Simplifiez et accélérez l'analyse des données génomiques en accédant aux meilleurs outils disponibles à la demande avec AWS for Genomics.
Flux de travail AWS HealthOmics Ready2Run
Transformer les données génomiques et biologiques en informations
Automatiser et accélérer l'analyse secondaire
Pour aider les organisations de génomique à optimiser les flux de travail et à accélérer l'analyse, AWS pour la génomique offre divers services et solutions d'automatisation des flux de travail et d'analyse secondaire AWS et des partenaires AWS. Les services gérés, comme AWS HealthOmics, fournissent un calcul bioinformatique entièrement géré.
Cas d'utilisation de l'analyse secondaire génomique
Automatisation des flux
L'exécution de flux génomiques nécessite d'exécuter des opérations manuelles de mise en service et de configuration. Les outils d'automatisation et d'orchestration des flux de travail d'AWS, des partenaires AWS et de la communauté open-source permettent d'accélérer la recherche et de mettre à l'échelle les fonctionnalités de calcul. Les services gérés, comme AWS HealthOmics, fournissent un calcul bioinformatique entièrement géré. Il vous suffit d'apporter vos données, vos outils et la définition du flux de travail, puis d'exécuter vos analyses génomiques en quelques clics. Accédez au Catalogue de solutions.
Solutions AWS
Solution : Automatiser les flux génomiques sur AWS avec Amazon Genomics CLI
Amazon Genomics CLI est un outil open source qui fournit une interface de ligne de commandes facile à utiliser pour configurer et exécuter rapidement les flux génomiques sur AWS. Ainsi, vous pouvez exécuter plus rapidement des études génétiques à l'échelle des populations, des cycles de découverte de médicaments, etc. plus rentables.
Solution : Genomics Secondary Analysis Using AWS Step Functions and AWS Batch
La solution Genomics Secondary Analysis Using AWS Step Functions and AWS Batch crée un environnement évolutif dans AWS pour développer, créer, déployer et exécuter des pipelines d'analyse secondaire génomique, tel que le traitement de séquences brutes de génomes entiers en appels de variantes.
Clients en vedette
Grâce à AWS, Fred Hutch Microbiome Research réduit le temps de calcul de 7 ans à 7 jours.
Gritstone Oncology utilise AWS et une file d'attente partagée Nextflow pour répartir les tâches et gérer le flux de données.
Helix utilise BaseSpace Sequence Hub, une plateforme d'analyse des données génomiques d'Illumina, pour optimiser son travail.
Solutions de partenaires en vedette
« Les meilleures entreprises de diagnostic et de biopharmacie s'appuient sur DNAnexus sur AWS pour automatiser les tâches récurrentes à utilisation massive de données, afin de gagner en rapidité et en précision. Par conséquent, ces entreprises parviennent à réduire considérablement leurs activités de R&D, en faisant passer le développement de leur pipeline de plusieurs semaines à quelques heures. »
« Seqera Labs et AWS collaborent pour qu'AWS soit l'environnement de choix pour les charges de travail des sciences de la vie. Nextflow et Nextflow Tower sont intégrés de manière transparente à AWS Batch pour le calcul Elastic, à EKS pour un déploiement transparent et aux services de stockage de fichiers et d'objets d'AWS pour bénéficier d'un stockage de données rentable et performant. »
« La plateforme Seven Bridges et les outils d'analyse Seven Bridges tels que GRAF™ et ARIA™ s'appuient sur la flexibilité et la capacité de mise à l'échelle d'AWS pour permettre aux chercheurs de tirer parti de référentiels massifs de données génomiques et phénotypiques. Ces référentiels ont le potentiel de révéler des informations transformatrices sur les causes des maladies, de nouvelles approches thérapeutiques et des modèles de maladies in silico. »
Partenaires consultants en vedette
La plateforme DRAGEN Bio-IT d'Illumina permet d'analyser excessivement rapidement les données de séquençage de nouvelle génération (NGS) pour les grands jeux de données, tels que les génomes entiers, les exomes et les gènes/panels. L'analyse comprend le mappage, l'alignement, le tri, le marquage des doublons, l'appel de petites variantes et plus encore.
Analyse secondaire
Alors que l'adoption de la génomique continue de s'accélérer, l'analyse secondaire est souvent citée comme une contrainte. Pour accélérer l'analyses et répondre à la demande croissante, les organisations de génomique tirent parti de la capacité de mise à l'échelle et de la rentabilité d'AWS.
Solutions AWS
Service : AWS HealthOmics pour un calcul bioinformatique entièrement géré
AWS HealthOmics prend en charge l'analyse à grande échelle et la recherche collaborative sur des populations entières avec des magasins de données sur mesure, en transformant les données génomiques et biologiques brutes en informations sur la santé des patients et des populations.
Solution : Illumina DRAGEN on AWS
La solution Dynamic Read Analysis for Genomics (DRAGEN) on AWS d'Illumina permet d'analyser ultra rapidement les données de séquençage de nouvelle génération.
Solution : Genomics Secondary Analysis Using AWS Step Functions and AWS Batch
La solution Genomics Secondary Analysis Using AWS Step Functions and AWS Batch crée un environnement évolutif dans AWS pour développer, créer, déployer et exécuter des pipelines d'analyse secondaire génomique, tel que le traitement de séquences brutes de génomes entiers en appels de variantes.
Clients en vedette
La plateforme DRAGEN Bio-IT d'Illumina fournit des résultats d'analyse secondaire précis et ultra rapides. Les clients peuvent optimiser et accélérer considérablement leurs analyses avec DRAGEN exécuté sur des instances Amazon EC2 F1.
Grâce à AWS, Munich Leukemia Lab réduit le délai de traitement des données génomiques des patients de 20 heures à 3 heures, ce qui contribue à accélérer la recherche et à améliorer le diagnostic de la leucémie.
Ancestry utilise Amazon EFS pour permettre à des scientifiques d'effectuer des recherches génomiques, mettre à l'échelle le calcul, augmenter ou réduire le stockage et intégrer les scientifiques plus rapidement.
Solutions de partenaires en vedette
« La précision et la rapidité sont essentielles pour libérer la puissance du génome humain. La plateforme DRAGEN Bio-IT d'Illumina fournit des résultats d'analyse secondaire précis et ultrarapides. Les clients peuvent optimiser et accélérer considérablement leurs analyses avec DRAGEN exécuté sur AWS. »
« NVIDIA Clara Parabricks Pipelines est un cadre de calcul accéléré par GPU, qui prend en charge les applications génomiques qui vont de l'ADN à l'ARN. L'accélération de Parabricks combinée à la capacité de mise à l'échelle d'AWS permet au secteur de la génomique de réaliser des projets plus rapidement et à moindre coût, et aux chercheurs d'identifier davantage de variantes génétiques dans leurs données. »
« La plateforme Seven Bridges et les outils d'analyse Seven Bridges tels que GRAF™ et ARIA™ s'appuient sur la flexibilité et la capacité de mise à l'échelle d'AWS pour permettre aux chercheurs de tirer parti de référentiels massifs de données génomiques et phénotypiques. Ces référentiels ont le potentiel de révéler des informations transformatrices sur les causes des maladies, de nouvelles approches thérapeutiques et des modèles de maladies in silico. »
Partenaires consultants en vedette
Ressources présentées
Optimisation des coûts de calcul de l'analyse secondaire
Découvrez comment optimiser les coûts de calcul de l'analyse secondaire en utilisant des instances Spot Amazon Elastic Compute Cloud (EC2) et AWS Batch.
