Tarification d’AWS HealthOmics

Présentation

AWS HealthOmics aide les clients à accélérer les découvertes scientifiques grâce à une infrastructure entièrement gérée de bioinformatique et de découverte de médicaments, conçue pour prendre en charge les flux de travail et le stockage à très grande échelle. Avec HealthOmics, vous ne payez que ce que vous utilisez, sans frais de licence HealthOmics.

HealthOmics propose deux types de flux de travail. Les flux de travail privés sont des flux de travail personnalisés définis par l’utilisateur qui vous permettent d’utiliser vos propres scripts bioinformatiques écrits dans les langages de flux de travail les plus répandus. La tarification des flux de travail privés dépend des ressources de calcul et de système de fichiers demandées pour chaque exécution. Les flux de travail Ready2Run sont des pipelines bioinformatiques prédéfinis reposant sur des analyses courantes du secteur, facturés à un montant fixe par exécution.

HealthOmics propose deux types de stockage. Les stockages de références et de séquences sont des stockages d’objets utilisant la hiérarchisation, la compression et le catalogage des métadonnées pour stocker et organiser les données bioinformatiques à moindre coût. La tarification dépend de la taille des objets stockés et du niveau de stockage. Les stockages de variants et d’annotations sont des stockages sans extraction, transformation ni chargement (sans ETL), qui extraient les données clés des données bioinformatiques afin de créer un lac de données optimisé pour la recherche et la constitution de cohortes. La tarification repose sur le volume de stockage des informations extraites.

Vous pouvez utiliser les flux de travail et les stockages de données ensemble ou séparément, selon vos besoins. Si vous êtes disposé à vous engager sur une utilisation pendant trois ou cinq ans, veuillez nous contacter pour bénéficier de tarifs réduits.

Explorer les tarifs par type

Avec AWS HealthOmics, vous ne payez que ce que vous utilisez. Découvrez les tarifs par type ci-dessous.

Offre gratuite

Dans le cadre de l’offre gratuite AWS, vous pouvez commencer à utiliser AWS HealthOmics gratuitement. À l’inscription, les nouveaux clients AWS bénéficient de jusqu’à 275 heures d’instances omics.m.xlarge (ou équivalentes) et de 49 000 gigaoctet-heures de stockage d’exécution pour les flux de travail privés, de 1 500 gigabase-mois de stockage actif et d’archivage dans le stockage des séquences, ainsi que de 200 gigaoctet-mois dans le stockage des variants. Votre utilisation de l’offre gratuite est calculée chaque mois pour l’ensemble des régions (à l’exception des Régions AWS GovCloud (US)) et automatiquement déduite de votre facture. La part mensuelle non utilisée n’est pas reportée. Des restrictions s’appliquent. Pour en savoir plus, consultez les conditions.

 

Utilisation mensuelle incluse dans l’offre gratuite pendant les deux premiers mois
Flux de travail HealthOmics

Flux de travail privés : 275 heures d’instance omics.m.xlarge ou d’instances de calcul équivalentes et 49 000 Go-heures de stockage d’exécution
Stockages de données HealthOmics Stockage des séquences : 1 500 gigabase-mois dans la classe de stockage active et 1 500 gigabase-mois dans la classe de stockage d’archivage

Stockage des variants : 200 gigaoctet-mois

Les clients AWS bénéficient chaque mois de 100 Go de transfert de données sortant gratuit vers Internet, cumulés pour l’ensemble des services et Régions AWS (sauf Chine et GovCloud).

Tarification des flux de travail privés

Les flux de travail privés sont des flux de travail personnalisés que vous définissez dans le langage de votre choix pour exécuter des pipelines de bioinformatique ou de découverte de médicaments. Les coûts comprennent deux éléments : les instances de tâche des flux de travail et le stockage d’exécution.

Vous payez l’instance omics utilisée pour chaque tâche de votre flux de travail. Chaque tâche de votre flux de travail est affectée à la plus petite instance omics disponible répondant aux besoins en vCPUs, mémoire et/ou GPU demandés pour la tâche. Par exemple, une tâche définie pour utiliser 8 CPU et 60 Gio de RAM sera exécutée sur une instance de type omics.r.2xlarge. HealthOmics provisionne toujours exactement les ressources demandées. Dans cet exemple, la tâche dispose de 8 CPU et de 60 Gio de RAM. Les tâches sont facturées par incréments d’une seconde, avec une facturation minimale de 60 secondes par tâche. Si vous ne précisez pas la valeur de vCPUs ni la quantité de mémoire d’une tâche, HealthOmics provisionne automatiquement la plus petite instance disponible, omics.c.large, pour cette tâche. Le calcul associé au transfert intermédiaire des données (importations et exportations) n’est pas non plus facturé, et aucun frais de transfert inter-AZ ne s’applique.

