cloud

24

regioni già avviate per supportare la sovranità dei dati

Il 90%

di risparmi potenziali rispetto ai prezzi on demand

Accelerazione

aumentata di 100 volte con le istanze F1 di Amazon EC2 rispetto alle CPU

Oltre 200

servizi completi da data center in tutto il mondo

Partner AWS per il settore della genomica

AWS offre la più vasta rete di partner, oltre a una selezione flessibile del flusso di lavoro e opzioni per soluzioni completamente gestite per aiutarti a ottenere più rapidamente informazioni sulla genomica.

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Casi d'uso nel settore della genomica

  • Contenitori
  • Gestione del flusso di lavoro
  • Analisi di Big Data
  • Set di dati
  • Collaborazione
  • Contenitori
  • Contenitori per pipeline genomiche

    Per facilitare le pipeline genomiche nella distribuzione ed esecuzione, è possibile incapsulare i processi ed eseguire contenitori nel cloud AWS. Configura l'architettura del flusso di lavoro plug-n-play e crea un ambiente specifico per le tue esigente relative a ricerca e flussi di lavoro. Utilizzando Amazon EC2 Container Service (ECS) o eseguendo Docker su AWS puoi risolvere i problemi legati a genomiche più grandi in piccole parti, rendendo l'output di dati riproducibile e i dati facilmente condivisibili.

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    Video dell'architettura

    Scopri le pipeline di applicazioni potenti e riutilizzabili create in AWS da Human Longevity, Inc. in questo video sull'architettura. Guarda in che modo elabora fino a 12 TB di dati grezzi al giorno in Amazon S3 tramite strumenti di analisi personalizzati in esecuzione in contenitori Docker.

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    Diagramma dell'architettura

    Esplora il dettagliato diagramma dell'architettura da Human Longevity, Inc. per utilizzare Docker su AWS per le analisi genomiche

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    Caso di studio del cliente

    In questo caso di studio, scopri come Benchling riduce il tempo di ricerca del 90% e scala a centinaia di genomi utilizzando AWS Lambda. 

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  • Gestione del flusso di lavoro
  • Gestione del flusso di lavoro

    Per consentire una gestione più efficiente della tua pipeline genomica, puoi definire regole di gestione del flusso di lavoro nel cloud AWS. Componi ed esegui una serie di passaggi di manipolazione dei dati o di elaborazione e ottimizza la parallelizzazione delle attività per velocizzare il tempo per il completamento.

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    Caso di studio del cliente

    In questo caso di studio, scopri come il Baylor College of Medicine ha lavorato con DNAnexus per spostare le pipeline di analisi genomica sul cloud AWS. Guarda come hanno alimentato grandi studi clinici di genomica che necessitavano di un ambiente sicuro e conforme

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    Caso di studio del cliente

    In questo caso di studio, scopri come DNAnexus ha creato una piattaforma per le analisi genomiche su AWS. Guarda come la combinazione tra i controlli e certificazioni dell'infrastruttura AWS e della piattaforma DNAnexus hanno permesso di soddisfare i requisiti di conformità HIPAA, CAP/CLIA, GxP e altre leggi e regolamentazioni in ambito di privacy.

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  • Analisi di Big Data
  • Analisi dei Big Data per la genomica

    Le organizzazioni che operano in questo settore devono gestire una quantità indescrivibile di dati generati dalle loro pipeline genomiche. Al fine di rendere più utilizzabili tali, puoi distribuire componenti AWS che supportano l'intera pipeline analitica, dall'inserimento dei dati all'analisi, fino alla visualizzazione, storage, backup e archiviazione. Ottieni la flessibilità per scegliere tra una vasta gamma di servizi database per soddisfare le tue esigenze e ottenere i risultati migliori.

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    Video dell'architettura

    In questo video dell'architettura, scopri come UC Santa Cruz analizza petabyte di dati genomici utilizzando una soluzione a basso costo con contenitori Docker e istanze Spot EC2.

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    Caso di studio del cliente

    In questo caso di studio, scopri come il Guttman lab al California Institute of Technology utilizza i cluster HPC (High Performance Computing) su AWS per ridurre il tempo per l'elaborazione genomica da settimane a giorni.

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    Caso di studio del cliente

    In questo caso di studio, scopri come GENALICE ha potuto elaborare la genomica completa di 800 pazienti in 60 minuti utilizzando i servizi di high performance compute di AWS.

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  • Set di dati
  • Utilizzo di set di dati pubblici e privati

    Con AWS puoi accedere ai tuoi set di dati privati o repository controllati quali il database NIH di genotipi e fenotipi (dbGaP) o il Cancer Genome Atlas (TCGA). Scegli il kit di strumenti che preferisci (quali GATK o Galaxy) per analizzare i dati. AWS dispone di tutti gli strumenti di cui hai bisogno per gestire i requisiti di sicurezza e conformità per l'utilizzo di questi set di dati sensibili, comprese funzionalità integrate per crittografare i dati su disco o in transito.

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    Caso di studio del cliente

    In questo caso di studio, scopri come la Icahn School of Medicine sul Monte Sinai analizza e condivide enormi set di dati genomici con collaboratori esterni mantenendo privacy e controlli di sicurezza su AWS.

