Le secteur de la biotechnologie est au croisement de la recherche médicale et de l’innovation technologique. Le digital joue un rôle fondamental dans le procédé de NGS de PathoQuest. "Le test que nous proposons est la combinaison de deux mondes, indique Jean-François Brepson. Nous commençons dans un laboratoire de biologie moléculaire pour extraire l’ADN. Ensuite, on bascule dans le monde du big data." Le traitement des données réclame en effet une importante puissance de calcul et une grande évolutivité dans le stockage, avec des analyses qui représentent chacune jusqu’à 150 Go de données. "La brique d’analyse que nous proposons ne peut fonctionner qu’avec une infrastructure informatique solide pour la supporter, confirme Guillaume Deplaine, responsable des opérations de PathoQuest. Nous nous sommes très rapidement tournés vers Amazon Web Services pour bâtir cette infrastructure dans le cloud afin de nous libérer de toutes les contraintes liées aux équipements physiques."

Le recours aux services Amazon EC2 pour les ressources de calcul, d’Amazon S3 pour les capacités de stockage sécurisé et prochainement d’Amazon KMS pour le chiffrement des données est en effet un levier important pour libérer du temps aux équipes de PathoQuest. Car outre le fait de se décharger de la gestion des infrastructures, les informaticiens de la société utilisent les services AWS pour moderniser les workflows et mettre en place un haut niveau d’automatisation qui réduira de 5 jours à 1 jour le temps nécessaire pour traiter une opération d’analyse. Ce gain de temps leur permettra de se consacrer à des tâches à plus haute valeur ajoutée et de jouer un véritable rôle de partenaire technologique au service des métiers et de l’innovation. "Notre objectif est de parvenir à automatiser le plus d’opérations possibles, continue Guillaume Deplaine. Sur un lancement d’analyse, nous pourrons passer de 6 à 7 heures de travail manuel à une trentaine de minutes, alors même que les volumes de données à traiter augmentent." In fine, l’ambition est de délivrer aux clients de PathoQuest des résultats toujours plus rapides.

Pour être un acteur reconnu de la bioproduction, les choses ne sont pas si simples. Car même si PathoQuest ne manipule pas de données de santé personnelles de patients, les contraintes réglementaires restent fortes. "Il ne s’agit pas simplement de prendre les données et de les envoyer sur le cloud, note Sébastien Renouf, chief pharmaceutical officer de PathoQuest. Les procédures de contrôle qualité dans le secteur pharmaceutique sont extrêmement normées. Pour pouvoir faire un test pharmaceutique dans le cloud, nous devons donc mettre en œuvre des systèmes validés, du stockage sécurisé, des équipements qualifiés et des équipes formées pour respecter un référentiel qui est celui des Bonnes Pratiques de Fabrication (BPF) ou GMP en anglais (Good Manufacturing Practice)."

En s’appuyant sur les services AWS tels que AWS Config et le GxP conformance pack, qui permettent de vérifier la conformité des configurations AWS par rapport à un cadre règlementé de type GxP, Pathoquest a pu déporter dans le cloud ses méthodes conformes aux GMP. "Il ne faut jamais perdre de vue que nous travaillons sur la fabrication d’un médicament, souligne Sebastien Renouf. Ce que nos clients attendent de savoir, c’est si le médicament qu’ils ont développé est sûr et pourra être administré à des patients. Toute la complexité de l’analyse doit se transformer en cette réponse simple. Et notre devoir est de nous assurer que, si on modifie le processus d’analyse pour opérer dans le cloud, cette réponse restera valide." Aujourd’hui, PathoQuest réalise de manière quotidienne et routinière des études régulées ou non régulées sur le cloud Amazon Web Services.

La prochaine étape est dorénavant de mettre en place la même approche aux États-Unis. PathoQuest a en effet inauguré le 4 octobre 2022 son nouveau site de contrôle qualité dans la ville de Wayne, en Pennsylvanie. L’entreprise a investi 10 millions de dollars dans ces nouvelles installations pour s’implanter sur ce nouveau marché, extrêmement important pour son développement, et est désormais prête à démarrer les analyses. Accéder aux infrastructures AWS sur la zone USA Est (Virginie du Nord) lui permet de déployer simplement les ressources informatiques dont elle a besoin localement pour traiter les demandes de ses clients outre-Atlantique. "On ne parle pas ici d’une évolution à la marge, conclut Sébastien Renouf, mais bien d’une transformation majeure pour le secteur. Nous voulons continuer à être les pionniers sur le NGS et être capable de servir aussi bien l’industrie française que mondiale."

PathoQuest est une société française de prestation de service pour l’industrie pharmaceutique qui propose des tests de contrôle qualité pour les biomédicaments, comme les thérapies géniques et cellulaires, les vaccins ou les anticorps. Sa technologie est basée sur le séquençage nouvelle génération (NGS).