Vous ne payez les ressources que lorsque l’exécution se trouve à l’état en cours d’exécution. Aucun frais n’est facturé pour les exécutions aux états en attente, en cours de démarrage ou en cours d’arrêt. Pour les exécutions annulées ou ayant échoué, vous êtes facturé pour les ressources utilisées jusqu’à l’annulation ou l’échec.

Vous pouvez consulter le coût total par exécution dans la console Billing & Cost Management. HealthOmics propose également un outil open source d’analyse des exécutions pour vous aider à optimiser les ressources, les coûts et les performances de vos exécutions. Si vous prévoyez d’exécuter des flux de travail en production à grande échelle et êtes disposé à vous engager pour trois ou cinq ans, veuillez nous contacter pour bénéficier de tarifs réduits.

 

Stockage d’exécution

HealthOmics fournit à chaque exécution un système de fichiers partagé temporaire qui stocke les entrées et sorties du flux de travail, les répertoires de travail et les fichiers intermédiaires accessibles à toutes les tâches d’une même exécution. Par défaut, HealthOmics fournit un système de fichiers dynamique qui peut être mis automatiquement à l’échelle. Le stockage d’exécution dynamique se met à l’échelle en fonction de l’utilisation et ne nécessite aucun provisionnement minimal de stockage. Vous pouvez également choisir un système de fichiers préprovisionné (statique) offrant un débit plus élevé pour les charges de travail volumineuses et irrégulières avec de nombreuses tâches simultanées. Le stockage d’exécution statique peut être provisionné avec une capacité de 1 200 Gio, 2 400 Gio ou par incréments supplémentaires de 2 400 Gio, avec un minimum de 1 200 Gio.

Stockage éphémère

HealthOmics fournit à chaque tâche du flux de travail un stockage éphémère pour traiter les données de travail sur des volumes locaux, plutôt que dans le stockage partagé de l’exécution. Le coût du stockage éphémère dépend de la quantité de stockage allouée aux tâches de votre flux de travail et de la durée d’exécution de celles-ci, mesurée en secondes. Chaque tâche HealthOmics dispose gratuitement de 16 Gio de stockage éphémère. Vous pouvez allouer jusqu’à 3 072 Gio de stockage éphémère supplémentaire aux tâches de votre flux de travail. Vous ne payez que le stockage éphémère supplémentaire que vous configurez.

Tarification des flux de travail Ready2Run

Les flux de travail Ready2Run sont des flux de travail préconfigurés conçus par des éditeurs de logiciels tiers de premier plan, comme NVIDIA, Sentieon, Element Biosciences et Ultima, ainsi que des pipelines open source courants, comme les flux de travail GATK du Broad Institute et AlphaFold pour la prédiction de structures protéiques. Vous pouvez utiliser les flux de travail Ready2Run pour traiter vos données sans avoir à gérer les outils logiciels ni les scripts de flux de travail. Les flux de travail Ready2Run sont facturés à l’exécution : vous payez un montant forfaitaire identique pour chaque exécution réussie, quelle que soit sa durée. Si une exécution est annulée ou ne parvient pas à se terminer dans la première heure, le forfait par exécution est calculé au prorata du temps utilisé pendant cette première heure. Les exécutions qui durent plus d’une heure sont facturées au tarif complet de l’exécution. Les flux de travail Sentieon Ready2Run nécessitent un abonnement distinct souscrit auprès de Sentieon. Sentieon fournit automatiquement et sans frais supplémentaires un abonnement d’évaluation gratuit de deux semaines aux nouveaux utilisateurs de Sentieon Ready2Run. Pour consulter les informations détaillées sur les flux de travail Ready2Run disponibles, notamment les paramètres d’entrée, les schémas des flux de travail et les durées d’exécution estimées, accédez à la console HealthOmics.

Tarification des stockages de données

Les stockages de données HealthOmics sont des espaces de stockage gérés conformes aux principes FAIR (faciles à trouver, accessibles, interopérables et réutilisables) pour des données d’échantillons à grande échelle, avec compression automatique et requêtes optimisées sur les variants et les annotations.

