distribuzione di riferimento

Illumina DRAGEN su AWS

Analisi ultrarapida di dati di sequenziamento di prossima generazione (NGS) con istanze DRAGEN e F1.

In circa 15 minuti, questo Quick Start distribuisce nel Cloud AWS un’analisi di lettura dinamica per GENomics Complete Suite (DRAGEN CS), una piattaforma di analisi dei dati di Illumina.

DRAGEN CS consente di eseguire un'analisi ultrarapida dei dati di sequenziamento di prossima generazione (NGS), riduce, in modo significativo, il tempo di analisi dei dati genomici e ne migliora la precisione. Include pipeline di bioinformatica che forniscono algoritmi altamente ottimizzati per la mappatura, l'allineamento, l'ordinamento, la marcatura duplicata e la chiamata di varianti di aplotipi. Queste pipeline includono DRAGEN Germline V2, DRAGEN Somatic V2 (con le seguenti varianti: tumore e tumore/normale), DRAGEN Virtual Long Read Detection (VLRD), DRAGEN RNA Gene Fusion, DRAGEN Joint Genotyping e best practice GATK.

Quick Start crea un ambiente AWS che si estende su due zone di disponibilità, quest’ultima molto elevata, e fornisce due ambienti di calcolo AWS Batch per istanze Spot e on demand. Questi ambienti includono istanze DRAGEN F1 collegate ad array programmabili sul campo (FPGA) che consentono l’accelerazione hardware.

Logo di Illumina

Questo Quick Start è stato sviluppato da Illumina in collaborazione con AWS. Illumina è un
partner APN.

  •  Attività da completare
  •  Come effettuare la distribuzione
  •  Costi e licenze
  •  Attività da completare
  • Utilizza questo Quick Start per l’impostazione del seguente ambiente configurabile su AWS:

    • Un'architettura altamente disponibile che si estende su due zone di disponibilità.*
    • Un cloud privato virtuale (VPC, Virtual Private Cloud) configurato con sottoreti pubbliche e private in conformità con le best practice di AWS. Questo ambiente offre l’infrastruttura di rete per la distribuzione.*
    • Un Internet gateway per offrire accesso a Internet.*
    • Nelle sottoreti pubbliche, gateway NAT gestiti per consentire accesso a Internet in uscita per le risorse nelle sottoreti private.*
    • Una pipeline AWS CodePipeline che crea un’immagine Docker e la carica in un repository Amazon Elastic Container Registry (Amazon ECR).
    • Due ambienti di calcolo AWS Batch: uno per le istanze Spot di Amazon Elastic Compute Cloud (Amazon EC2) e l’altra per le istanze on demand.
    • Una coda di lavori di AWS Batch che assegna la priorità all’invio di istanze Spot all’ambiente di lavoro per ottimizzarne i costi.
    • Una definizione di lavoro AWS Batch per eseguire DRAGEN.
    • Policy e ruoli di AWS Identity and Access Management (IAM) per i lavori di AWS Batch da eseguire.

    * Il modello che distribuisce il Quick Start sul VPC esistente non include le attività contrassegnate con un asterisco e richiede la tua configurazione VPC esistente.

  •  Come effettuare la distribuzione
  • Per distribuire Illumina DRAGEN in AWS, segui le istruzioni nella guida alla distribuzione. Il processo di distribuzione include i seguenti passaggi:

    1. Se non disponi ancora di un account AWS, registrati su https://aws.amazon.com.
    2. Iscriviti a DRAGEN Complete Suite in AWS Marketplace.
    3. Avvia il Quick Start. Ciascuna distribuzione dura circa 15 minuti. Puoi scegliere tra due opzioni:
    4. Prova la distribuzione eseguendo un lavoro di DRAGEN.

    Per personalizzare la distribuzione, puoi configurare l’architettura di rete, impostare il numero desiderato di CPU virtuali per l’ambiente AWS Batch, specificare una percentuale di offerta per istanze Spot e impostare un numero di tentavi di lavori AWS Batch.

  •  Costi e licenze
  • I costi dei servizi AWS utilizzati per eseguire questa architettura di riferimento Quick Start ti saranno addebitati. Non sono previsti costi aggiuntivi per l'utilizzo del Quick Start.

    Il modello AWS CloudFormation per questo Quick Start include parametri di configurazione personalizzabili. Alcune di queste impostazioni, ad esempio il tipo di istanza, avranno un impatto sul costo della distribuzione. Consulta la pagina dei prezzi di ciascuno dei servizi AWS in uso per ulteriori informazioni. I prezzi sono soggetti a modifiche.

    Questo Quick Start richiede l'abbonamento a Amazon Machine Image (AMI) per DRAGEN Complete Suite, disponibile da AWS Marketplace con un listino prezzi basato sulle ore di utilizzo.