Einstein implanta nuvem AWS para dar suporte ao crescimento de exames de sequenciamento genético

Para dar suporte à crescente demanda por exames de sequenciamento genético, a agora Varsomics® - antes Varstation®-, plataforma de bioinformática do Einstein voltada para as áreas de diagnóstico e pesquisa, passou a utilizar a infraestrutura de nuvem da AWS. Com a implementação da tecnologia será possível, entre outros aspectos, expandir as soluções de análises e interpretações de diversos dados.

A Varsomics permite aos geneticistas, por exemplo, correlacionarem os achados moleculares com estudos científicos e com o quadro clínico do paciente. Mais que isso, é capaz de analisar de forma precisa dados de diferentes fornecedores de tecnologia de sequenciamento. “Hoje temos acesso a dados de três diferentes fornecedores, e a Varsomics é capaz de analisar todos eles, independente do sequenciador utilizado”, diz Murilo Cervato, gerente de Inovação e Ciência de Dados do Einstein e head da Varsomics®.

Mas, com o crescimento da demanda por exames de sequenciamento, a equipe responsável percebeu que não seria possível escalar os testes na plataforma interna. Começou aí a busca por um fornecedor de nuvem. “Identificamos na AWS um grau de maturidade, escalabilidade e segurança que se alinhou aos nossos requisitos”, diz Cervato. “Buscamos um fornecedor que dominasse a tecnologia e tivesse a mesma maturidade que temos na área de saúde e bioinformática, e a AWS mostrou estar nesse patamar”, informa.

Definida a migração, dois pontos foram fundamentais para seu sucesso. O primeiro foi a jornada de capacitação do time, que sempre teve expertise on-site. “Antes de irmos para a nuvem, capacitamos todo o time nesse tipo de ambiente. Isso abrangeu desde o time de vendas até o de desenvolvimento, e permitiu que o processo de migração fosse mais suave”, explica. Depois, foram realizadas análises para que o processo de migração fosse economicamente viável.

A arquitetura desenvolvida suporta hoje uma rotina que gera 6TB de dados por equipamento – e são 4 em operação -, o que demanda uma estrutura de storage bastante robusta. Para isso, há um processo de orquestração baseado no Amazon Simple Storage Service (Amazon S3), que mantém os dados quentes até a entrega do laudo final. Já o processamento é feito utilizando-se Amazon Elastic Compute Cloud (EC2) no modelo Spot, que é um modelo de compra que oferece até 90% de desconto pelo uso da capacidade não utilizada de máquinas virtuais da AWS.

De acordo com Cervato, o ambiente criado dentro da AWS permitiu, inclusive, a realização do processo de expansão do Varstation. “Hoje nos chamamos Varsomics, que é o Varstation somado às demais plataformas ômicas, agora com análises multiômicas”, explica. A nova marca, anunciada no ano passado, ampliou também o portfólio de serviços, que inclui o Varsmetagen, para análises de dados de vírus, bactérias e fungos. “Somos uma área consolidada com foco em quatro frentes: Varstation, Varsconsult, Varsmetagem e Varsacademy”, informa.
 

O principal diferencial trazido pela nova arquitetura em nuvem é o ganho de escala. “Se investimos mensalmente em uma estrutura on-premises, há uma tecnologia que está disponível, mas é limitada. Se a demanda for maior, inviabiliza, por exemplo, a entrega do laudo ao paciente no tempo esperado”, ressalta. Para ele, com a AWS foi possível ganhar flexibilidade de escalar quando for preciso, entregando os resultados no prazo independente da demanda.

Outro benefício apontado é a proximidade com os principais usuários, os médicos, que passaram a direcionar mais funcionalidades a serem desenvolvidas, já que a plataforma entrega mais valor em menos tempo.
 

Um dos projetos em que a Varsomics já está trabalhando para 2022 é a análise de genomas da população brasileira, realizado em conjunto com outros parceiros. Com a AWS, serão desenvolvidas estratégias de cálculo de risco poligênico, com reprocessamento de dados. A partir daí, será construído um banco com todas estas informações.