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    Whitepaper

    Architecting for Genomic Data Security and Compliance in AWS

    Scopri come lavorare con set di dati con accesso controllato da dbGaP, GWAS e altri repository di ricerca genomica a livello individuale

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    Caso di studio del cliente

    In questo caso di studio, scopri come Illumina ridimensiona le enormi risorse assegnate alle tecnologie di sequenziamento del DNA con AWS. e come l'Illumina BaseSpace Sequence Hub e lo storage di 10 PB di dati genomici vengono supportati utilizzando prodotti come Amazon RedShift

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  • Collaborazione
  • Promuovere la collaborazione

    Condividi i tuoi dati con tutti i collaboratori, sia nella stanza accanto sia dall'altra parte del mondo. AWS può fornire uno spazio di lavoro centralizzato e condiviso dove tutte le parti coinvolte possono creare set di dati o scrivere algoritmi e creare strumenti, senza dover spostare fisicamente i dati avanti e indietro o temere di violare i diritti sulla proprietà intellettuale.

    Health-Genomics_diagrams_Collaboration

    Caso di studio del cliente

    In questo caso di studio, scopri comeThermo Fish può fornire ai propri clienti una piattaforma sicura e scalabile sulla quale condurre ricerche, collaborare e migliorare il trattamento medico per i pazienti grazie all'utilizzo globale del cloud AWS.

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    Caso di studio del cliente

    In questo caso di studio, scopri come Celgene consente la collaborazione sicura tra i propri ricercatori e i laboratori di ricerca accademici utilizzando AWS e promuove il lavoro di squadra fornendo accessi isolati ai ricercatori provenienti da organizzazioni diverse.

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    Caso di studio del cliente

    In questo caso di studio, scopri come UC Santa Cruz Genomics Institute ha potuto elaborare i campioni più velocemente e ottenere risultati sicuri per i collaboratori utilizzando AWS.

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Conformità nel settore della genomica

Grazie ad AWS i ricercatori hanno accesso a una maggiore efficienza di calcolo su vasta scala, elaborazione di dati riproducibili, funzionalità di integrazione dei dati per inserire set di dati multimodali e dati pubblici per annotazioni cliniche, il tutto all'interno di un ambiente idoneo per la conformità.

Ulteriori informazioni sulla conformità nel settore della genomica in AWS »

Casi di studio e risorse di Select

Consulta tutti i casi di studio dei clienti di genomica e le risorse relative

 

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Caso di studio Illumina

Illumina sviluppa, costruisce e immette sul mercato sistemi integrati che analizzano i genomi. Illumina è passata alle istanze Spot di Amazon EC2 e Amazon S3 per risparmiare 300.000 USD sui costi di calcolo e 90.000 USD su quelli di storage mensilmente.

Caso di studio completo »

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Caso di studio sull'iniziativa di ricerca sul microbioma di Fred Hutch

Fred Hutch si focalizza sul rendere i farmaci utili a combattere il tumore più efficaci, traducendo gigabyte di set di dati genomici grezzi in informazioni utili. Grazie a Nextflow i ricercatori orchestrano processi di AWS Batch e li analizzano con le istanze Spot di Amazon EC2, risparmiando denaro e ottenendo più tempo per le analisi.

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Caso di studio DNAnexus

DNAnexus ha sviluppato una piattaforma di gestione di dati e informatica del genoma basata sul cloud su AWS. Essere su AWS ha offerto a DNAnexus conformità e sicurezza con gestione granulare dei dati per trasparenza, riproducibilità e provenienza dei dati.

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Caso di studio Fabric Genomics

Fabric Genomics fornisce soluzioni per analisi dei dati genomici end-to-end, annotazione, gestione, classificazione e creazione di report per usi clinici. Fabrics Genomics ha scelto di eseguire il proprio software su AWS perché offre velocità e sicurezza di calcolo ai clienti.

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Seven Bridges Genomics Logo

Caso di studio Seven Bridges Genomics

Seven Bridges Genomics ha creato la propria piattaforma di analisi genomica su AWS, rendendo le analisi più accessibili e sostenibile dal punto di vista finanziario per i ricercatori. 

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Caso di studio Baylor College of Medicine

Baylor College of Medicine lavora per identificare i geni che contribuiscono all'invecchiamento e alle malattie cardiache. Baylor ha collaborato con DNAnexus per una soluzione progettata completamente su AWS, la DNAnexus PaaS, che utilizza Amazon S3 e Amazon Glacier per archiviare più di 1 PB di dati genomici di Baylor.

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Caso di studio di Bayer Crop Science

Bayer Crop Science aiuta i clienti a determinare dove e quando piantare i prodotti che richiedono carichi di lavoro stagionali basati sul ciclo di semina. Bayer è passata ad AWS per ottenere una soluzione più elastica ed efficente dal punto di vista economico, per l'esecuzione della propria piattaforma.

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Caso di studio Icahn School of Medicine at Mount Sinai

Icahn School of Medicine sul monte Sinai e Station X hanno creato GenePool, una piattaforma software per dati genomici umani. Con AWS alla base, la piattaforma può calibrare su vasta scala dinamicamente in pochi minuti e archiviare set di dati per clienti del settore della genomica clinica e traslazionale.


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Nozioni di base

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