Tài nguyên AWS HealthOmics
Tài liệu
-
Hướng dẫn sử dụng
Tìm hiểu cách sử dụng AWS HealthOmics trong hướng dẫn từng bước dành cho nhà phát triển này.
-
Tài liệu tham khảo về API
Đọc bản hướng dẫn tham khảo này để nắm được các thông số và API của AWS HealthOmics.
Hướng dẫn
-
Hội thảo toàn diện về HealthOmics
Bắt đầu sử dụng quy trình làm việc và kho lưu trữ của HealthOmics
-
Hướng dẫn HealthOmics
Kho nguồn mở trên GitHub với mã ví dụ minh họa cách lưu trữ, xử lý và truy vấn tập dữ liệu bộ gen và sinh học bằng AWS HealthOmics
Công cụ
Công cụ quy trình làm việc
Quy trình khám phá thuốc
Sử dụng bộ sưu tập quy trình làm việc AWS HealthOmics này để tăng tốc độ khám phá thuốc
Ví dụ về quy trình làm việc
Xây dựng quy trình công việc riêng dựa trên các ví dụ về quy trình làm việc nguồn mở của HealthOmics
Trình phân tích lần chạy
Trình phân tích lần chạy là một công cụ tối ưu hóa hiệu năng lần chạy, có khả năng truy xuất bản ghi bản kê khai lần chạy từ CloudWatch và tạo số liệu thống kê cho một lần chạy, bao gồm việc sử dụng CPU và bộ nhớ cho mỗi tác vụ trong quy trình làm việc
WDL Linter
Sử dụng WDL Linter của HealthOmics để phát hiện các lỗi phổ biến trong quy trình làm việc trước khi chạy quy trình làm việc
Nextflow Linter
Rà soát các lỗi Nextflow phổ biến trước khi chạy tập lệnh quy trình làm việc
ECR Helper
Di chuyển các bộ chứa hiện có sang kho lưu trữ ECR riêng của bạn bằng công cụ ECR Helper
Công cụ chạy lại
Chạy lại các lần chạy đã lưu trữ từ bản ghi bản kê khai lần chạy CloudWatch
Công cụ lưu trữ dữ liệu
Trình quản lý truyền tập phục vụ việc đọc
Dễ dàng tải xuống tệp từ tài liệu tham khảo hoặc tập phục vụ việc đọc trong AWS HealthOmics
Trình nhập dựa trên sự kiện
Ứng dụng CDK mang kiến trúc dựa trên sự kiện, có khả năng tự động hóa việc nhập dữ liệu vào kho trình tự của AWS HealthOmics khi các đối tượng được tạo trong Amazon S3.
Trình tạo bản kê khai kho trình tự
Tạo bản kê khai json cho các tác vụ nhập kho trình tự AWS HealthOmics
Trình tìm tập phục vụ việc đọc trùng lặp trong kho trình tự
Xác định các tập phục vụ việc đọc trùng lặp được lưu trữ trong kho trình tự AWS HealthOmics
Giải pháp
-
Hướng dẫn về Lưới dữ liệu phòng thí nghiệm trên AWS
Hướng dẫn này trình bày cách xây dựng một hệ thống quản lý dữ liệu khoa học có khả năng tích hợp cả dữ liệu thiết bị phòng thí nghiệm và hệ thống phần mềm, chẳng hạn như máy tính xách tay trong phòng thí nghiệm điện tử (ELN) và hệ thống quản lý thông tin phòng thí nghiệm (LIMS), với HealthOmics.
-
Hướng dẫn về Phòng thực hành kết nối kỹ thuật số trên AWS
Hướng dẫn này giúp bạn kết nối các thiết bị dữ liệu khoa học đời sống và tệp của hệ thống phòng thí nghiệm với Đám mây AWS thông qua Internet hoặc kết nối trực tiếp với độ trễ thấp.
-
Hướng dẫn di chuyển và lưu trữ dữ liệu trình tự với AWS HealthOmics
Hướng dẫn này trình bày cách nhập dữ liệu trình tự omics từ Dịch vụ lưu trữ đơn giản của Amazon (Amazon S3) vào Kho lưu trữ AWS HealthOmics.
-
Hướng dẫn phân tích dữ liệu đa phương thức với Trạng thái AWS và dịch vụ ML
Hướng dẫn này trình bày cách thiết lập một khung toàn diện để phân tích dữ liệu chăm sóc sức khỏe và khoa học đời sống (HCLS) đa phương thức.
