Escolhemos a Amazon pela liderança. São pioneiros e hoje não existe nada melhor no mercado
Pedro Galante Pesquisador do IEP Sírio-Libanês

A Sociedade Beneficente de Senhoras Hospital Sírio-Libanês é uma instituição filantrópica fundada em 1921, que está baseada em três pilares: o Hospital Sírio-Libanês (HSL), o Instituto Sírio-Libanês de Ensino e Pesquisa (IEP/HSL) e a área de Responsabilidade Social. O Hospital une a excelência médica e tecnológica com o tratamento humanizado, investindo continuamente na modernização de sua estrutura, no treinamento de seus profissionais e na valorização do corpo clínico, beneficiando milhares de pacientes que buscam diagnóstico e tratamento em mais de 60 especialidades.

Com uma área construída de mais de 166 mil metros quadrados no bairro da Bela Vista, em São Paulo, conta com 439 leitos (dados de agostode 2015)​, dos quais na Unidade de Terapia Intensiva. O programa de expansão em curso fará com que essa capacidade chegue a 650 leitos até 2017​.

Na área de Responsabilidade Social, vem contribuindo para ampliar o acesso de um número cada vez maior de brasileiros a uma medicina de qualidade. Isso acontece por meio dos projetos mantidos com o poder público: tanto o Programa para o Desenvolvimento Institucional do SUS (Proadi-SUS), quanto as gestão de unidades públicas de saúde, em parceria com a Prefeitura e o Estado de São Paulo. No Ensino e na Pesquisa, promove a difusão do conhecimento na área da saúde, por meio de programas de formação e capacitação profissional, além do desenvolvimento de novas tecnologias.

Motivado em aprofundar o conhecimento crítico e reflexivo na área da saúde, o Instituto Sírio-Libanês de Ensino e Pesquisa (IEP) completou, em 2013, uma década de existência marcada por iniciativas educacionais que integram a teoria e a prática. A proposta do Instituto, desde a sua fundação, é gerar e aperfeiçoar programas que promovam o desenvolvimento e a articulação de conhecimentos, habilidades e atitudes que aliam os benefícios dos recursos tecnológicos com a valorização de aspectos ético-profissionais.

Formado por diversos grupos de pesquisa, o IEP conta hoje com um grupo voltado à área de computação, que usa a TI como meio para entender e gerar dados oriundos de outros grupos, envolvendo ou não doenças. Pedro Galante, pesquisador da área de computação do IEP, explica que diversas áreas, como biologia, biomedicina e medicina, estão passando por uma verdadeira revolução gerada pela grande quantidade de sequenciamento de DNA.

Na área de oncologia, por exemplo, já não são raros os pedidos de sequenciamento de parte do DNA de pacientes com o objetivo de entender a origem de determinados tumores ou predizer a resposta a um determinado medicamento. Quando esse trabalho é feito, as informações podem, em caso de consentimento do paciente, ficar disponíveis em bancos de dados abertos a toda a comunidade médica para consulta e benchmark.

“Nosso desafio é transformar estes dados em informação. Para isso precisamos de bons algoritmos, que desenvolvemos internamente, e de uma excelente estrutura organizacional”, diz Galante. Ele lembra que cada indivíduo tem cerca de 3 GB de informações de DNA, o que demanda muita capacidade de processamento para encontrar pequenas diferenças dentro dessa enorme quantidade de informações.

Para agilizar ainda mais os resultados de suas pesquisas, o grupo de computação do IEP decidiu usar o maior banco de dados de DNA do mundo, o 1000 Genomes, que tem hoje o sequenciamento completo de 2,5 mil indivíduos armazenados em cerca de 3 TB de dados. “Se somarmos outros laboratórios, deve haver no mundo hoje entre 10 e 15 mil indivíduos com o DNA sequenciado”, afirma.

Para acessar e processar estes dados em tempo real, o IEP fechou uma parceria com a Amazon Web Services, cuja infraestrutura é capaz de dar agilidade à geração de informações, que muitas vezes não podem esperar. “Muitas informações com as quais trabalhamos são sequenciais. Você precisa dos resultados anteriores para seguir para os próximos. O processamento não pode parar”, diz.

Por conta dessas características, o IEP escolheu a AWS. O Instituto de Ensino e Pesquisa do Hospital Sírio-Libanês utiliza hoje o Amazon Elastic Compute Cloud (Amazon EC2) para fazer a mineração dos dados – são cerca de 300 TB de dados analisados a cada estudo, gerando informações relevantes para as pesquisas médicas. “Nós construímos nossos algoritmos e, por meio deles, processamos dados dos genomas e identificamos que indivíduos têm esta ou aquela alteração”, diz.

“Escolhemos a AWS pela liderança. São pioneiros e hoje não existe nada melhor no mercado. Além disso, a AWS tem na sua estrutura todos os dados do projeto 1000 Genomes, que estão hospedados nos Estados Unidos, o que facilita o acesso e reduz o tempo de processamento”, afirma.

 

Galante conta que o IEP iniciou o teste do Amazon EC2 no início de 2014 e, em seguida, contratou o serviço. De lá para cá, os resultados obtidos mostraram que a decisão foi acertada. “Primeiro, houve ganho no processamento. Se fossemos processar um genoma localmente, o processo duraria cerca de uma semana. Na nuvem da AWS, conseguimos processar 2,5 mil genomas no mesmo período. O ganho de velocidade é impressionante”, diz.

Outro benefício apontado por ele: com os dados do 1000 Genomes hospedados na Amazon, o processamento pode ser feito direto na nuvem. Se fosse utilizar outra infraestrutura, o IEP teria que fazer o download destes dados para, só então, iniciar o processamento. “Em pesquisa genômica, é importante que tenhamos as informações rapidamente. É uma área extremamente competitiva e um atraso pode significar jogar uma pesquisa inteira no lixo”, conclui.

Para saber mais sobre como a AWS pode auxilia-lo em suas necessidades de computação em nuvem, visite a nossa página:  https://aws.amazon.com/pt/ec2/?nc2=h_l3_c.