ENPICOM permet d'accélérer la découverte d'anticorps thérapeutiques grâce à AWS

La société néerlandaise d'ingénierie logicielle en bio-informatique ENPICOM fournit de puissants logiciels d'analyse de données et des solutions personnalisées pour décoder le système immunitaire et améliorer la santé humaine. Cela implique de gérer de grandes quantités de données provenant d'échantillons qui génèrent généralement des millions de séquences d'ADN. L'analyse nécessite une puissance de calcul importante, ce qui peut s'avérer coûteux. À la recherche d'une solution rentable offrant une gestion sécurisée des données et accélérant l'analyse, l'entreprise a migré sa plateforme IGX basée sur le cloud vers Amazon Web Services (AWS). Grâce à AWS, ENPICOM a multiplié par trois sa mise à l'échelle et ses performances par rapport à ses systèmes précédents. La société a également accru sa capacité d'innovation et amélioré l'expérience utilisateur des scientifiques qui utilisent sa plateforme pour développer des connaissances susceptibles de se traduire par de nouveaux médicaments, vaccins et thérapies à base d'anticorps.

L'ENPICOM travaille avec des partenaires pour développer des outils et valider des applications qui comblent le fossé entre le séquençage du répertoire immunitaire (Rep-Seq), un moyen de comprendre les différents types d'anticorps et de protéines qui constituent un élément essentiel du système immunitaire d'un individu, et les connaissances permettant de mieux comprendre le système immunitaire adaptatif.

Ces connaissances sont nécessaires pour développer de nouveaux vaccins, découvrir de nouvelles molécules thérapeutiques susceptibles de prévenir les maladies, de détecter les maladies ou les rechutes à un stade précoce et de créer des options thérapeutiques hautement ciblées pour les patients atteints de cancer, de troubles immunitaires et d'autres maladies débilitantes.

Cependant, la gestion des données immunitaires Rep-Seq est complexe et la quantité de données de séquençage accessibles au public ne fait qu'augmenter. « Notre plateforme est incroyablement lourde à gérer d'un point de vue informatique », explique Vadim Galaktionov, responsable du développement logiciel chez ENPICOM. « Pour démocratiser l'espace d'analyse de données Rep-Seq, nous devons offrir un service à nos clients d'une manière économiquement durable. »

La migration a également été motivée par le fait que de nombreux clients d'ENPICOM utilisaient déjà AWS, ce qui signifie que l'intégration des clients et le partage de données seraient plus simples et plus efficaces.

La migration de la plateforme IGX vers AWS a été rapide et fluide. L'ensemble du processus a duré au total 6 semaines, depuis l'appel initial avec AWS jusqu'au basculement final, et n'a nécessité qu'une petite équipe d'ENPICOM pour le gérer. Pendant la migration, le travail de développement s'est poursuivi normalement, avec seulement quelques heures d'arrêt.

La plateforme IGX fonctionne désormais sur Amazon Elastic Compute Cloud (Amazon EC2), qui fournit une capacité de calcul sécurisée et redimensionnable. Elle utilise également Amazon Elastic Kubernetes Service (Amazon EKS), un service de conteneurs géré pour exécuter et mettre à l'échelle des applications Kubernetes, et Amazon Elastic Container Registry (Amazon ECR) pour stocker, partager et déployer des logiciels de conteneurs. L'ENPICOM a estimé que le support et la documentation de haute qualité fournis par AWS se sont révélés inestimables pendant la migration.

Galaktionov a immédiatement remarqué les excellents niveaux de support d'AWS. « Dès le premier moment où nous avons contacté AWS, nous avons été entourés d'une équipe incroyablement compétente qui souhaitait non seulement nous intégrer, mais aussi contribuer à notre réussite », déclare-t-il. « Ils voulaient réussir la migration et nous aider à développer notre activité par la suite. »

L'équipe d'ENPICOM fait des vérifications chaque semaine, et parfois quotidiennement, avec les responsables de comptes et les architectes de solutions AWS, qui sont toujours en mesure de les orienter vers les bonnes personnes pour résoudre des problèmes ou leur fournir de nouvelles fonctionnalités.

La mise en œuvre d'AWS inclut des services gérés pour la couche de données, qui, selon Galaktionov, améliorent les performances de la base de données. Par exemple, grâce au service de base de données relationnelle Amazon Aurora, les bases de données PostgreSQL d'ENPICOM peuvent s'exécuter jusqu'à 3 fois plus rapidement qu'auparavant, ce qui accélère les délais de traitement. « Si je peux améliorer mes performances sans avoir à m'occuper de tâches d'ingénierie supplémentaires, c'est une victoire pour n'importe quel responsable de l'ingénierie », déclare Galaktionov.

Un autre avantage de la migration vers AWS est la facilité de gestion. Au quotidien, l'infrastructure AWS est gérée par un seul membre de l'équipe informatique d'ENPICOM. Bien que la migration vers AWS ait permis de renforcer le pipeline de ventes, il y a eu beaucoup moins de questions de gouvernance à traiter, ce qui signifie que Galaktionov peut consacrer plus de temps aux aspects les plus importants de son rôle. « Je peux maintenant me concentrer sur la direction de notre département des logiciels et sur l'amélioration de la plateforme IGX », déclare Galaktionov.

L'utilisation d'AWS a également favorisé l'innovation. Les capacités d'AWS ont permis le développement d'une nouvelle application spécialisée pour la plateforme IGX. L'application permet aux chercheurs d'améliorer de manière significative leur groupe d'anticorps candidats et de réduire les risques dans leur processus de développement de candidats.

L'application utilise des algorithmes évalués par des pairs pour prédire des propriétés très pertinentes, appelées passifs de séquence, des anticorps candidats. En évaluant les passifs de séquence, les chercheurs peuvent prendre des décisions éclairées quant aux anticorps qui présentent le meilleur profil de développement et qui sont donc les moins susceptibles de poser des problèmes au cours de la production et du développement clinique. En dépistant les passifs de séquence dès le début du processus de découverte, on perd moins de temps et moins de ressources à rechercher des candidats inaptes. Cela augmente considérablement les chances de réussir la mise sur le marché d'un nouveau produit thérapeutique.

Grâce à AWS, ENPICOM peut désormais évoluer à la hausse ou à la baisse selon ses besoins. Le backend de la plateforme IGX se charge du gros du travail informatique. Cela signifie que l'entreprise est en mesure de fournir un flux de travail intuitif et hautement évolutif capable d'évaluer les passifs de séquence pour des milliers de séquences en quelques clics.

ENPICOM travaille également sur sa couche de données de nouvelle génération, qui utilisera le service de requête de données Amazon Athena pour traiter près de 100 fois plus de données ADN. Il intégrera également des services de machine learning tels qu'Amazon EMR pour exécuter des charges de travail liées au big data et Amazon SageMaker pour créer, former et déployer des modèles de machine learning, ce qui contribuera à la mise sur le marché des produits. « Je suis convaincu que, quelle que soit notre croissance, AWS évoluera avec nous », déclare Galaktionov.