Publicado en: Oct 2, 2018
El Quick Start implementa Dynamic Read Analysis for GENomics Complete Suite (DRAGEN CS), una plataforma de análisis de datos creada por Illumina, en la nube de AWS en aproximadamente 15 minutos.
DRAGEN CS permite realizar análisis ultrarrápidos de datos de secuenciación de última generación (NGS), reduce radicalmente el tiempo necesario para analizar datos genómicos y mejora el nivel de precisión. Incluye canalizaciones de bioinformática que proveen algoritmos con alto nivel de optimización para realizar tareas de asignación, alineamiento, ordenación, marcado duplicado y llamado de variantes en haplotipos. Las canalizaciones incluyen DRAGEN Germline V2, DRAGEN Somatic V2 (Tumor y Tumor/Normal), DRAGEN Virtual Long Read Detection (VLRD), DRAGEN RNA Gene Fusion, DRAGEN Joint Genotyping y las prácticas recomendadas de GATK.
El Quick Start crea un entorno de AWS que abarca dos zonas de disponibilidad para lograr alta disponibilidad y suministra dos entornos de cómputo de AWS Batch para instancias de spot y bajo demanda. Estos entornos incluyen instancias con DRAGEN F1 que están conectadas con matrices de puertas programables en campo (FPGA) a fin de obtener aceleración de hardware.
Para comenzar:
- Consulte la arquitectura y los detalles
- Consulte la guía de implementación, en la que encontrará instrucciones paso a paso