Le stockage des séquences permet de réduire les coûts grâce à une hiérarchisation du stockage en fonction de l’utilisation et à la compression. Les objets stockés sont regroupés en ensembles de lectures pour faciliter leur organisation et leur recherche. Lorsque vous stockez des données dans le stockage des séquences, vous payez par gigabase et par mois. Une gigabase représente un milliard de bases provenant de vos fichiers de séquences importés (comme FASTQ, BAM et CRAM). La facturation étant basée sur les gigabases, vous n’avez pas à vous préoccuper de l’optimisation des formats de fichiers ni des techniques de compression. AWS HealthOmics se charge de cette optimisation pour vous. Vous pouvez accéder aux données du stockage des séquences de deux manières : 1. Via les API HealthOmics de lecture, d’écriture et de mise à jour, ainsi que par lecture via les API S3. Pour l’accès via les API HealthOmics, vous payez les requêtes GET effectuées sur vos objets d’ensemble de lectures. Tous les autres types de requêtes HealthOmics sur les ensembles de lectures sont gratuits. 2. Via les API LIST et GET S3. Pour l’accès via les API S3, les requêtes COPY et LIST sont facturées séparément de tous les autres types de requêtes. Pour comparer les coûts du stockage des séquences HealthOmics à ceux d’autres options de stockage, consultez notre blog : https://aws.amazon.com/blogs/industries/store-omics-data-cost-effectively-at-any-scale-with-aws-healthomics/

Les stockages des variants et des annotations utilisent une intégration sans extraction, transformation ni chargement (sans ETL) pour préparer les données de variants et d’annotations à la consultation, au regroupement en cohortes et à l’analyse avec des services AWS comme Amazon Athena et Amazon SageMaker. Les fichiers ingérés sont traités par HealthOmics et convertis en formats optimisés pour les requêtes. Vous pouvez stocker n’importe quelle quantité de données de variants et d’annotations et ne payez que les données stockées. Le volume de données facturé correspond au volume après ingestion et transformation. L’accès aux données stockées dans les magasins de variants et d’annotations s’effectue généralement via d’autres services AWS. Lorsque vous interrogez et analysez les données dans d’autres services, vous payez pour l’utilisation de ces services.

Les données conservées dans les stockages de données AWS HealthOmics sont facturées pour une durée minimale de 30 jours. Les données supprimées avant 30 jours entraînent des frais calculés au prorata de la durée restante. 

Exemples de tarification

  • Une scientifique en bioinformatique souhaite exécuter un flux de travail Nextflow avec AWS HealthOmics, dans la Région AWS USA Est (Virginie du Nord). Son flux de travail comporte trois tâches. La première réserve 16 vCPUs et 30 Go de mémoire et dure 3 heures. La deuxième nécessite 32 vCPUs et 160 Go de mémoire et dure 2 heures. La troisième réserve 4 vCPU et 10 Go de mémoire et dure 10 minutes. La cliente enregistre le flux de travail et appelle l’API StartRun avec le système de fichiers par défaut de 1 200 Go. Ses coûts totaux sont les suivants :
    Tâche 1 (omics.c.4xlarge) : 0,9180 USD/h * 3 h = 2,754 USD
    Tâche 2 (omics.r.8xlarge) : 2,7216 USD/h * 2 h = 5,4432 USD
    Tâche 3 (omics.m.xlarge) : 0,2592 USD/h * 1/6 h = 0,0432 USD
    Stockage d’exécution statique : 0,0001918 USD/Go-heure * (1 200 Go * (3 h + 2 h + 1/6 h)) = 1,18916 USD
    Total : 9,42956 USD

  • Une scientifique en bioinformatique développe un nouveau flux de travail WDL dans AWS HealthOmics, dans la Région AWS USA Est (Virginie du Nord). Son flux de travail comprend deux tâches. La première réserve 16 vCPUs et 30 Go de mémoire et dure 3,5 heures. La seconde nécessite 32 vCPUs et 160 Go de mémoire et dure 2,25 heures. La cliente enregistre le flux de travail et appelle l’API StartRun avec le système de fichiers dynamique. Pendant les 5,75 heures d’exécution du flux de travail, le système de fichiers passe de 0 Go à 1 043 Go de manière linéaire, pour un total de 3 000 Go-heures de stockage de fichiers. Ses coûts totaux sont les suivants :
    Tâche 1 (omics.c.4xlarge) : 0,9180 USD/h * 3,5 h = 3,213 USD
    Tâche 2 (omics.r.8xlarge) : 2,7216 USD/h * 2,25 h = 6,1236 USD
    Stockage d’exécution dynamique : 0,0004110 USD/Go-heure * 3 000 Go-heures = 1,233 USD
    Total : 10,5696 USD

