クラウドでのゲノミクス

AWS でゲノミクス分析を簡素化し、セキュアにスケールしてください。

AWS は、AWS が備え持つスケーラビリティと、機密のデータとワークロードを取り扱うために用意されたパートナーとツールのエコシステムを提供します。AWS のお客様は、ゲノミクスの洞察を深め、既存のオンプレミスインフラストラクチャをクラウドにつなぐことができます。

AWS を活用することによって、データを効率的かつ動的に保存および計算し、同業者と共同作業を行い、分析と機械学習を取り入れて、結果を臨床診療に統合することができます。   

ゲノミクスのグローバルリーダーたちによる、クラウドの利点についての説明をご覧ください

利点

科学的発見のスピードを上げる

AWS は、ゲノミクスのお客様が、大規模で複雑なデータから実用的な洞察を引き出すことを可能にします。インフラストラクチャの構築と維持のために長い時間を費やしたり、多額の先行投資を行ったりする必要はありません。AWS は、必要な量のリソースに対して、柔軟性があり、コスト効率の良いアクセスをほぼ即時に提供し、支払いは使用するリソースの料金のみです。

スケーラビリティの確保と動的リソースの提供

ゲノム分析パイプラインを AWS 上で実行するということは、需要を満たすために効率的に規模を拡大し、需要がなくなったら元の規模に再び縮小できることを意味します。AWS は、ゲノミクステストを補うために選択できる料金とコンピューティング手法もいつくかご用意しています。

ワークフローのカスタム化と最適化

ゲノミクスパイプラインの構築からゲノム的発見の診断治療パターンへの統合まで、AWS にはワークフローを最適化してカスタマイズするために活用できる幅広いパートナーエコシステムがあります。このエコシステムは柔軟性を備えたさまざまなオプションを提供し、ソリューションの選択性を高めることができます。 

AWS での Cromwell

Broad Institute のワークフロー管理システム、Cromwell が AWS クラウドでサポートされるようになりました。AWS で Cromwell を使用することにより、研究者と科学者は、限られたオンプレミスリソースを求めて競う代わりに、クラウド内のコンピューティング機能を使ったゲノミクス実験のスケーリングにおいてますます高い柔軟性を得ることができるようになります。

ゲノミクスのユースケース

  • コンテナ
  • ワークフロー管理
  • ビッグデータ分析
  • データセット
  • コラボレーション
  • コンテナ
  • ゲノミクスパイプラインのためのコンテナ

    ゲノミクスパイプラインの分散および実行を容易にするために、AWS クラウドでプロセスをカプセル化し、コンテナを実行することができます。独自のプラグアンドプレイワークフローアーキテクチャを設定し、ワークフローと研究ニーズに固有の環境を構築してください。AWS で Amazon EC2 Container Service (ECS) を使用する、または Docker を実行することによって、大きなゲノミクス問題を小さい要素に分けて解決することができ、データ出力を再現可能にし、データの共有を容易にします。

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    アーキテクチャビデオ

    このアーキテクチャビデオで、Human Longevity, Inc. が AWS で構築した強力かつ再利用可能なアプリケーションパイプラインについて学んでください。Human Longevity, Inc. が、Docker コンテナで動作するカスタム分析ツールを使って、Amazon S3 で毎日最大 12 TB の raw データを処理する方法をご覧ください。

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    アーキテクチャ図

    ゲノム分析のために AWS で Docker を利用するための、Human Longevity, Inc. からの詳細なアーキテクチャ図を検証してください

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    お客様の導入事例

    この導入事例で、Benchling 社が AWS Lambda を使って検索時間を 90% 短縮し、何百ものゲノムに拡大した方法について学んでください。 

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  • ワークフロー管理
  • ワークフロー管理

    ゲノミクスパイプラインの管理の効率化を支援するために、AWS クラウドでワークフロー管理規則を設計することができます。計算またはデータ操作のステップ一連を構成して実行し、ジョブの並列化を最適化して、終了までの時間を迅速化してください。

