Publié le: Mar 7, 2022
Aujourd'hui, nous avons annoncé qu’Amazon Genomics CLI a ajouté Snakemake à son catalogue d'outils de gestion de flux dédié à l'analyse génomique, qui comprend également Cromwell, Nextflow et miniWDL.
S’inspirant de GNU Make, Snakemake spécifie les flux sous forme de règles qui décomposent le flux en étapes plus petites de dépendances. Snakemake détermine automatiquement les dépendances entre les règles et fournit également des mesures de contrôles supplémentaires via des structures syntaxiques de définition de règles basées sur Python. Les avantages de la reproductibilité et de la transparence que procurent les outils de gestion du flux de travail, comme Snakemake, sont réalisés à échelle correspondante via Amazon Genomics CLI. Amazon Genomics CLI simplifie et automatise le déploiement de ressources cloud telles que les moteurs de flux et les clusters de calcul. Elle offre aux clients de la génomique et des sciences de la vie une ligne de commande simple à utiliser pour configurer et exécuter rapidement des flux génomiques sur Amazon Web Services (AWS). En supprimant la lourde charge de travail de mise en place et d'exécution des flux génomiques dans le cloud, les développeurs de logiciels et les chercheurs peuvent automatiquement allouer, configurer et mettre à l'échelle les ressources cloud afin de réaliser des études génétiques au niveau des populations, des cycles de découverte de médicaments, etc. plus rapides et plus rentables.
Amazon Genomics CLI est disponible dans la plupart des régions commerciales dès le lancement, à l'exception des régions de la Chine, d'AWS GovCloud (US) et des régions à couverture aérienne.
Pour en savoir plus sur Amazon Genomics CLI et les outils de flux pris en charge et commencer à les utiliser, visitez :
- Page détaillée de produit
- Référentiel GitHub