  • Un spécialiste en sciences computationnelles souhaite exécuter le flux de travail Ready2Run GATK-BP Germline fq2vcf pour un génome 30x dans la Région AWS USA Est (Virginie du Nord) pour trois échantillons. Le client saisit ses données et appelle l’API StartRun pour chaque échantillon. Le coût des trois exécutions est le suivant :
    Flux de travail Ready2Run GATK-BP Germline fq2vcf pour un génome 30x : 10,00 USD/exécution * 3 = 30,00 USD
    Total : 30,00 USD

  • Dans le cadre d’un projet de séquençage de population, des chercheurs commencent à séquencer les personnes dont ils ont constitué une biobanque. Ils choisissent la Région AWS Europe (Irlande). Ils séquencent 100 000 personnes, avec 130 gigabases et 50 gigaoctets par personne, puis stockent les données brutes de séquençage dans AWS HealthOmics. Au cours des cinq années suivantes, les données restent dans la classe de stockage d’archivage après les 30 jours suivant leur importation. Elles sont consultées deux fois en moyenne, lorsqu’elles passent à la classe de stockage active pendant 30 jours. Ils utilisent les API S3 pour accéder aux fichiers. Chaque génome est téléchargé en 500 parties, ce qui génère 500 appels d’API GET. Le coût total sur cinq ans pour un génome est le suivant :
    Classe de stockage active : 0,005769 USD/gigabase/mois * 130 gigabases * 90 jours = 2,22 USD
    Classe de stockage d’archivage : 0,001154 USD/gigabase/mois * 130 gigabases * (1825 − 90) jours = 8,56 USD.
    API GET S3 : 0,0004 USD/1 000 appels d’API * (2 * 500 appels d’API) = 0,0004 USD
    Coût total sur 5 ans : 2,22 USD + 8,56 USD + 0,0004 USD = 10,78 USD (soit 2,15 USD/an)

  • Un scientifique des données dispose de 3 202 fichiers au format VCF (Variant Call Format) qu’il souhaite analyser dans Amazon Athena, dans la Région AWS USA Est (Virginie du Nord). Il crée un stockage de variants et ingère ces fichiers à l’aide des API AWS HealthOmics. Les données ingérées représentent 1,5 To. Au cours du mois suivant, il exécute 1 000 requêtes dans Athena pour calculer les fréquences alléliques de différentes sous-populations, chaque requête consommant en moyenne 50 Go. Ses coûts mensuels totaux sont les suivants :
    Stockage des variants : 0,035 USD/Go/mois * (1 024 Go/To * 1,5 To) = 53,76 USD
    Amazon Athena : 5 USD/To * 1 000 * 50/1 024 = 244,14 USD

Tarification des transferts de données

Vous payez pour toute la bande passante sortante de HealthOmics. Aucun frais de transfert de données ne s’applique aux données transférées vers des services AWS situés dans la même Région AWS que le stockage de données. Les tarifs ci-dessous s’appliquent aux données transférées « en entrée » et « en sortie » d’AWS HealthOmics (sur l’Internet public)†††. En savoir plus sur la tarification d’AWS Direct Connect. Pour les transferts de données dépassant 500 To/mois, contactez-nous.

Les tranches tarifaires prennent en compte l’ensemble de vos transferts de données sortants vers Internet, tous services AWS confondus.

††† Le volume de données transférées en sortie peut différer du volume reçu par votre application si vous interrompez prématurément la connexion. Par exemple, vous pouvez demander un objet de 10 Go et mettre fin à la connexion après avoir reçu les 2 premiers Go. AWS HealthOmics tente d’arrêter la transmission des données, mais cet arrêt n’est pas instantané. Dans cet exemple, le transfert de données sortant peut atteindre 3 Go (soit 1 Go de plus que les 2 Go reçus). Vous êtes donc facturé pour 3 Go de transfert de données sortant.