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R で Amazon Athena を活用する

by AWS Japan Staff | on | in Amazon Athena |

データサイエンティストはしばしば、R から SQL クエリを投げるときに、その裏側のビッグデータ基盤のインフラ管理を気に掛けなければなりません。Amazon Athena はインフラ管理の必要がなく、標準 SQL で簡単に S3 上のデータを直接分析できる、インタラクティブクエリサービスです。R と Amazon Athena の連携によって、データサイエンティストはインタラクティブな分析ソリューションのための、強力なプラットフォームを手に入れることができます。

このブログポストでは、Amazon EC2 インスタンス上で動作する R/RStudio から Athena に接続します。

事前準備

Athena との連携を開始する前に、以下のステップを完了してください。

  1. AWS アカウントの管理者に依頼して、Athena にアクセスするのに必要な権限を、Amazon の Identity and Access Management (IAM) コンソール経由で、自身の AWS アカウントに付与してもらってください。具体的には、IAM にあるデータサイエンティストのユーザーグループに対して、関連する Athena のポリシーをアタッチしますRAthena_1
  2. Amazon S3 バケットに、ステージングディレクトリを作成してください。Athena はクエリする対象のデータセットと、クエリ結果を置く場所として、このバケットを利用します。このポストでは、ステージングバケットを s3://athenauser-athena-r とします

注意: このブログポストでは、すべての AWS リソースは us-east-1 リージョンに作成します。ほかのリージョンでも Athena が利用可能かどうか、製品およびサービス一覧で確認してください。

EC2 上での R と RStudio の起動

  1. AWS上でRを実行する” のインストラクションにしたがって、EC2 インスタンス(t2.medium かそれ以上のサイズ)で Amazon Linux を動かし、R のセットアップを行います。始める前に、以下のステップを確認しておいてください
  2. このブログポストの “高度な詳細” の記述で、ステップ 3 まできたら、最新バージョンの RStudio をインストールするため、以下の bash スクリプトを実行してください。必要であれば、RStudion のパスワードも修正してください
#!/bin/bash
#install R
yum install -y R
#install RStudio-Server
wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-1.0.136-x86_64.rpm
yum install -y --nogpgcheck rstudio-server-rhel-1.0.136-x86_64.rpm
#add user(s)
useradd rstudio
echo rstudio:rstudio | chpasswd

Java 8 のインストール

  1. EC2 instance に SSH でログインします
  2. 古いバージョンの Java を削除します
  3. Java 8 をインストールします。これは Athena を動かすために必要です
  4. コマンドライン上で、以下のコマンドを実行します
#install Java 8, select ‘y’ from options presented to proceed with installation
sudo yum install java-1.8.0-openjdk-devel
#remove version 7 of Java, select ‘y’ from options to proceed with removal
sudo yum remove java-1.7.0-openjdk
#configure java, choose 1 as your selection option for java 8 configuration
sudo /usr/sbin/alternatives --config java
#run command below to add Java support to R
sudo R CMD javareconf

#following libraries are required for the interactive application we build later
sudo yum install -y libpng-devel
sudo yum install -y libjpeg-turbo-devel

.Renviron のセットアップ

R の環境変数 .Renviron に対して、必要となる Athena のクレデンシャルを追加します。

  1. AWS 管理者から、必要なクレデンシャルを AWS_ACCESS_KEY_ID および AWS_SECRET_ACCESS_KEY の形式で取得します
  2. Linux のコマンドプロンプトから以下のコマンドを打ち込んで、vi エディタを立ち上げます
    sudo vim /home/rstudio/.Renviron
    
    Provide your Athena credentials in the following form into the editor:
    ATHENA_USER=< AWS_ACCESS_KEY_ID >
    ATHENA_PASSWORD=< AWS_SECRET_ACCESS_KEY>
  3. 編集結果をセーブして、エディタを終了します

RStudio にログイン

続いて、EC2 上の RStudio にログインします。

  1. EC2 のダッシュボードからインスタンスのパブリック IP アドレスを取得して、ブラウザのアドレス欄に貼り付け、後ろに :8787(RStudio のポート番号)を付けます
  2. EC2 インスタンスに関連付けられたセキュリティグループm設定で、アクセス元の IP アドレスから 8787 ポートへのアクセスが許可されていることを確認してください
  3. 先ほど設定したユーザ名とパスワードで、RStudio にログインします

