Étude de cas Igenomix

Igenomix est l'un des principaux fournisseurs mondiaux de solutions pour le traitement des problèmes de fertilité. L'entreprise, qui collabore aussi bien avec des cliniques de traitement de l'infertilité que des particuliers, propose des services de tests qui permettent d'augmenter les chances de grossesse et de donner vie à un bébé en bonne santé. La procédure d'essai consiste à analyser les génomes, composés d'ADN, afin d'y détecter des mutations. Tous les tests sont effectués par séquençage de nouvelle génération (NGS), une méthode avancée d'analyse de l'ADN qui donne des résultats plus précis que les technologies de séquençage traditionnelles. Igenomix gère huit laboratoires spécialisés dans le monde entier. Son principal centre de test se trouve à Valence, en Espagne, où la société emploie plus de 130 personnes.

Il n'est pas surprenant que le séquençage de nouvelle génération, également appelé séquençage à haut débit, soit une activité à forte intensité de calcul. « Nous générons une énorme quantité de données, explique Jorge Jiménez Almazán, Bioinformatics Director chez Igenomix. Six cycles de séquençage sont effectués toutes les semaines pour un seul produit. Chaque exécution génère 100 gigaoctets de données ». Mais ce n'est que le début. Avec le traitement qui en découle, et qui consiste principalement à assurer le contrôle qualité, l'entreprise se retrouve avec cinq fois plus de données pour chaque séquence. « Le NGS représente un changement fondamental dans notre secteur, déclare M. Jiménez Almazán. Son potentiel est très intéressant, mais le coût d'exploitation de cette technologie sur les serveurs physiques est prohibitif. Il n'est pas possible de traiter des téraoctets de données chaque semaine de cette manière sans dépenser des sommes astronomiques ».

Igenomix souhaitait être à la pointe de la recherche sans avoir à investir lourdement dans l'infrastructure. « Nous avons pour vocation de toujours garder une longueur d'avance sur les autres acteurs du secteur. Il nous fallait donc trouver un moyen de faire fonctionner la technologie NGS, confie Daniel Seguí Real, IT Manager chez Igenomix. Cela impliquait de trouver une solution viable mais adaptable, capable d'évoluer en fonction de nos besoins. La transition vers le cloud était la solution la plus évidente ».

« Nous avons cherché le prestataire de services cloud proposant le portefeuille le plus abouti et la meilleure prise en charge pour les logiciels open source », précise M. Seguí Real pour expliquer Ie choix de genomix au profit d'AWS. La fiabilité était également une priorité pour les responsables informatiques. « Si vous n'êtes pas dans le secteur de la recherche, une fiabilité à 100 % n'est pas forcément essentielle, mais pour nous, il était impératif de savoir que les outils que nous allions utiliser avaient été testés et éprouvés. AWS fait largement mieux que la concurrence sur tous nos critères de sélection ».

Igenomix exécute ses applications NGS à l'aide d'Amazon Elastic Compute Cloud (Amazon EC2) dans la région UE (Irlande) et d'Amazon Simple Storage Service (Amazon S3) pour la sauvegarde. Et M. Jimenez Almazán d'expliquer : « Nous avons environ sept téraoctets de données dans Amazon EC2 et près de 60 dans Amazon S3, où les données doivent être conservées pendant au moins deux ans, conformément à la loi espagnole. »

L'entreprise a pu constater que le processus de mise en route sur AWS se faisait rapidement. « Nous avons travaillé avec un partenaire pour mettre en place notre infrastructure, révèle M. Seguí Real. Il ne s'est écoulé que deux semaines entre la définition de nos exigences et l'exécution de nos premières applications NGS. Ce partenaire est resté à nos côtés pour faire évoluer notre plateforme sur AWS ». Igenomix migrera bientôt vers Amazon Elastic File System (Amazon EFS) pour disposer d'une plus grande flexibilité de stockage.

Igenomix bénéficie d'analyses plus rapides. « Grâce à AWS, nous pouvons accélérer encore nos recherches sur le séquençage du génome, indique M. Seguí Real. Avant, il nous fallait 12 heures pour tester quatre échantillons de 600 gènes. Aujourd'hui, nous pouvons mettre à l'essai 24 échantillons de 600 gènes en même temps. Résultat : le nombre d'échantillons que nous sommes en mesure d'analyser a explosé de 600 %. Cette intensification du traitement des échantillons signifie que nous pouvons mieux satisfaire nos clients et augmenter nos revenus. Plus important encore, cela veut dire que nous pouvons collecter plus d'informations sur les gènes dans un laps de temps plus court et ainsi accélérer notre compréhension de la génétique ».

L'utilisation du Cloud AWS permet à Igenomix de se concentrer sur l'avancement de la recherche plutôt que sur la gestion de son infrastructure informatique. En évitant les investissements coûteux nécessaires à ses applications NGS sur site, Igenomix peut consacrer une plus grande partie de son budget à la recherche et aider ainsi plus de personnes dans le monde à avoir un enfant en bonne santé. « Nous n'avons pas eu à investir dans un centre de données qui aurait pu coûter des centaines de milliers d'euros, se réjouit M. Seguí Real. Nous n'avons pas non plus à assumer les coûts de maintenance permanents liés à l'exécution en interne de nos applications ultra-performantes, ni les risques qui y sont associés. C'est une double victoire pour nous. Nous avons plus d'argent pour la recherche, et nous n'aurons jamais de problème de capacité qui ne puisse être résolu presque instantanément ».

Outre son laboratoire en Espagne, Igenomix possède actuellement trois centres aux États-Unis et d'autres au Brésil, au Canada, en Inde, au Japon, au Mexique, au Moyen-Orient et au Royaume-Uni. « Tous les secteurs de l'entreprise sont en pleine croissance, et grâce à AWS, nous disposons de l'espace nécessaire pour nous développer », ajoute M. Seguí Real. Bien que le principal centre d'analyse de l'entreprise se trouve en Espagne, l'IT Manager souligne qu'il serait facile de transférer les analyses n'importe où dans le monde. « C'est l'avantage d'AWS, affirme-t-il. Sa couverture planétaire nous permet de créer des centres d'analyse partout où nous en avons besoin. Cela nous confère une grande flexibilité et nous permet de répondre aux besoins de l'entreprise ».