-
Hướng dẫn về Quy trình làm việc tin sinh học trên AWS
Hướng dẫn này trình bày cách bạn có thể xây dựng và chạy quy trình làm việc tin sinh học cấp sản xuất trên quy mô lớn và sử dụng các dịch vụ AWS để tự động hóa, phân tích quy trình làm việc, lưu trữ cũng như đạt được khả năng quan sát hoạt động và chi phí.
-
Hướng dẫn phân tích dữ liệu đa phương thức với Trạng thái AWS và dịch vụ ML
Hướng dẫn này trình bày cách thiết lập một khung toàn diện để phân tích dữ liệu chăm sóc sức khỏe và khoa học đời sống (HCLS) đa phương thức.
Thông tin mới
AWS HealthOmics hiện hỗ trợ phát hiện phiên bản DSL và Nextflow
13/08/24
AWS HealthOmics hiện hỗ trợ lưu trữ lượt chạy động đối với các quy trình làm việc riêng tư
Ngày 30 tháng 04 năm 2024
AWS HealthOmics hiện hỗ trợ chia sẻ liên tài khoản đối với các quy trình làm việc riêng tư
Ngày 30 tháng 04 năm 2024
AWS HealthOmics công bố hỗ trợ cho các kho trình tự đọc thông qua API Amazon S3
15/04/24
AWS HealthOmics hiện cung cấp thêm thông tin cho các lượt chạy quy trình làm việc
23/02/24
AWS HealthOmics hiện được cung cấp ở Khu vực Israel (Tel Aviv)
26/09/23
AWS HealthOmics hiện cung cấp khả năng lưu trữ và lưu giữ lượt chạy quy trình làm việc
30/08/23
AWS HealthOmics hiện hỗ trợ lập phiên bản các kho chú thích
15/08/23
AWS HealthOmics hỗ trợ chia sẻ liên tài khoản các kho phân tích omics
15/08/23
Bài đăng trên blog
Tăng tốc độ tìm kiếm thuốc với AWS HealthOmics và NVIDIA Blueprints
07/10/2024
Xây dựng bàn làm việc tin sinh học bảo mật và cần ít mã trên AWS HealthOmics
10/02/2024
Tạo bước đột phá trong Sinh học tạo sinh với AWS và EvolutionaryScale
25/06/2024
Cách Takeda Pharmaceuticals tăng tốc phát triển tin sinh học trên quy mô lớn với AWS HealthOmics
19/06/2024
Khám phá thông tin chuyên sâu mạnh mẽ về bộ gen với Phân tích của AWS HealthOmics và Amazon EMR
30/05/2024
Điều phối nhiều quy trình làm việc AWS HealthOmics ở quy mô lớn
07/05/2024
Dân chủ hóa các phân tích dữ liệu Omics với Basepair trên AWS HealthOmics
29/04/2024
Lưu trữ dữ liệu omics một cách tiết kiệm ở mọi quy mô với AWS HealthOmics
24/01/24
Xử lý trước dữ liệu fMRI trên AWS bằng AFNI và AWS HealthOmics
08/01/24
Các công cụ mới để đẩy nhanh quá trình di chuyển quy trình làm việc sang AWS HealthOmics
13/12/23
Phân tích dữ liệu đa phương thức với Trạng thái AWS và Dịch vụ máy học
16/10/23
Bảo mật quy trình làm việc và dữ liệu bộ gen của bạn với AWS HealthOmics
09/10/2023
Video
Vượt qua các thách thức khoa học và CNTT liên quan đến việc điều chỉnh quy mô phân tích Omics (22:11)
Tạo bước đột phá trong y học chính xác: Sonrai sử dụng AWS để khám phá thuốc (3:03)
AWS re:Invent 2023 – Đổi mới Omics với AWS HealthOmics: Con đường giúp Amgen đạt được kết quả nhanh hơn
AWS re:Invent 2023 – Xây dựng nền tảng y học chính xác bằng AWS HealthOmics
Hội thảo toàn diện AWS HealthOmics – Bài thuyết trình (43:27)
AWS On Air với nội dung về AWS HealthOmics và Dữ liệu mở (20:07)
Sử dụng AWS HealthOmics toàn diện cho ngành nghiên cứu gen (2:03:06)
AWS On Air với nội dung về Quy trình làm việc Ready2Run trên AWS HealthOmics (26:34)