R パッケージのインストール

続いて、必要な R パッケージをインストールして、ロードします。

#--following R packages are required for connecting R with Athena
install.packages("rJava")
install.packages("RJDBC")
library(rJava)
library(RJDBC)

#--following R packages are required for the interactive application we build later
#--steps below might take several minutes to complete
install.packages(c("plyr","dplyr","png","RgoogleMaps","ggmap"))
library(plyr)
library(dplyr)
library(png)
library(RgoogleMaps)
library(ggmap)

Athena への接続

以下の R のスクリプトで、Athena ドライバーのダウンロードと、コネクションの設定を行います。アクセスしたいリージョンの JDBC URL に接続してください。

#verify Athena credentials by inspecting results from command below
Sys.getenv()
#set up URL to download Athena JDBC driver
URL <- 'https://s3.amazonaws.com/athena-downloads/drivers/AthenaJDBC41-1.0.0.jar'
fil <- basename(URL)
#download the file into current working directory
if (!file.exists(fil)) download.file(URL, fil)
#verify that the file has been downloaded successfully
fil
#set up driver connection to JDBC
drv <- JDBC(driverClass="com.amazonaws.athena.jdbc.AthenaDriver", fil, identifier.quote="'")
#connect to Athena using the driver, S3 working directory and credentials for Athena 
#replace ‘athenauser’ below with prefix you have set up for your S3 bucket
con <- jdbcConnection <- dbConnect(drv, 'jdbc:awsathena://athena.us-east-1.amazonaws.com:443/',
s3_staging_dir="s3://athenauser-athena-r",
user=Sys.getenv("ATHENA_USER"),
password=Sys.getenv("ATHENA_PASSWORD"))
#in case of error or warning from step above ensure rJava and RJDBC packages have #been loaded 
#also ensure you have Java 8 running and configured for R as outlined earlier

これで RStudio から Athena に接続する準備ができました。

サンプルクエリでテスト

# get a list of all tables currently in Athena 
dbListTables(con)
# run a sample query
dfelb=dbGetQuery(con, "SELECT * FROM sampledb.elb_logs limit 10")
head(dfelb,2)

RAthena_2

インタラクティブなユースケース

次に、分析と可視化のために R から Athena に対してインタラクティブなクエリを行ってみましょう。S3 上にあるパブリックデータセットの GDELT を使います。

GDELT データセットに対して、R から Athena のテーブルを作成します。このステップは “Amazon Athena – Amazon S3上のデータに対話的にSQLクエリを” で紹介されているように、AWS のマネジメントコンソール上からも実行することができます。

#---sql  create table statement in Athena
dbSendQuery(con, 
"
CREATE EXTERNAL TABLE IF NOT EXISTS sampledb.gdeltmaster (
GLOBALEVENTID BIGINT,
SQLDATE INT,
MonthYear INT,
Year INT,
FractionDate DOUBLE,
Actor1Code STRING,
Actor1Name STRING,
Actor1CountryCode STRING,
Actor1KnownGroupCode STRING,
Actor1EthnicCode STRING,
Actor1Religion1Code STRING,
Actor1Religion2Code STRING,
Actor1Type1Code STRING,
Actor1Type2Code STRING,
Actor1Type3Code STRING,
Actor2Code STRING,
Actor2Name STRING,
Actor2CountryCode STRING,
Actor2KnownGroupCode STRING,
Actor2EthnicCode STRING,
Actor2Religion1Code STRING,
Actor2Religion2Code STRING,
Actor2Type1Code STRING,
Actor2Type2Code STRING,
Actor2Type3Code STRING,
IsRootEvent INT,
EventCode STRING,
EventBaseCode STRING,
EventRootCode STRING,
QuadClass INT,
GoldsteinScale DOUBLE,
NumMentions INT,
NumSources INT,
NumArticles INT,
AvgTone DOUBLE,
Actor1Geo_Type INT,
Actor1Geo_FullName STRING,
Actor1Geo_CountryCode STRING,
Actor1Geo_ADM1Code STRING,
Actor1Geo_Lat FLOAT,
Actor1Geo_Long FLOAT,
Actor1Geo_FeatureID INT,
Actor2Geo_Type INT,
Actor2Geo_FullName STRING,
Actor2Geo_CountryCode STRING,
Actor2Geo_ADM1Code STRING,
Actor2Geo_Lat FLOAT,
Actor2Geo_Long FLOAT,
Actor2Geo_FeatureID INT,
ActionGeo_Type INT,
ActionGeo_FullName STRING,
ActionGeo_CountryCode STRING,
ActionGeo_ADM1Code STRING,
ActionGeo_Lat FLOAT,
ActionGeo_Long FLOAT,
ActionGeo_FeatureID INT,
DATEADDED INT,
SOURCEURL STRING )
ROW FORMAT DELIMITED
FIELDS TERMINATED BY '\t'
STORED AS TEXTFILE
LOCATION 's3://support.elasticmapreduce/training/datasets/gdelt'
;
"
)