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    お客様の導入事例

    この導入事例で、ベイラー医科大学が DNAnexus 社と協力して、どのようにそのゲノム分析パイプラインを AWS クラウドに移動させたかについて学んでください。ベイラー医科大学が、セキュアであり、かつコンプライアンスに準拠した環境を必要とする大規模な臨床ゲノム研究を推し進めた方法をご覧ください

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    お客様の導入事例

    この導入事例で、DNAnexus 社が AWS でゲノム分析用のプラットフォームをどのように構築したかについて学んでください。AWS のインフラストラクチャ、DNAnexus 社のプラットフォーム制御、および認定されたコンプライアンスの組み合わせが、HIPAA、CAP/CLIA、GxP、およびその他プライバシー法と規制の厳しい要求を満たすことを可能にした方法をご覧ください。

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  • ビッグデータ分析
  • ゲノミクスのためのビッグデータ分析

    ゲノミクス研究組織は、そのゲノミクスパイプラインから生じるデータ津波に直面しています。このデータの実用性を高めるために、AWS コンポーネントをデプロイして、データインジェスチョンと分析から、可視化、ストレージ、ウェアハウジング、アーカイブまで、分析パイプライン全体をサポートすることができます。お客様のニーズに合わせて幅広いデータベースサービスから選択する柔軟性を獲得して、最高の成果を挙げてください。

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    アーキテクチャビデオ

    このアーキテクチャビデオで、カリフォルニア大学サンタクルーズ校が、Docker コンテナと EC2 スポットインスタンスによる低コストソリューションを使って数ペタバイト規模のゲノミクスデータを分析する方法をご覧ください。

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    お客様の導入事例

    この導入事例で、カリフォルニア工科大学のグットマン研究所が、AWS のハイパフォーマンスコンピューティング (HPC) クラスターを利用して、ゲノミクスコンピューティング時間を数週間から数日間に短縮する方法を学んでください。

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    お客様の導入事例

    この導入事例で、GENALICE 社が、AWS のハイパフォーマンスコンピューティングサービスを使って、どのように 800 人の患者の完全ゲノムを 60 分で処理することができたかについて学んでください。

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  • データセット
  • パブリックおよびプライベートのデータセットの利用

    AWS では、独自のプライベートデータセットにアクセスする、または NIH 遺伝子型・表現型データベース (dbGaP) や、がんゲノムアトラス (TCGA) などの管理されたレポジトリにアクセスすることができます。ご希望のツールセット (GATK または Galaxy など) を使用して、データを分析してください。AWS には、保管時のデータ、または転送中のデータを暗号化する組み込み機能を含め、これらの機密性の高いデータセットで作業するためのセキュリティおよびコンプライアンスの要件に対処するために必要なすべてのツールが備わっています。

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    お客様の導入事例

    この導入事例で、マウントサイナイアイカーン医科大学が、AWS で厳重なプライバシーコントロールおよびセキュリティコントロールを維持しながら、外部共同作業者と大規模なゲノムデータセットを分析し、共有する方法について学んでください。

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    ホワイトペーパー

    AWS でゲノムデータセキュリティとコンプライアンスを構築する

    dbGaP、GWAS、およびその他個人レベルのゲノミクス研究リポジトリからのアクセスが制御されたデータセットで作業する方法について学んでください

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    お客様の導入事例

    この導入事例で、イルミナが AWS を使用して DNA シーケンシング技術を大幅にスケールする方法について学んでください。イルミナ社が、Amazon RedShift などの製品を使用して、その BaseSpace Sequence Hub をサポートし、10 ペタバイトのゲノミクスデータを保存する方法をご覧ください

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  • コラボレーション
  • コラボレーションの促進

