Publicado: Mar 7, 2022
Anunciamos hoje que a Amazon Genomics CLI adicionou o Snakemake ao seu catálogo de ferramentas de gerenciamento de fluxo de trabalho para análise de genômica, que também inclui o Cromwell, o Nextflow e o miniWDL.
Inspirado pelo GNU Make, o Snakemake especifica fluxos de trabalho como regras que dividem o fluxo de trabalho em etapas menores de dependência. O Snakemake determina automaticamente as dependências entre as regras e também fornece controles adicionais por meio das estruturas sistáticas de definição de regras baseadas no python. Os benefícios de reprodutibilidade e transparência que as ferramentas de gerenciamento de fluxo de trabalho, como o Snakemake, fornecem são realizadas em escala por meio da Amazon Genomics CLI. A Amazon Genomics CLI simplifica e automatiza a implantação de recursos na nuvem, como mecanismos de fluxo de trabalho e clusters de computação, fornecendo aos clientes de genômica e ciências biológicas uma linha de comando fácil de usar para configurar e executar rapidamente fluxos de trabalho de genômica na Amazon Web Services (AWS). Eliminando o trabalho pesado de configurar e executar fluxos de trabalho de genômica na nuvem, os desenvolvedores de software e pesquisadores podem provisionar, configurar e escalar recursos na nuvem automaticamente para permitir estudos de genética no nível populacional, ciclos de descoberta de medicamentos, etc. mais rápidos e mais econômicos.
A Amazon Genomics CLI está disponível na maioria das regiões comerciais no lançamento, exceto as regiões da AWS China, AWS GovCloud (EUA) e regiões sem acesso à internet.
Para saber mais e começar a usar a Amazon Genomics CLI e as ferramentas de fluxo de trabalho compatíveis, visite:
- Página de detalhes do produto
- Repositório do GitHub