dbListTables(con)

上記のステートメントを実行すると、RStudio のコンソールに ‘gdeltmaster’ というテーブルが新しく作成されたのを確認できます。

RAthena_3

2015 年に US で開かれた CAMEO イベントの回数をカウントするクエリを、Athena テーブルに投げましょう。

#--get count of all CAMEO events that took place in US in year 2015 
#--save results in R dataframe
dfg<-dbGetQuery(con,"SELECT eventcode,count(*) as count
FROM sampledb.gdeltmaster
where year = 2015 and ActionGeo_CountryCode IN ('US')
group by eventcode
order by eventcode desc"
)
str(dfg)
head(dfg,2)

RAthena_4

#--get list of top 5 most frequently occurring events in US in 2015
dfs=head(arrange(dfg,desc(count)),5)
dfs

RAthena_5-300x140

上記の R の出力結果から、CAMEO イベントは 42 回という高頻度で行われたことがわかります。CAMEO のマニュアルから、このイベントの概要が “会議やその他のイベントのための、他の地域への出張” となります。

次に、この分析から得られる知見を使い、この特定のイベントに関連したすべての地域の座標リストを、Athena テーブルから取得します。

#--get a list of latitude and longitude associated with event “042” 
#--save results in R dataframe
dfgeo<-dbGetQuery(con,"SELECT actiongeo_lat,actiongeo_long
FROM sampledb.gdeltmaster
where year = 2015 and ActionGeo_CountryCode IN ('US')
and eventcode = '042'
"
)
#--duration of above query will depend on factors like size of chosen EC2 instance
#--now rename columns in dataframe for brevity
names(dfgeo)[names(dfgeo)=="actiongeo_lat"]="lat"
names(dfgeo)[names(dfgeo)=="actiongeo_long"]="long"
names(dfgeo)
#let us inspect this R dataframe
str(dfgeo)
head(dfgeo,5)

RAthena_6

続いて、アメリカ合衆国の地図を生成します。

#--generate map for the US using the ggmap package
map=qmap('USA',zoom=3)
map

RAthena_7

これで、Athena テーブルから得られた地理データが、地図上にプロットされました。これにより、2015 年に US でひらかれたすべての当該イベントについて、開催場所を可視化することができました

#--plot our geo-coordinates on the US map
map + geom_point(data = dfgeo, aes(x = dfgeo$long, y = dfgeo$lat), color="blue", size=0.5, alpha=0.5)

RAthena_8

結果を可視化することによって、あるイベントの開催場所が US の北東部に極めて集中していることを把握できました。

結論

この記事では Athena と R を使って、簡単なインタラクティブアプリケーションを構築する方法を説明しました。Athena は標準 SQL を用いて、ビッグデータを保存し、それに対してクエリをかけるのに使うことができます。またその一方で、R の持つ強力なライブラリ群を活用することで、Athena に対してインタラクティブにクエリを投げ、分析のインサイトを得ることができます。

質問やアドバイスなどがありましたら、コメント欄にフィードバックをお願いします。

原文: Running R on Amazon Athena (翻訳: SA志村)