    共同作業者が同じ建物内にいるか、地球の裏側にいるかにかかわらず、データを共有できます。AWS では、ユーザー自身と同僚が、データを物理的に動かしたり、知的財産権の侵害を心配したりすることなく、データセットの作成、アルゴリズムの記述、またはツールの作成を実行できる中心的な共有ワークスペースを提供することができます。

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    お客様の導入事例

    この導入事例で、サーモフィッシャー社が、AWS クラウドをグローバルに使用することによって、研究を行い、協力し、患者のための治療法を改善するためのスケーラブルでセキュアなプラットフォームをその顧客に提供する方法について学んでください。

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    お客様の導入事例

    この導入事例で、Celgene 社が、AWS を使用して自社の研究者たちと学術研究所のセキュアなコラボレーションを実現し、異なる組織の研究者に分離されたアクセスを提供することによってチームワークを可能にした方法について学んでください。

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    お客様の導入事例

    この導入事例で、カリフォルニア大学サンタクルーズ校ゲノミクス研究所が、AWS を使用してサンプルをより迅速に処理し、共同作業者に結果をセキュアに届けることができた方法について学んでください。

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AWS での高精度医療の推進

ゲノムシーケンシング、および IoT ウェアラブルなどの新しい技術によって、ゲノミクス、ライフスタイル、または環境を含む定量的特徴に基づいて個人向けにカスタマイズされた医療が可能になってきています。高精度医療イニシアチブが AWS ですでに進みつつある様子をご覧ください。

代表的な導入事例とリソース

ゲノミクスのお客様の、すべての導入事例関連リソースをご覧ください

 

イルミナの導入事例

この導入事例で、イルミナが AWS を使用して DNA シーケンシング技術を大幅にスケールする方法について学んでください。イルミナ社が、Amazon RedShift などの製品を使用して、その BaseSpace Sequence Hub をサポートし、10 ペタバイトのゲノミクスデータを保存する方法をご覧ください

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Sequence Bio の導入事例

この導入事例で、Sequence Bio 社がどのように AWS でデータ駆動の創薬のための安全かつセキュアなプラットフォームを素早く構築したかについて学んでください。

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スミソニアンの導入事例

この導入事例で、スミソニアン協会のデータサイエンスチームが、必要に応じて AWS のコンピューティングインスタンスを拡大縮小することで、コストを管理しながらゲノムのアノテーションを並行して行うことを可能にする方法について学んでください。

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カリフォルニア大学サンタクルーズ校の導入事例

この導入事例で、カリフォルニア大学サンタクルーズ校ゲノミクス研究所が、どのように AWS の高性能コンピューティングサービスを使用してゲノムの計算時間を 3 ヵ月から 4 日に短縮し、全体的なコストを削減することができたかについて学んでください。

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ブログ: ゲノミクス研究の機運を高める

AWS 教育機関ブログ: AWS と Broad Institute とのコラボレーション

ゲノム分析に必要とされるコンピューティングタスクの編成を簡素化する実行エンジン、Cromwell が、どのように AWS クラウドで使用できるようになったかについて学んでください。

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ブログ: 新しいクイックスタートを使用した Illumina DRAGEN のデプロイ

AWS の新着情報: AWS クラウドに Illumina DRAGEN をデプロイするための新しいクイックスタート。

イルミナのデータ分析プラットフォームである Dynamic Read Analysis for GENomics Complete Suite (DRAGEN CS) を、この新しいクイックスタートを使って約 15 分で AWS クラウドにデプロイする方法について学んでください。

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ブログ: 規模に応じた高精度医療

AWS コンピューティングブログ: 規模に応じた高精度医療の加速化

Edico Genome 社が、AWS で FPGA 対応のアプリケーションを使用して、ゲノミクス分析を加速化するための新しいソリューションを開発した方法について学んでください。

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ブログ: Human Longevity Inc.

AWS ニュースブログ: ゲノム研究で医療を変える。

Human Longevity, Inc. が、医療に大きな改革をもたらす取り組みの一環として生成される大量のデータを保存するために AWS を利用する方法について学んでください。

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