Relay Therapeutics utilise AWS pour accélérer la découverte de médicaments

Relay Therapeutics est une entreprise de médecine de précision qui transforme le processus de découverte de médicaments en s'appuyant sur une connaissance inégalée du mouvement des protéines. Avant de tester des composés prometteurs en laboratoire, les scientifiques doivent prendre en compte un univers moléculaire constitué de points de départ disponibles comptant environ 10 milliards de composés. Ils doivent filtrer ce vaste ensemble pour ne retenir que les 100 à 200 composés les plus susceptibles de se lier à la cible biologique.

En analysant davantage de composés, les scientifiques augmentent leurs chances de trouver les bonnes molécules à tester en laboratoire. Dans un centre de données sur site traditionnel, avec des milliers de processeurs, l'analyse d'un milliard de composés peut prendre des mois. Le déploiement d'un nombre suffisant de processeurs dans un centre de données sur site serait également trop coûteux, notamment en raison des périodes de pic dans les analyses à effectuer.

En général, dans les environnements informatiques traditionnels, les entreprises pharmaceutiques filtrent virtuellement quelques millions de composés à la fois. Relay Therapeutics était déterminée à faire passer ce nombre à plusieurs milliards et s'est tournée vers Amazon Web Services (AWS) pour relever le défi. « Le principal facteur qui nous a incités à choisir AWS plutôt que d'autres fournisseurs de cloud est l'assistance que nous avons reçue dès le départ », déclare Pat Walters, Vice-président principal chargé du calcul chez Relay Therapeutics. « AWS a continué de nous aider à rendre nos processus plus efficaces. »

Sur AWS, l'entreprise a également simplifié le filtrage virtuel afin que les scientifiques puissent utiliser des scripts open source pour lancer l'analyse sur AWS Batch. Ensuite, les scientifiques analysent rapidement les données en tirant parti d'Amazon Athena, un service de requêtes sans serveur et sans infrastructure à gérer. 

Pierce estime que les instances Spot Amazon EC2 réduisent les coûts de calcul de 50 % par rapport au filtrage virtuel sur site. AWS et Relay Therapeutics ont également intégré des contrôles de paramètres dans le processus afin d'éviter que les coûts d'analyse ne dépassent le budget prévu. « Nous sommes alertés si une tâche dépasse un certain seuil de dépenses », indique M. Walters. « L'alerte nous indique qu'un paramètre n'est pas correct, ce qui nous permet de mettre fin à la tâche ou de procéder à un ajustement à la volée. »

Depuis que Relay Therapeutics a déployé la solution de calcul haute performance d'AWS, l'entreprise a effectué plusieurs filtrages de cinq milliards de composés. Grâce à la capacité de mise à l'échelle que propose AWS, les scientifiques peuvent exécuter les filtres sur plusieurs instantanés de la même cible protéique en mouvement.  

Il y a quelques années, l'équipe de Relay Therapeutics ne pensait pas qu'il était possible d'effectuer des filtrages virtuels d’une ampleur similaire à celle que l'entreprise atteint aujourd'hui, où les scientifiques sont en mesure d’analyser des tableaux d'un milliard de lignes. « Même trier un tableau comportant des milliards de lignes n'est pas un exercice anodin », explique M. Walters. « En utilisant les technologies AWS, nous pouvons traiter toutes ces informations de manière efficace, ce qui nous aide à atteindre notre objectif principal : fournir des médicaments aux patients plus rapidement que nous ne l'aurions cru possible auparavant. »