资源和常见问题

问：“使用 AWS Step Functions 和 AWS Batch 进行基因组学辅助分析”可以做什么？

答：该解决方案可以在 AWS 中创建可扩展的环境，以开发、构建、部署和运行基因组学辅助分析管道。您可以为基因组学工作流和支持工作流执行的基础设施构建和部署更新。

问：我是否能够修改解决方案来运行自己的基因组学分析？

答：是，您可以修改解决方案来适应您的特定要求，例如，通过添加新的容器化工具和创建新工作流。CI/CD 管道将跟踪每个更高，从而帮助进行变更控制管理、回滚和审计。

问：支持哪些生物信息学工具？

答：此解决方案支持容器化生物信息学工具。这包括您从源中自行构建的工具或公有或私有容器映像存储库中现有的容器映像。要快速开始使用，此解决方案将构建以下开源生物信息学工具作为容器映像：BWA–Burrows-Wheeler 基因组序列比对工具、分析和操作基因组学比对的实用工具 SAMtools 与变体识别和操作 VCF 和 BCF 的实用工具 BCFtools。

问：该解决方案使用什么生物信息学工作流？

答：该解决方案包括一个 AWS Step Functions 状态机，该状态机可使用 BWA-MEM、SAMtools 和 BCFtools 实施简单的基因组学变体识别工作流。该工作流将比对原始 FASTQ 文件与参考序列，并使用动态并行机制识别指定染色体列表上的变体。

问：能否在任意 AWS 区域内部署此解决方案？

答：否，此解决方案使用 AWS CodePipeline 服务，该服务目前仅在特定 AWS 区域提供。因此，您必须在提供本服务的 AWS 区域内推出此解决方案。有关各区域最新可用性的信息，请参阅按区域提供的 AWS 服务。