distribuzione di riferimento

Illumina DRAGEN su AWS

Analisi ultrarapida di dati di sequenziamento di prossima generazione (NGS) con istanze DRAGEN e F1.

Questo Quick Start distribuisce la piattaforma Bio-IT Illumina DRAGEN (analisi di lettura dinamica per GENomics ) su AWS Cloud.

La piattaforma Bio-IT DRAGEN consente di eseguire un'analisi ultrarapida dei dati di sequenziamento di prossima generazione (NGS), riduce, in modo significativo, il tempo di analisi dei dati genomici e ne migliora la precisione. Include pipeline di bioinformatica che forniscono algoritmi ottimizzati per la mappatura, l'allineamento, l'ordinamento, la marcatura duplicata e la chiamata di varianti di aplotipi. Queste pipeline includono Linea germiale, Cellule somatiche (tumorali e tumorali/normali), RNA, RNA di singole cellule, Metilazione, Genotipizzazione congiunta e DRAGEN-GATK.

Quick Start crea un ambiente AWS che si estende su due zone di disponibilità molto elevata e fornisce due ambienti di calcolo AWS Batch per istanze Spot e on demand. Questi ambienti includono istanze DRAGEN F1 collegate ad array programmabili sul campo (FPGA) che consentono l'accelerazione hardware.

Logo di Illumina

Questo Quick Start è stato sviluppato da Illumina in collaborazione con AWS. Illumina è un Partner AWS.


Gli amministratori di AWS Service Catalog possono aggiungere questa architettura al proprio catalogo.  

  •  Attività che realizzerai
  •  Come effettuare la distribuzione
  •  Costi e licenze
  •  Attività che realizzerai
  • Utilizza questo Quick Start per l'impostazione del seguente ambiente configurabile su AWS:

    • Un'architettura altamente disponibile che si estende su due zone di disponibilità.*
    • Un cloud privato virtuale (VPC, Virtual Private Cloud) configurato con sottoreti pubbliche e private in conformità con le best practice di AWS. Questo ambiente offre l'infrastruttura di rete per la distribuzione.*
    • Un Internet gateway per offrire accesso a Internet.*
    • Nelle sottoreti pubbliche, gateway NAT gestiti per consentire accesso a Internet in uscita per le risorse nelle sottoreti private.*
    • Una pipeline AWS CodePipeline che crea un'immagine Docker e la carica in un repository Amazon Elastic Container Registry (Amazon ECR).
    • Due ambienti di calcolo AWS Batch: uno per le istanze Spot di Amazon Elastic Compute Cloud (Amazon EC2) e l'altra per le istanze on demand.
    • Una coda di lavori di AWS Batch che assegna la priorità all'invio di istanze Spot all'ambiente di lavoro per ottimizzarne i costi.
    • Una definizione di lavoro AWS Batch per eseguire DRAGEN.
    • Policy e ruoli di AWS Identity and Access Management (IAM) per i lavori di AWS Batch da eseguire.

    * Il modello che distribuisce il Quick Start sul VPC esistente non include le attività contrassegnate con un asterisco e richiede la tua configurazione VPC esistente.

  •  Come effettuare la distribuzione
  • Per distribuire Illumina DRAGEN in AWS, segui le istruzioni nella guida alla distribuzione. Il processo di distribuzione include i seguenti passaggi:

    1. Se non hai ancora un account AWS, registrati su https://aws.amazon.com.
    2. Iscriviti alla piattaforma Bio-IT DRAGEN in AWS Marketplace.
    3. Avvia il Quick Start. Ciascuna distribuzione dura circa 15 minuti. Puoi scegliere tra due opzioni:
    4. Prova la distribuzione eseguendo un lavoro di DRAGEN.

    Per personalizzare la distribuzione, puoi configurare l'architettura di rete, impostare il numero desiderato di CPU virtuali per l'ambiente AWS Batch, specificare una percentuale di offerta per istanze Spot e impostare un numero di tentavi di lavori AWS Batch.

    Amazon può condividere informazioni relative alla distribuzione per l'utente con il partner AWS che ha collaborato con AWS a Quick Start.  

  •  Costi e licenze
  • Ti saranno addebitati i costi dei servizi AWS utilizzati per eseguire questa distribuzione di riferimento Quick Start. Non sono previsti costi aggiuntivi per l'utilizzo del Quick Start.

    Il modello AWS CloudFormation per questo Quick Start include alcuni parametri di configurazione personalizzabili. Alcune di queste impostazioni, ad esempio il tipo di istanza, incideranno sul costo della distribuzione. Per una stima dei costi, consulta la pagina dei prezzi di ciascuno dei servizi AWS che intendi utilizzare. I prezzi sono soggetti a modifiche.

    Questo Quick Start richiede l'abbonamento a Amazon Machine Image (AMI) per la piattaforma Bio-IT DRAGEN, disponibile su AWS Marketplace con un listino prezzi basato sulle ore di utilizzo.